TkA06G168610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G168610

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 44340793-44342859 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

798 bp · TkA06G168610|TK1151|cDNA

ATGGAGGTTGTATCTGCTATCATTGGTCCTATTGTTGAATCTGTATTGGTTCCAGTGAAGAAACAGCTGGGATATCTATTTTCCTCAACAAAACATGTTGGGAAGATGAATGCTAGAATGGAGCAATTGCATGATACAAGCATTGATGTCACAAAACACATGGAAGCAAACAATATAAGCAATCAGGAGATACCTACTCATGTGCTTGGTTGGCTGAAAGAGGTCGCAAAAATTGAGATTAACATCCCTAAAATTCAGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

798 bp · TkA06G168610|TK1151|CDS

ATGGAGGTTGTATCTGCTATCATTGGTCCTATTGTTGAATCTGTATTGGTTCCAGTGAAGAAACAGCTGGGATATCTATTTTCCTCAACAAAACATGTTGGGAAGATGAATGCTAGAATGGAGCAATTGCATGATACAAGCATTGATGTCACAAAACACATGGAAGCAAACAATATAAGCAATCAGGAGATACCTACTCATGTGCTTGGTTGGCTGAAAGAGGTCGCAAAAATTGAGATTAACATCCCTAAAATTCAGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

265 aa · TkA06G168610|TK1151|PROTEIN

MEVVSAIIGPIVESVLVPVKKQLGYLFSSTKHVGKMNARMEQLHDTSIDVTKHMEANNISNQEIPTHVLGWLKEVAKIEINIPKIQQDVAEYIIGKSLSELSQEVRADRLRIAFEKLSEDKKKVVMILDDIWEMIVLKDIGLSPFPNGFKLLLTSRHENLCHQITVEASLAFKALRVNVMEELEAQNFFFQIAGDEKKDDQELNQLGSEIVRRCRFLPLAIKLIATTLKFREANVWRDTRLLLKNNNLDENYQEIIKCNA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G168610`
TK1151 ID	TkA06G168610
OH-1004 ID	LXL04_015246
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	60.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.623 / OH-1004 22.452 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G168610

位置 Chr06:44340793-44342859 (+)

描述 Similar to At4g27190: Disease resistance protein At4g27190

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g12210`	抗病(R)蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g12220`	抗病蛋白，特异性识别来自丁香假单胞菌的 avrPphB III 型效应无毒蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g43740`	可能的疾病抗性蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015246 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12210

ath:AT4G27190

ath:AT4G27220

ath:AT5G43740

ath:AT5G47250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.587

排名 1 · TkA06G168610 · TK1151

细胞质0.180

排名 2 · TkA06G168610 · TK1151

内质网0.178

排名 3 · TkA06G168610 · TK1151

细胞核0.085

排名 4 · TkA06G168610 · TK1151

细胞外0.070

排名 5 · TkA06G168610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21814DUF688312-63 aa

PF03058Sar8_242-77 aa

PF24061LBD_receptor76-88 aa

PF00931NB-ARC81-197 aa

PF01637ATPase_284-139 aa

PF24061LBD_receptor166-214 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G168610	`PF21814`	DUF6883	12	63	0.14	13.1
TkA06G168610	`PF03058`	Sar8_2	42	77	0.16	13.1
TkA06G168610	`PF24061`	LBD_receptor	76	88	0.063	13.1
TkA06G168610	`PF00931`	NB-ARC	81	197	2.2e-09	37.8
TkA06G168610	`PF01637`	ATPase_2	84	139	0.11	13.0
TkA06G168610	`PF24061`	LBD_receptor	166	214	0.063	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L3R3`	拟南芥	sp\|Q8L3R3\|RFL1_ARATH Disease resistance protein RFL1	27.800%	Swiss-Prot	低置信
`O64973`	拟南芥	sp\|O64973\|RPS5_ARATH Disease resistance protein RPS5	27.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FG90`	拟南芥	sp\|Q9FG90\|DRL33_ARATH Probable disease resistance protein At5g43740	25.200%	Swiss-Prot	低置信

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