TkA06G312000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G312000

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 78252025-78259291 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3412 bp · TkA06G312000|TK1151|cDNA

AAAACCCTTTGGTTGGAGACTTTGTAAGATACTTGCCATCGACCTACAATTTCGCATGACGTGATACATTTGCCTGAGACTCCGAACTACAAAAGAACCCTACCTTTCTTCGTGATATCGTCAAAACGAACCCGTACGCAAAGCGGCGCTCCGGACTTTTTGCAGCGGGGCACGATACATATCTTCGGCGGCGATGGGAGTACCGGCCTTTTACCGCTGGCTAGCGGAAAAGTATCCAATGGTCGTTGTTGATGTTATAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2976 bp · TkA06G312000|TK1151|CDS

ATGGGAGTACCGGCCTTTTACCGCTGGCTAGCGGAAAAGTATCCAATGGTCGTTGTTGATGTTATAGAGGAAGAAGCTGTGGATATTGACGGCATTAAAATTCCTGTCGACACAAGTAAACCTAACCCTAATCAAATTGAGTATGACAACCTGTATCTCGACATGAACGGAATAATTCATCCCTGTTTTCACCCTGAAGACCGGCCTTCTCCAACGTCTTTTAATGAGGTGTTCCAATGCATGTTTGACTACATTGATCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

991 aa · TkA06G312000|TK1151|PROTEIN

MGVPAFYRWLAEKYPMVVVDVIEEEAVDIDGIKIPVDTSKPNPNQIEYDNLYLDMNGIIHPCFHPEDRPSPTSFNEVFQCMFDYIDRLFVMVRPRKLLYMAIDGVAPRAKMNQQRSRRFRAAKDAADAAAEEERLREEFEREGRKLPPKQESQTFDSNVITPGTQFMAVLSVALQYYVHQRLNNDPGWKPVKVILSDANVPGEGEHKVMSYIRLQRNLPGFDPNTRHCLYGLDADLIMLALATHEVHFSILREVVFTPGQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G312000`
TK1151 ID	TkA06G312000
OH-1004 ID	LXL04_023513
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G312000

位置 Chr06:78252025-78259291 (+)

描述 Similar to XRN3: 5'-3' exoribonuclease 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g75660`	具有 5'->3' 核糖核酸外切酶活性。	Arabidopsis FIERY1, XRN2, and XRN3 are endogenous RNA silencing suppressors.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.055319 Arabidopsis thaliana XRN2 is required for primary cleavage in the pre-ribosomal RNA.2010 · DOI: 10.1093/nar/gkq172
`UniProt: Q9FQ02`	具有5'->3'外核糖核酸酶活性。	暂无已核实直接文献
`At1g54490`	具有 5'->3' 核糖核酸外切酶活性。	AtXRN4 degrades mRNA in Arabidopsis and its substrates include selected miRNA targets.2004 · DOI: 10.1016/j.molcel.2004.06.006 A link between mRNA turnover and RNA interference in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1126/science.1101092 ETHYLENE-INSENSITIVE5 encodes a 5'-->3' exoribonuclease required for regulation of the EIN3-targeting F-box proteins EBF1/2.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0605528103 The exoribonuclease XRN4 is a component of the ethylene response pathway in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.046508

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023513 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程

GO:0000967 rRNA 5'-end processing 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006369 termination of RNA polymerase II transcription 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006401 RNA catabolic process 生物过程

GO:0007017 microtubule-based process 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0010587 miRNA catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G75660

ath:AT5G42540

hsa:22803

mmu:24128

pon:100173960

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.527

排名 1 · TkA06G312000 · TK1151

细胞核0.513

排名 2 · TkA06G312000 · TK1151

细胞膜0.062

排名 3 · TkA06G312000 · TK1151

内质网0.059

排名 4 · TkA06G312000 · TK1151

高尔基体0.044

排名 5 · TkA06G312000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03159XRN_N1-253 aa

PF00098zf-CCHC263-277 aa

PF17846XRN_M326-809 aa

PF03159XRN_N408-430 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G312000	`PF03159`	XRN_N	1	253	8.8e-102	340.3
TkA06G312000	`PF00098`	zf-CCHC	263	277	0.00062	20.4
TkA06G312000	`PF17846`	XRN_M	326	809	9.2e-168	559.5
TkA06G312000	`PF03159`	XRN_N	408	430	8.8e-102	340.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FQ03`	拟南芥	sp\|Q9FQ03\|XRN3_ARATH 5'-3' exoribonuclease 3	76.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FQ02`	拟南芥	sp\|Q9FQ02\|XRN2_ARATH 5'-3' exoribonuclease 2	64.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FQ04`	拟南芥	sp\|Q9FQ04\|XRN4_ARATH 5'-3' exoribonuclease 4	56.400%	Swiss-Prot	高置信

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