TkA06G390560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G390560

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 96790890-96794253 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3284 bp · TkA06G390560|TK1151|cDNA

CCAAGATTCAACAAACCAAACCACCGGCCATTTGGGTTTCCGGTAAGCTCACAACTGCCTTTTCATATCATATAAATCAAATACCTTTTCTACTTATGATTTCCGAATAAAGTTTGATTCTTCGCTATGGGTTTTTTCTGGGTAATCGTTCTCTTGTTTCCGTTTCGTGATTCTATGGACAAATGGGGTTTTGTTTGACTTTTGTTTTGTTAACTGACGTAAGATCTGATGAATTGATGGTTGATGGATTTGAAGGCGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1500 bp · TkA06G390560|TK1151|CDS

ATGAATGTCCTTCTGAAATGTATCAGAAATCCGAATGCACAAAAGATGGTGACAGAATTTGCGAGTATAACTGCTCGAATTGTACCTCGGCTCAGTGTACTTCAAATTGTTCGTATTCTGATAAGAAATCGGAAAGATTTTGGTCACTCCAGTTGCCGGTTAAGAAACTGTAATTGCTCAACTAAAGGAGTTAAAATCATAAAAAATGGGTTTCAGAAAGATGGAGGGAAGATTCAACCGGATTTGGAGGAGCTAAAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

499 aa · TkA06G390560|TK1151|PROTEIN

MNVLLKCIRNPNAQKMVTEFASITARIVPRLSVLQIVRILIRNRKDFGHSSCRLRNCNCSTKGVKIIKNGFQKDGGKIQPDLEELKIRRARVFSYDELEKATGGFVEESQVGRGSFSCVFKGILKDGVVVAVKRAILSPDMKKNSMEFHNELDLLSRLNHAHLLNLLGYCEEGEQRLLVYEFMANGSLHQHLHGNPKELKSQLDWVKRVTIAVQAARGIEYLHGYACPPVIHRDIKSSNILIDEEHNARVADFGLSLLGP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G390560`
TK1151 ID	TkA06G390560
OH-1004 ID	LXL04_023169
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	90.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.998 / OH-1004 53.804 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G390560

位置 Chr06:96790890-96794253 (+)

描述 Similar to ACR4: Serine/threonine-protein kinase-like protein ACR4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g59420`	响应 CLE40 信号，控制分生组织中的形成细胞分裂，包括中柱鞘的根尖和侧根起始区。	暂无已核实直接文献
`At3g55950`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。	暂无已核实直接文献
`At5g47850`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶样蛋白 CCR4。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0637800`	受体蛋白激酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023169 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009786 regulation of asymmetric cell division 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0032877 positive regulation of DNA endoreduplication 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048439 flower morphogenesis 生物过程

GO:0048829 root cap development 生物过程

GO:0080136 priming of cellular response to stress 生物过程

GO:0090392 sepal giant cell differentiation 生物过程

GO:0090627 plant epidermal cell differentiation 生物过程

GO:0099402 plant organ development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39180

ath:AT3G59420

ath:AT5G47850

dosa:Os03g0637800

zma:542346

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.672

排名 1 · TkA06G390560 · TK1151

细胞核0.238

排名 2 · TkA06G390560 · TK1151

细胞质0.233

排名 3 · TkA06G390560 · TK1151

内质网0.044

排名 4 · TkA06G390560 · TK1151

高尔基体0.031

排名 5 · TkA06G390560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr2-39 aa

PF00069Pkinase106-374 aa

PF03109ABC1107-152 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr108-377 aa

PF01636APH145-210 aa

PF03109ABC1229-256 aa

PF01636APH230-260 aa

PF01636APH291-345 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G390560	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	2	39	1e-44	153.5
TkA06G390560	`PF00069`	Pkinase	106	374	9.2e-43	147.2
TkA06G390560	`PF03109`	ABC1	107	152	0.00019	21.4
TkA06G390560	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	108	377	1e-44	153.5
TkA06G390560	`PF01636`	APH	145	210	0.0054	17.2
TkA06G390560	`PF03109`	ABC1	229	256	0.00019	21.4
TkA06G390560	`PF01636`	APH	230	260	0.0054	17.2
TkA06G390560	`PF01636`	APH	291	345	0.0054	17.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LX29`	拟南芥	sp\|Q9LX29\|ACR4L_ARATH Serine/threonine-protein kinase-like protein ACR4	75.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LY50`	拟南芥	sp\|Q9LY50\|ACCR3_ARATH Putative serine/threonine-protein kinase-like protein CCR3	48.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FIJ6`	拟南芥	sp\|Q9FIJ6\|ACCR4_ARATH Serine/threonine-protein kinase-like protein CCR4	49.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q75J39`	水稻	sp\|Q75J39\|CKI4_ORYSJ Serine/threonine-protein kinase-like protein CR4	77.300%	Swiss-Prot	高置信

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