TkA06G139540 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G139540

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 36537713-36540102 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1595 bp · TkA06G139540|TK1151|cDNA

TCATTTCCACCTTACGTTTTCTTTCCGTTCTTTTATAAACACATAACCCCTTCATTTCTACGTAGATTTTTTTCTCTCTCCACCACTTGTCCCTTTGCCGTCGGTGGCACCACCTCACCTCACTCCATGGATTCCGAAGCCTGCCACCTCACCATAACCACCACCGCCGCCGTCGCCAACACACTCCTTCGACTCATCCAAGGCGATGACTCCAACCCAATTTCCAAAATTGAAGCCGCTAACGAGATCCGATTACTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1245 bp · TkA06G139540|TK1151|CDS

TCATTTCCACCTTACGTTTTCTTTCCGTTCTTTTATAAACACATAACCCCTTCATTTCTACGTAGATTTTTTTCTCTCTCCACCACTTGTCCCTTTGCCGTCGGTGGCACCACCTCACCTCACTCCATGGATTCCGAAGCCTGCCACCTCACCATAACCACCACCGCCGCCGTCGCCAACACACTCCTTCGACTCATCCAAGGCGATGACTCCAACCCAATTTCCAAAATTGAAGCCGCTAACGAGATCCGATTACTCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

414 aa · TkA06G139540|TK1151|PROTEIN

SFPPYVFFPFFYKHITPSFLRRFFSLSTTCPFAVGGTTSPHSMDSEACHLTITTTAAVANTLLRLIQGDDSNPISKIEAANEIRLLTKTSQRCRRQFSAAIKPLVSMLSYKSPEANEAALRALLNLAVKDESNKITIVEAGALGPIVGFLQSENSTMQEHATAALVTLSASPAKKSAVGASGVIPFLVKIINNGSPQAKMDAMVALSNLSTESENLSLILQSHPIPSLINILKTCKKSSKISERCISLLETLVEFEEGRL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G139540`
TK1151 ID	TkA06G139540
OH-1004 ID	LXL04_006993
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	64.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.198 / OH-1004 97.911 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G139540`
位置	Chr06:36537713-36540102 (-)
描述	Similar to PUB4: U-box domain-containing protein 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_006993` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0048364 root development 生物过程 GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程 GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程 GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程 GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程 GO:1904821 chloroplast disassembly 生物过程 GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G23030 ath:AT2G23140 ath:AT3G46510 ath:AT3G54790 ath:AT5G67340 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.506

排名 1 · TkA06G139540 · TK1151

细胞核0.417

排名 2 · TkA06G139540 · TK1151

细胞膜0.142

排名 3 · TkA06G139540 · TK1151

内质网0.060

排名 4 · TkA06G139540 · TK1151

线粒体0.040

排名 5 · TkA06G139540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20168PDS547-210 aa

PF24768ARM_ARMC550-247 aa

PF25598ARM_PUB51-209 aa

PF22958Ltn1_1st54-199 aa

PF13646HEAT_270-126 aa

PF14664RICTOR_N71-193 aa

PF22913NBAS_11th74-114 aa

PF12717Cnd183-215 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G139540	`PF20168`	PDS5	47	210	1.5e-06	27.0
TkA06G139540	`PF24768`	ARM_ARMC5	50	247	3.4e-18	66.8
TkA06G139540	`PF25598`	ARM_PUB	51	209	4.5e-18	66.4
TkA06G139540	`PF22958`	Ltn1_1st	54	199	0.19	11.8
TkA06G139540	`PF13646`	HEAT_2	70	126	0.00014	22.8
TkA06G139540	`PF14664`	RICTOR_N	71	193	0.00073	19.4
TkA06G139540	`PF22913`	NBAS_11th	74	114	0.26	11.9
TkA06G139540	`PF12717`	Cnd1	83	215	0.014	16.1
TkA06G139540	`PF12717`	Cnd1	88	139	0.014	16.1
TkA06G139540	`PF13513`	HEAT_EZ	97	123	0.0029	18.8
TkA06G139540	`PF00514`	Arm	100	127	1.2e-21	76.6
TkA06G139540	`PF03224`	V-ATPase_H_N	100	258	1.1e-07	32.3
TkA06G139540	`PF05804`	KAP	102	229	0.023	13.6
TkA06G139540	`PF21547`	TTI1	103	127	0.0017	18.9
TkA06G139540	`PF11841`	ELMO_ARM	103	168	0.0022	18.6
TkA06G139540	`PF04826`	Arm_2	106	132	6.6e-05	23.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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