TkA06G162510 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G162510

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 42743403-42749681 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1041 bp · TkA06G162510|TK1151|cDNA

TTTTTGTTTTATGTTTATGTATGATAGATTGTGTTATGCCTTCAAGGTGCGATTAATTACAACAAACTCGGGGCAAAGTTACCAAGAGGGGTATTACTAGTGGGCCCCCCAGGGACCGGGAAGACACTATTGGCACGTGCAGTGGCTGGGGAAGCCGGAGTCCCTTTTTTTACGGTTTCCGCAAGTGAATTTGTGGAGATGTTTGTTGGGAGAGGAGCAGCGCGAATTAGGGACCTTTTTAGTGTTGCAAGGAAGAATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1833 bp · TkA06G162510|TK1151|CDS

ATGGGAAATTTGAATGCTATGTACGTAGAAATGGCAGCCTTTCCTGTTCAATTACACAGCGGATCCTTTGGCAGTTGTCAAATGTCGAGGCTTCGTGTTATGCACACCAAGTGTTCGATGAAATGCCAAATTCTTTCTTCTTCAGTGTCCAATTCATGCCACGGTTCACATTCATTTCCTCTAGTAAATTCCAAATCTCAAAGGAGGTTGCTATCTATTAGGTCCGTGATTAACGCAAACGGAAAAAAAGAAAACCATCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

610 aa · TkA06G162510|TK1151|PROTEIN

MGNLNAMYVEMAAFPVQLHSGSFGSCQMSRLRVMHTKCSMKCQILSSSVSNSCHGSHSFPLVNSKSQRRLLSIRSVINANGKKENHPTNREPSFLRKGFKLRLQPRLRLLSSRLKKTSIRSMLNNLGTYLRKNFKKVTLSASISVVLGLCYLFLKLTAMPTPKVVPYSDLITNLQSGSVLKVLFEEGSRKIYYNTGSLDVENNNDPQINISEINDDEENSIKNVDITTPTVLRKVTRTKKSIPEWQYSTRKIDHDESYLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G162510`
TK1151 ID	TkA06G162510
OH-1004 ID	LXL04_024229
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G162510

位置 Chr06:42743403-42749681 (-)

描述 Similar to FTSHI3: Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02450`	可能参与分子伴侣功能或在类囊体FtsH复合物中起结构作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024229 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0004176 ATP-dependent peptidase activity 分子功能

GO:0004222 metalloendopeptidase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

amr:AM1_D0237

ath:AT3G02450

sti:Sthe_2649

tro:trd_A0442

ttr:Tter_0172

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.951

排名 1 · TkA06G162510 · TK1151

线粒体0.048

排名 2 · TkA06G162510 · TK1151

细胞核0.031

排名 3 · TkA06G162510 · TK1151

细胞质0.020

排名 4 · TkA06G162510 · TK1151

细胞膜0.013

排名 5 · TkA06G162510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06480FtsH_ext145-275 aa

PF25199nSTAND_NTPase5344-432 aa

PF00158Sigma54_activat355-381 aa

PF13191AAA_16357-384 aa

PF06068TIP49360-397 aa

PF05496RuvB_N360-427 aa

PF12775AAA_7360-380 aa

PF07728AAA_5361-478 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G162510	`PF06480`	FtsH_ext	145	275	1.8e-07	32.0
TkA06G162510	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	344	432	0.075	13.6
TkA06G162510	`PF00158`	Sigma54_activat	355	381	0.16	12.4
TkA06G162510	`PF13191`	AAA_16	357	384	5.2e-06	27.8
TkA06G162510	`PF06068`	TIP49	360	397	3.5e-05	23.9
TkA06G162510	`PF05496`	RuvB_N	360	427	0.00018	22.0
TkA06G162510	`PF12775`	AAA_7	360	380	0.18	12.0
TkA06G162510	`PF07728`	AAA_5	361	478	4.5e-06	27.4
TkA06G162510	`PF00004`	AAA	362	491	1.6e-46	158.7
TkA06G162510	`PF13401`	AAA_22	362	393	9e-05	23.5
TkA06G162510	`PF20720`	nSTAND3	362	463	0.00029	21.3
TkA06G162510	`PF13671`	AAA_33	362	411	0.00053	21.0
TkA06G162510	`PF13521`	AAA_28	362	398	0.003	18.5
TkA06G162510	`PF01695`	IstB_IS21	362	385	0.016	15.5
TkA06G162510	`PF01078`	Mg_chelatase	362	380	0.023	14.8
TkA06G162510	`PF07724`	AAA_2	362	429	0.057	14.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M895`	拟南芥	sp\|Q9M895\|FTSI3_ARATH Probable inactive ATP-dependent zinc metalloprotease FTSHI 3, chloroplastic	69.800%	Swiss-Prot	高置信

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