TkA06G164680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G164680

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 43369716-43371575 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1702 bp · TkA06G164680|TK1151|cDNA

CAACTATCCCCAAAAGGAATCAAAACCCATTACAAATCATTGCTCTCTCCCCTGACTTTTTTTTGTTTCTATCCACAACTCATCATCTTCCATGATTGTTACTTGAGCATGAATCCTTCAAGAACAATTGATCTTCCATGATTGTTACTTGACCTCCTAAAGCGTTGGTCTTCGTGACTGGGGACCAAGTAATTTGGGCCTTTGAGGATCTTATACTTTTGTTGGTTTAGAAGCACTCGTATCCAAATTAGGCTCTTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1311 bp · TkA06G164680|TK1151|CDS

ATGGTGGTTGGGATCGGAAATGGAATCGGAATCGGAATAGGCGAGTCTAGAGATTTGATGACGCAATTGGTTAAGATGGGTGCAGGTGCCGATGGGGGAGGCGGGTCAAGGAACACGAGCCCGATGGGTCGACGGGTCGGGTCAAGGAACGTTAGTCCATCAAAGCAGAAATCAATCAAAACGAAACCAAGAGGTTTAGACGAAGAAACAATCGCTAAATTCCCCAAATCTCCTCAACCCGATGTTCAAATGGAAGACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

436 aa · TkA06G164680|TK1151|PROTEIN

MVVGIGNGIGIGIGESRDLMTQLVKMGAGADGGGGSRNTSPMGRRVGSRNVSPSKQKSIKTKPRGLDEETIAKFPKSPQPDVQMEDDIWAMLPEDLLNEILARIPPFMIFRLRSVCKRWNSILLDSAFLQFHSQVPSHGPCLLTFYKNPVNSQTQSPQCSIFSLPLKQWFRIPFTFLPQWAICLIGSSGGLVCFSGLDGSTFKTLICNPLTQTYQILPLMHYNHQRQLTMVVDRSQHTFKIIAANDLYGDRSLPTEVYDS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G164680`
TK1151 ID	TkA06G164680
OH-1004 ID	LXL04_024206
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G164680

位置 Chr06:43369716-43371575 (+)

描述 Similar to At5g15710: F-box/kelch-repeat protein At5g15710

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15710`	F-box/kelch-repeat 蛋白 At5g15710。	暂无已核实直接文献
`At5g49610`	F-box 蛋白 At5g49610。	暂无已核实直接文献
`At4g10190`	推定的F-box蛋白At4g10190。	暂无已核实直接文献
`At2g23160`	F-盒蛋白 At2g23160。	暂无已核实直接文献
`At3g21120`	假定F-box蛋白At3g21120。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024206 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0009933 meristem structural organization 生物过程

GO:0010074 maintenance of meristem identity 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010193 response to ozone 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010928 regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27340

ath:AT1G30950

ath:AT3G61590

ath:AT5G15710

osa:107277138

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.648

排名 1 · TkA06G164680 · TK1151

细胞质0.301

排名 2 · TkA06G164680 · TK1151

细胞膜0.082

排名 3 · TkA06G164680 · TK1151

内质网0.070

排名 4 · TkA06G164680 · TK1151

质体0.041

排名 5 · TkA06G164680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12937F-box-like89-126 aa

PF00646F-box90-128 aa

PF08268FBA_3167-244 aa

PF03478Beta-prop_KIB1-4177-366 aa

PF24750b-prop_At3g26010-like177-289 aa

PF07646Kelch_2191-213 aa

PF07646Kelch_2276-290 aa

PF07646Kelch_2294-312 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G164680	`PF12937`	F-box-like	89	126	7.9e-07	29.5
TkA06G164680	`PF00646`	F-box	90	128	1.2e-08	35.2
TkA06G164680	`PF08268`	FBA_3	167	244	0.003	17.4
TkA06G164680	`PF03478`	Beta-prop_KIB1-4	177	366	1.3e-06	28.9
TkA06G164680	`PF24750`	b-prop_At3g26010-like	177	289	2.8e-05	24.1
TkA06G164680	`PF07646`	Kelch_2	191	213	0.025	15.3
TkA06G164680	`PF07646`	Kelch_2	276	290	0.025	15.3
TkA06G164680	`PF07646`	Kelch_2	294	312	0.025	15.3
TkA06G164680	`PF24750`	b-prop_At3g26010-like	296	319	2.8e-05	24.1
TkA06G164680	`PF07646`	Kelch_2	324	366	0.025	15.3
TkA06G164680	`PF08268`	FBA_3	336	365	0.003	17.4
TkA06G164680	`PF00646`	F-box	364	381	1.2e-08	35.2
TkA06G164680	`PF07646`	Kelch_2	401	414	0.025	15.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFV5`	拟南芥	sp\|Q9LFV5\|FK111_ARATH F-box/kelch-repeat protein At5g15710	74.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FGY4`	拟南芥	sp\|Q9FGY4\|FB341_ARATH F-box protein At5g49610	22.500%	Swiss-Prot	低置信
`O82622`	拟南芥	sp\|O82622\|FB227_ARATH Putative F-box protein At4g10190	25.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q1KS79`	拟南芥	sp\|Q1KS79\|FB116_ARATH F-box protein At2g23160	24.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LJC0`	拟南芥	sp\|Q9LJC0\|FB170_ARATH Putative F-box protein At3g21120	23.300%	Swiss-Prot	低置信

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