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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G177360
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 46475993-46476862 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

633 bp · TkA06G177360|TK1151|cDNA

ATGTATTCAAGAACCGGTGACATTAAATCATCTGAAAAGATATTTGCAAGTATGATCACTCGCAATATTATAACATGGAATACGATGATATGTGGGTACTCCCATCATGGTCTAGGTCAAAAGTCGTTGACTTTATTTCAAGAAATGTTGGAATTAGGTCAAGATCCTAATCATGTGACTTTTACCGGTGTTCTTACGGCTTGTGGACATTTAGGGCTTGTAGAACAAGGGTTTTACTATGAAGGAACTTACACCCTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

633 bp · TkA06G177360|TK1151|CDS

ATGTATTCAAGAACCGGTGACATTAAATCATCTGAAAAGATATTTGCAAGTATGATCACTCGCAATATTATAACATGGAATACGATGATATGTGGGTACTCCCATCATGGTCTAGGTCAAAAGTCGTTGACTTTATTTCAAGAAATGTTGGAATTAGGTCAAGATCCTAATCATGTGACTTTTACCGGTGTTCTTACGGCTTGTGGACATTTAGGGCTTGTAGAACAAGGGTTTTACTATGAAGGAACTTACACCCTTTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

210 aa · TkA06G177360|TK1151|PROTEIN

MYSRTGDIKSSEKIFASMITRNIITWNTMICGYSHHGLGQKSLTLFQEMLELGQDPNHVTFTGVLTACGHLGLVEQGFYYEGTYTLLSNIYAKGENFSGVTKVRELMKKRKIKKEPGLSWVEIKNQTHVFVSGDDKHPEFVDILDKLKDLFRQIKAIGYVADTGNVLHDVDDEQKEDNIRFHSEKLAVAYGLLKTCEEGANSYYEEFEDL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G177360
TK1151 IDTkA06G177360
OH-1004 IDLXL04_024107
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)71.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 94.286 / OH-1004 39.799
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G177360
位置Chr06:46475993-46476862 (+)
描述Similar to EMB2744: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39680
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g39680 含有五肽重复序列的蛋白质 At5g39680。 暂无已核实直接文献
At2g03880 含五聚肽重复的蛋白At2g03880，线粒体定位。 暂无已核实直接文献
At4g02750 含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。 暂无已核实直接文献
At3g23330 推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。 暂无已核实直接文献
At5g06540 含五肽重复序列的蛋白 At5g06540。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024107 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G27610
ath:AT4G30700
ath:AT5G39680
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.435
排名 1 · TkA06G177360 · TK1151
质体0.237
排名 2 · TkA06G177360 · TK1151
细胞质0.139
排名 3 · TkA06G177360 · TK1151
细胞核0.084
排名 4 · TkA06G177360 · TK1151
过氧化物酶体0.038
排名 5 · TkA06G177360 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535PPR2-23 aa
PF13041PPR_22-23 aa
PF20431E_motif2-22 aa
PF13812PPR_32-18 aa
PF13812PPR_319-69 aa
PF12854PPR_119-49 aa
PF13041PPR_221-69 aa
PF01535PPR24-53 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G177360PF01535PPR2231e-1763.7
TkA06G177360PF13041PPR_22235.7e-1555.9
TkA06G177360PF20431E_motif2221.2e-1351.8
TkA06G177360PF13812PPR_32182.1e-0525.2
TkA06G177360PF13812PPR_319692.1e-0525.2
TkA06G177360PF12854PPR_119490.0001322.3
TkA06G177360PF13041PPR_221695.7e-1555.9
TkA06G177360PF01535PPR24531e-1763.7
TkA06G177360PF14432DYW_deaminase24351.5e-0938.2
TkA06G177360PF12854PPR_153650.0001322.3
TkA06G177360PF01535PPR59761e-1763.7
TkA06G177360PF20431E_motif811221.2e-1351.8
TkA06G177360PF01535PPR831121e-1763.7
TkA06G177360PF13041PPR_2831135.7e-1555.9
TkA06G177360PF13812PPR_3831132.1e-0525.2
TkA06G177360PF20430Eplus_motif1271540.00816.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FK93拟南芥sp|Q9FK93|PP406_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g3968039.000%Swiss-Prot中等置信
Q9SI53拟南芥sp|Q9SI53|PP147_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial33.800%Swiss-Prot中等置信
Q9SY02拟南芥sp|Q9SY02|PP301_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0275032.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LW63拟南芥sp|Q9LW63|PP251_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2333032.100%Swiss-Prot中等置信
Q9FG16拟南芥sp|Q9FG16|PP367_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0654031.300%Swiss-Prot中等置信

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