TkA06G131640 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G131640

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 34395195-34398280 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2437 bp · TkA06G131640|TK1151|cDNA

CTAGGGTTAGGTTTGTTTAACCCAAGCAATATGATTGTGTGATCACTCGGGGCTCCATTATCATATTTTCAGAGGAACAATCAGAAAGTTTTAAGGGAGAAGATACGCCGGAAAAATTAGGGTTTAAGCAGTTTTGGTGTTCATTTCTGCAGAATTTAGGGTTAGGGACTGGTCATCTAATCAGTTAGGGTTGCAATTTAAGATTTTTGTTCTGTTAGGTTTTTATTCGTGCTGGTAAAAAAACTAAATTTGGAGCTGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1380 bp · TkA06G131640|TK1151|CDS

ATGGACGAGATCTGGGAGAGGGCGGTGGAGACAGCGCTAGATGGCCAAACCGATGTCGCGTCGGTCCGGACGTTAACCCTCGACGGAGCGGTGAAGTGCGTGCACGGCCGTCTACCACATCCGTCTCTGTTCCAGAAGTTTCCTCACCTACAACACCTATCTATTGCAAACATAGGCGTTTCATCGCTTGAGCAGTTCCCGCGTTTACAAAACCTTCAGAAGTTGATTTTGTCGGACAATCGGATTGCTGGTGGTTTGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

459 aa · TkA06G131640|TK1151|PROTEIN

MDEIWERAVETALDGQTDVASVRTLTLDGAVKCVHGRLPHPSLFQKFPHLQHLSIANIGVSSLEQFPRLQNLQKLILSDNRIAGGLEFLVHAGLDSLRDLDLSNNRIQEIDDLRPLAELRLVSLDLYECPVTRVKDYRSRVFGLIKSLKYLDKMDVDENERPESDDEDDDDEDEEDDEEEEEDDPGSGEIDGEEKGPNRLANGHTIGQDGVVDVDEDDESDADEEEAEIVRGSNGNASSSLAGQTNGFHAESVDVEDDDD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G131640`
TK1151 ID	TkA06G131640
OH-1004 ID	LXL04_024556
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.275 / OH-1004 86.275 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G131640

位置 Chr06:34395195-34398280 (-)

描述 Similar to At3g50690: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32-related protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g50690`	酸性富亮氨酸核磷蛋白 32 相关蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0607800`	酸性富含亮氨酸核磷蛋白32相关蛋白1。	暂无已核实直接文献
`Os03g0668900`	酸性亮氨酸丰富核磷蛋白32相关蛋白2。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024556 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0048471 perinuclear region of cytoplasm 细胞组分

GO:0042393 histone binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G50690

dme:Dmel_CG5784

dosa:Os03g0668900

dosa:Os07g0607800

dpo:4805386

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.901

排名 1 · TkA06G131640 · TK1151

细胞质0.300

排名 2 · TkA06G131640 · TK1151

线粒体0.024

排名 3 · TkA06G131640 · TK1151

细胞膜0.020

排名 4 · TkA06G131640 · TK1151

内质网0.014

排名 5 · TkA06G131640 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855LRR_840-82 aa

PF25019LRR_R13L1-DRL2141-77 aa

PF25013LRR_Zer-143-79 aa

PF12799LRR_444-66 aa

PF24048LRR_NXF1-544-80 aa

PF23598LRR_1446-157 aa

PF13516LRR_648-56 aa

PF00560LRR_149-57 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G131640	`PF13855`	LRR_8	40	82	2.8e-07	30.9
TkA06G131640	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	41	77	0.31	11.6
TkA06G131640	`PF25013`	LRR_Zer-1	43	79	0.00087	20.2
TkA06G131640	`PF12799`	LRR_4	44	66	9.4e-13	48.7
TkA06G131640	`PF24048`	LRR_NXF1-5	44	80	0.16	12.4
TkA06G131640	`PF23598`	LRR_14	46	157	0.0094	15.5
TkA06G131640	`PF13516`	LRR_6	48	56	0.0059	17.3
TkA06G131640	`PF00560`	LRR_1	49	57	0.00017	21.8
TkA06G131640	`PF14580`	LRR_9	59	165	9.5e-13	48.8
TkA06G131640	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	63	124	0.31	11.6
TkA06G131640	`PF29460`	LRR_NXF2	69	149	0.072	13.6
TkA06G131640	`PF12799`	LRR_4	70	114	9.4e-13	48.7
TkA06G131640	`PF13516`	LRR_6	70	83	0.0059	17.3
TkA06G131640	`PF13855`	LRR_8	71	124	2.8e-07	30.9
TkA06G131640	`PF00560`	LRR_1	71	85	0.00017	21.8
TkA06G131640	`PF24048`	LRR_NXF1-5	72	132	0.16	12.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCQ7`	拟南芥	sp\|Q9SCQ7\|AN32_ARATH Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32-related protein	64.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q6YSF3`	水稻	sp\|Q6YSF3\|AN321_ORYSJ Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32-related protein 1	56.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q7Y180`	水稻	sp\|Q7Y180\|AN322_ORYSJ Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32-related protein 2	41.600%	Swiss-Prot	低置信

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