RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G177730
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 46559411-46560061 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

651 bp · TkA06G177730|TK1151|cDNA

ATGAAACAAAAGGGCGTGGACCCCACTTTAGAGCACTATACGTGCATTGTTGGACTTTTAAGTAAGGCGGGACGATTAAATGAAGCTTTAAATTTCATGAAATCAACAAAAATCAAATGGGACACAGTTGCATGGCGTAAGTTACTCAATGCATGTCATGTTCACAGAAATTACACTTTAGGTACCCAAGTTGGAAACTTTATTACGAATTTGGACCCTGAAGATGAAGGAACTTACACCCTTTTGTCGAATATGTATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

651 bp · TkA06G177730|TK1151|CDS

ATGAAACAAAAGGGCGTGGACCCCACTTTAGAGCACTATACGTGCATTGTTGGACTTTTAAGTAAGGCGGGACGATTAAATGAAGCTTTAAATTTCATGAAATCAACAAAAATCAAATGGGACACAGTTGCATGGCGTAAGTTACTCAATGCATGTCATGTTCACAGAAATTACACTTTAGGTACCCAAGTTGGAAACTTTATTACGAATTTGGACCCTGAAGATGAAGGAACTTACACCCTTTTGTCGAATATGTATGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

216 aa · TkA06G177730|TK1151|PROTEIN

MKQKGVDPTLEHYTCIVGLLSKAGRLNEALNFMKSTKIKWDTVAWRKLLNACHVHRNYTLGTQVGNFITNLDPEDEGTYTLLSNMYVKGENFSGVTKVRELMKKKKIKKEPGLSWVEIKNQTHVFVSGDDKHAEFVAILDKLKDLFGKIKTIGYVADMGNVLDDVEDEQKEDNIRFHSEKLAVGYGLLKTHEEVPIRIMKNLRICDDCHCVMKFVL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G177730
TK1151 IDTkA06G177730
OH-1004 IDLXL04_024111
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G177730
位置Chr06:46559411-46560061 (+)
描述Similar to EMB2744: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39680
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g39680 含有五肽重复序列的蛋白质 At5g39680。 暂无已核实直接文献
At2g03880 含五聚肽重复的蛋白At2g03880，线粒体定位。 暂无已核实直接文献
At4g13650 含五重复肽基序蛋白 At4g13650。 暂无已核实直接文献
At2g22070 含五肽重复序列的蛋白 At2g22070。 暂无已核实直接文献
At5g06540 含五肽重复序列的蛋白 At5g06540。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024111 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G03880
ath:AT2G22070
ath:AT4G13650
ath:AT4G37380
ath:AT5G39680
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.633
排名 1 · TkA06G177730 · TK1151
质体0.148
排名 2 · TkA06G177730 · TK1151
细胞核0.093
排名 3 · TkA06G177730 · TK1151
细胞质0.062
排名 4 · TkA06G177730 · TK1151
过氧化物酶体0.012
排名 5 · TkA06G177730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812PPR_31-20 aa
PF13041PPR_21-9 aa
PF12854PPR_14-33 aa
PF12921ATP138-59 aa
PF01535PPR12-34 aa
PF13041PPR_212-52 aa
PF07035RMC1_C12-69 aa
PF20431E_motif32-39 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G177730PF13812PPR_31208.3e-0626.5
TkA06G177730PF13041PPR_2190.0004421.0
TkA06G177730PF12854PPR_14330.005417.2
TkA06G177730PF12921ATP138590.01515.9
TkA06G177730PF01535PPR12347.9e-0523.4
TkA06G177730PF13041PPR_212520.0004421.0
TkA06G177730PF07035RMC1_C12690.04713.8
TkA06G177730PF20431E_motif32396.4e-1555.9
TkA06G177730PF13812PPR_333638.3e-0626.5
TkA06G177730PF20431E_motif571176.4e-1555.9
TkA06G177730PF07686V-set68980.1812.7
TkA06G177730PF12921ATP13751300.01515.9
TkA06G177730PF13041PPR_2761080.0004421.0
TkA06G177730PF12854PPR_176850.005417.2
TkA06G177730PF13812PPR_3781088.3e-0626.5
TkA06G177730PF01535PPR781077.9e-0523.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FK93拟南芥sp|Q9FK93|PP406_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g3968052.100%Swiss-Prot高置信
Q9SI53拟南芥sp|Q9SI53|PP147_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial46.200%Swiss-Prot中等置信
Q9SVP7拟南芥sp|Q9SVP7|PP307_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1365044.100%Swiss-Prot中等置信
Q9SHZ8拟南芥sp|Q9SHZ8|PP168_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2207043.800%Swiss-Prot中等置信
Q9FG16拟南芥sp|Q9FG16|PP367_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0654042.800%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看