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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G142840
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 37466439-37468698 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2157 bp · TkA06G142840|TK1151|cDNA

ATGGTGTTAGGATGGAGAAGAGCTTTCTGTACGTCGGTCCCCCGGGAAGGTGATTCGACCTCCATGGCTTCCATGGATGAGATTGAGTGTGAGCATGTCGTTGACGATGTGAATAGTTGTAGTTCTACTCCGAAATTTGGTAGAAGATTTGGGTTCTTTAGTTCTTATTCGAATCCATCTACGCCTCCACTTCGATCTCAATCGGTGTCTAGTCCAAGCCTCCGTTGTCGGACCACCGCCGCTGTACCGGCTCCGTCGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2157 bp · TkA06G142840|TK1151|CDS

ATGGTGTTAGGATGGAGAAGAGCTTTCTGTACGTCGGTCCCCCGGGAAGGTGATTCGACCTCCATGGCTTCCATGGATGAGATTGAGTGTGAGCATGTCGTTGACGATGTGAATAGTTGTAGTTCTACTCCGAAATTTGGTAGAAGATTTGGGTTCTTTAGTTCTTATTCGAATCCATCTACGCCTCCACTTCGATCTCAATCGGTGTCTAGTCCAAGCCTCCGTTGTCGGACCACCGCCGCTGTACCGGCTCCGTCGTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

718 aa · TkA06G142840|TK1151|PROTEIN

MVLGWRRAFCTSVPREGDSTSMASMDEIECEHVVDDVNSCSSTPKFGRRFGFFSSYSNPSTPPLRSQSVSSPSLRCRTTAAVPAPSSSVPVSPKLRCETKNSPRCFIRSSNPSSPRSSSPLSFLRSSLRLCTRRCGLCLQSLKRGQGMATFTAECSHCFHFPCIADHVKKQGSLACPVCSCLWKDMPLLSVDDENQKHQFVEEEERIREKLATRFFTEDVVRKNESSKQQPLRSDLKVYNDDEPLASLTPKARFIPIPES...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G142840
TK1151 IDTkA06G142840
OH-1004 IDLXL04_024446
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 89.750
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G142840
位置Chr06:37466439-37468698 (+)
描述Similar to WAV3: E3 ubiquitin-protein ligase WAV3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g49665 E3 泛素蛋白连接酶参与根生长的调节。
The wavy growth 3 E3 ligase family controls the gravitropic response in Arabidopsis roots.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04870.x
At4g37890 可能的E3泛素蛋白连接酶，参与雌配子体发育。 暂无已核实直接文献
At2g22680 E3 泛素蛋白连接酶参与根生长的调节。
The wavy growth 3 E3 ligase family controls the gravitropic response in Arabidopsis roots.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04870.x
At5g65683 可能的 E3 泛素蛋白连接酶参与根生长的调节。
The wavy growth 3 E3 ligase family controls the gravitropic response in Arabidopsis roots.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04870.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024446 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009630 gravitropism 生物过程
GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程
GO:0010274 hydrotropism 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0030212 hyaluronan metabolic process 生物过程
GO:0034097 response to cytokine 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0031012 extracellular matrix 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G22680
ath:AT4G37890
ath:AT5G49665
ath:AT5G65683
hsa:3700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.383
排名 1 · TkA06G142840 · TK1151
细胞质0.328
排名 2 · TkA06G142840 · TK1151
细胞膜0.274
排名 3 · TkA06G142840 · TK1151
质体0.101
排名 4 · TkA06G142840 · TK1151
内质网0.064
排名 5 · TkA06G142840 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13923zf-C3HC4_225-33 aa
PF00097zf-C3HC426-32 aa
PF13639zf-RING_2134-179 aa
PF13923zf-C3HC4_2134-179 aa
PF23555zf-RING_Vps41134-180 aa
PF21202SLX1_C134-179 aa
PF17123zf-RING_11135-164 aa
PF00097zf-C3HC4135-179 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G142840PF13923zf-C3HC4_225330.008716.6
TkA06G142840PF00097zf-C3HC426320.001319.3
TkA06G142840PF13639zf-RING_21341791.1e-0732.7
TkA06G142840PF13923zf-C3HC4_21341790.008716.6
TkA06G142840PF23555zf-RING_Vps411341800.3411.3
TkA06G142840PF21202SLX1_C1341790.5911.2
TkA06G142840PF17123zf-RING_111351647e-0729.5
TkA06G142840PF00097zf-C3HC41351790.001319.3
TkA06G142840PF13445zf-RING_UBOX1351770.02615.2
TkA06G142840PF12861zf-ANAPC111361831.110.1
TkA06G142840PF12678zf-rbx11381790.000720.5
TkA06G142840PF08746zf-RING-like1521791.49.8
TkA06G142840PF11789zf-Nse1541811.19.9
TkA06G142840PF00092VWA3344401.1e-1249.2
TkA06G142840PF13768VWA_33344718.9e-1246.0
TkA06G142840PF13519VWA_23354391.6e-1558.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LTA6拟南芥sp|Q9LTA6|WAV3_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase WAV344.500%Swiss-Prot中等置信
F4JSV3拟南芥sp|F4JSV3|EDA40_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase EDA4042.200%Swiss-Prot中等置信
Q9ZQ46拟南芥sp|Q9ZQ46|WAVH1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase WAVH144.100%Swiss-Prot中等置信
Q0WQX9拟南芥sp|Q0WQX9|WAVH2_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase WAVH239.600%Swiss-Prot中等置信

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