TkA06G169790 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G169790

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 44629203-44632316 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1564 bp · TkA06G169790|TK1151|cDNA

AAAACTTGCCCCAAAAGCCCAGCTGAACAAACACCATCACTCATTCACTCCGCAGGTGGCGTTTGCACTCACTTTTTTTCGAACTACTCGCCTCAACCGCTCCATTTTCATCGAGATCATATAACAACATCCTTGATCGTGATCTTGATTTTCATCAGGAAGTTTTTAATAACGAGCAGAATGTCAACACAAAGTGAAGCTCCATCCACCACTCCAAGTGTACAAGTGGTTGGAAACGCCTTTGTTGAACAGTACTACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1479 bp · TkA06G169790|TK1151|CDS

AAAACTTGCCCCAAAAGCCCAGCTGAACAAACACCATCACTCATTCACTCCGCAGGTGGCGTTTGCACTCACTTTTTTTCGAACTACTCGCCTCAACCGCTCCATTTTCATCGAGATCATATAACAACATCCTTGATCGTGATCTTGATTTTCATCAGGAAGTTTTTAATAACGAGCAGAATGTCAACACAAAGTGAAGCTCCATCCACCACTCCAAGTGTACAAGTGGTTGGAAACGCCTTTGTTGAACAGTACTACCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

492 aa · TkA06G169790|TK1151|PROTEIN

KTCPKSPAEQTPSLIHSAGGVCTHFFSNYSPQPLHFHRDHITTSLIVILIFIRKFLITSRMSTQSEAPSTTPSVQVVGNAFVEQYYHILHHSPDMVHKFYQESSFISRPDEDGAMTTVTTMKGINDKICSLDYTAYKAEIKTADAQESYKDGVMVLVTGCLTKKDDNQRKKFIQSFFLAPQDKGFFVLNDVFRYVDEGKLLEDNHVVVEGTNDDQTTPLILDPPSQDVDSVDPPSQDVDSVDKEEVEHILENENKETHPN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G169790`
TK1151 ID	TkA06G169790
OH-1004 ID	LXL04_024177
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.984 / OH-1004 92.235 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G169790

位置 Chr06:44629203-44632316 (+)

描述 Similar to NTF2: Nuclear transport factor 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60980`	参与 RNA 指导的 DNA 甲基化。	AtMBD6, a methyl CpG binding domain protein, maintains gene silencing in Arabidopsis by interacting with RNA binding proteins.2017 · DOI: 10.1007/s12038-016-9658-1

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024177 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007265 Ras protein signal transduction 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0032481 positive regulation of type I interferon production 生物过程

GO:0034063 stress granule assembly 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0090090 negative regulation of canonical Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005925 focal adhesion 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G60980

bta:534214

hsa:10146

mmu:27041

pon:100172476

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.621

排名 1 · TkA06G169790 · TK1151

细胞核0.381

排名 2 · TkA06G169790 · TK1151

细胞膜0.086

排名 3 · TkA06G169790 · TK1151

内质网0.071

排名 4 · TkA06G169790 · TK1151

高尔基体0.056

排名 5 · TkA06G169790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13334DUF409444-69 aa

PF02136NTF277-194 aa

PF22602NXF_NTF279-107 aa

PF02759RUN82-132 aa

PF22602NXF_NTF2143-191 aa

PF13334DUF4094232-275 aa

PF22602NXF_NTF2289-317 aa

PF00076RRM_1353-411 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G169790	`PF13334`	DUF4094	44	69	0.26	12.4
TkA06G169790	`PF02136`	NTF2	77	194	1.7e-32	113.0
TkA06G169790	`PF22602`	NXF_NTF2	79	107	0.075	13.9
TkA06G169790	`PF02759`	RUN	82	132	0.18	12.6
TkA06G169790	`PF22602`	NXF_NTF2	143	191	0.075	13.9
TkA06G169790	`PF13334`	DUF4094	232	275	0.26	12.4
TkA06G169790	`PF22602`	NXF_NTF2	289	317	0.075	13.9
TkA06G169790	`PF00076`	RRM_1	353	411	4.6e-11	43.1
TkA06G169790	`PF13334`	DUF4094	355	370	0.26	12.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FME2`	拟南芥	sp\|Q9FME2\|NTF2_ARATH Nuclear transport factor 2	48.300%	Swiss-Prot	中等置信

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