TkA06G152040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G152040

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 39797523-39798737 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1215 bp · TkA06G152040|TK1151|cDNA

ATGAACTCGGCGTTTCCCGTACCTTCAAGAATCGTTTCTGTCGTCACCGCCGTTCGAGCCTCCATGGACAACGACCACCAAAAAGTCGACCCAACTAGAAAGCGAGTGTTGGTATGCGGCGGCGGAGTAATCGGTGTTTGCACCGCCTACTTCCTTTCTAAAAAAGGCGCCGGCGTCACTCTCATCGAGCAATCATCCATCGCCTGTGCAGCATCAGGGAAGGCCGGAGGGTTTTTAGCTCTGGATTGGTGCGACGGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1215 bp · TkA06G152040|TK1151|CDS

ATGAACTCGGCGTTTCCCGTACCTTCAAGAATCGTTTCTGTCGTCACCGCCGTTCGAGCCTCCATGGACAACGACCACCAAAAAGTCGACCCAACTAGAAAGCGAGTGTTGGTATGCGGCGGCGGAGTAATCGGTGTTTGCACCGCCTACTTCCTTTCTAAAAAAGGCGCCGGCGTCACTCTCATCGAGCAATCATCCATCGCCTGTGCAGCATCAGGGAAGGCCGGAGGGTTTTTAGCTCTGGATTGGTGCGACGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

404 aa · TkA06G152040|TK1151|PROTEIN

MNSAFPVPSRIVSVVTAVRASMDNDHQKVDPTRKRVLVCGGGVIGVCTAYFLSKKGAGVTLIEQSSIACAASGKAGGFLALDWCDGGPISSLARASFNLHRSLAEELNGRESYGYRPVNTLSLSITEAENPPRTQKSKLPPWIDGPAKSPKSIGTTETTAQVHPQLFTRTLIEKAVAEYGVEVVIGKVSSIETGDGKVTAVVEGGGVIDGDAVVLALGPWTSKFSLLSSVIRVHGVKAHSIVLEPKEADAITADALFLSY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G152040`
TK1151 ID	TkA06G152040
OH-1004 ID	LXL04_024368
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.802 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G152040`
位置	Chr06:39797523-39798737 (+)
描述	Similar to SPAC1F5.03c: Putative oxidoreductase C1F5.03c (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_024368` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0019740 nitrogen utilization 生物过程 GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005770 late endosome 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0003884 D-amino-acid oxidase activity 分子功能 GO:0008445 D-aspartate oxidase activity 分子功能 GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bsu:BSU32630 sce:YHR009C spo:2541471 spo:2542382 zma:100037820 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.744

排名 1 · TkA06G152040 · TK1151

细胞质0.172

排名 2 · TkA06G152040 · TK1151

过氧化物酶体0.139

排名 3 · TkA06G152040 · TK1151

线粒体0.082

排名 4 · TkA06G152040 · TK1151

细胞核0.064

排名 5 · TkA06G152040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07992Pyr_redox_214-69 aa

PF13241NAD_binding_730-66 aa

PF01946Thi433-71 aa

PF01266DAO35-377 aa

PF00070Pyr_redox35-66 aa

PF01494FAD_binding_335-76 aa

PF04820Trp_halogenase35-75 aa

PF03486HI0933_like35-66 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G152040	`PF07992`	Pyr_redox_2	14	69	4.6e-11	43.4
TkA06G152040	`PF13241`	NAD_binding_7	30	66	0.015	16.6
TkA06G152040	`PF01946`	Thi4	33	71	0.11	12.5
TkA06G152040	`PF01266`	DAO	35	377	3.7e-49	168.9
TkA06G152040	`PF00070`	Pyr_redox	35	66	8e-05	23.8
TkA06G152040	`PF01494`	FAD_binding_3	35	76	0.00053	20.0
TkA06G152040	`PF04820`	Trp_halogenase	35	75	0.0028	17.3
TkA06G152040	`PF03486`	HI0933_like	35	66	0.49	10.6
TkA06G152040	`PF01134`	GIDA	36	69	0.002	17.9
TkA06G152040	`PF05834`	Lycopene_cycl	36	66	0.0079	16.0
TkA06G152040	`PF12831`	FAD_oxidored	36	67	0.03	14.3
TkA06G152040	`PF02558`	ApbA	36	74	0.15	12.4
TkA06G152040	`PF00890`	FAD_binding_2	36	79	0.16	11.8
TkA06G152040	`PF13454`	NAD_binding_9	38	67	0.00052	20.7
TkA06G152040	`PF13450`	NAD_binding_8	39	77	0.00046	21.1
TkA06G152040	`PF01593`	Amino_oxidase	45	64	0.0014	18.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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