RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G130950
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 34167276-34170036 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2027 bp · TkA06G130950|TK1151|cDNA

CGACTGTCGGACTCCAAACGAACAAAGGCCCTAGGGTTTCGATAACAATAATTCGTTCATTCATTTATAGTTTTTTTGTATGATTTGAATCTGTTTCACTTTTGACAATGTCTTCATCGCTGTTTATTCAACGGTTCGGAAAGACAAAGAGCTTAACGAAGAGGTCTACTAAGAAGTATTTGGAAGAAGCACTATACAGGCGGCTCCTCAAAGATGGCGGATCAGATGTTAGCGTTAGACAAAATTTGAATCAGTTCCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1482 bp · TkA06G130950|TK1151|CDS

ATGTCTTCATCGCTGTTTATTCAACGGTTCGGAAAGACAAAGAGCTTAACGAAGAGGTCTACTAAGAAGTATTTGGAAGAAGCACTATACAGGCGGCTCCTCAAAGATGGCGGATCAGATGTTAGCGTTAGACAAAATTTGAATCAGTTCCTTAAATCCAGAAAGAAAGCTTACAAATGGGAGGTGGATCATTCCCTCAAAACCCTTCGCAGTCGCAAGCGATACGCCTCTGCCCTCAAGCTATCAGAAACCATGGCAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

493 aa · TkA06G130950|TK1151|PROTEIN

MSSSLFIQRFGKTKSLTKRSTKKYLEEALYRRLLKDGGSDVSVRQNLNQFLKSRKKAYKWEVDHSLKTLRSRKRYASALKLSETMAERGMNKTITDQAVHIDLISKARGITAAESYFINLPEQSKNHFTYGPLLNHYCKHQMTEKAESMFQKMKELNLTLTSLHYNSILTLYEKSQQHEKIPQIILEMKSTEVNPDVLTYNIWMRAVSAMNDISGVERVINEMLRDENVSPDWTTYSNLASIYIDANLTGKAETALNELE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G130950
TK1151 IDTkA06G130950
OH-1004 IDLXL04_024570
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 99.593
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G130950
位置Chr06:34167276-34170036 (-)
描述Similar to At1g60770: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g60770
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g60770 大核糖体亚基蛋白 mL101（rPPR4）。 暂无已核实直接文献
At1g02370 含有五重复螺旋蛋白的 At1g02370，位于线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g01990 含五十二肽重复序列蛋白At4g01990，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g02150 含五重复肽的蛋白 At1g02150。 暂无已核实直接文献
At1g28020 假定含五肽重复蛋白 At1g28020。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024570 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:1902775 mitochondrial large ribosomal subunit assembly 生物过程
GO:1903427 negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005840 ribosome 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0140978 mitochondrial large ribosomal subunit binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G02150
ath:AT1G02370
ath:AT1G60770
ath:AT4G01990
ath:AT4G02820
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.846
排名 1 · TkA06G130950 · TK1151
质体0.077
排名 2 · TkA06G130950 · TK1151
细胞核0.061
排名 3 · TkA06G130950 · TK1151
细胞质0.037
排名 4 · TkA06G130950 · TK1151
细胞膜0.010
排名 5 · TkA06G130950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18132Tyrosinase_C4-45 aa
PF13374TPR_1023-32 aa
PF13428TPR_1427-48 aa
PF29070MSC6_N45-222 aa
PF17177PPR_long54-108 aa
PF23276TPR_2467-123 aa
PF13428TPR_1467-83 aa
PF13374TPR_1068-83 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G130950PF18132Tyrosinase_C4450.1313.6
TkA06G130950PF13374TPR_1023320.4511.3
TkA06G130950PF13428TPR_1427480.000222.5
TkA06G130950PF29070MSC6_N452223.2e-1040.4
TkA06G130950PF17177PPR_long541081.9e-1041.2
TkA06G130950PF23276TPR_24671231.7e-0731.9
TkA06G130950PF13428TPR_1467830.000222.5
TkA06G130950PF13374TPR_1068830.4511.3
TkA06G130950PF14559TPR_1971870.006617.5
TkA06G130950PF13041PPR_272903.3e-29101.5
TkA06G130950PF17856TIP49_C74990.1812.7
TkA06G130950PF13041PPR_21261593.3e-29101.5
TkA06G130950PF12854PPR_11261544.4e-0627.0
TkA06G130950PF01535PPR1281571.4e-2382.1
TkA06G130950PF13812PPR_31281728.6e-1245.7
TkA06G130950PF17177PPR_long1291741.9e-1041.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O22714拟南芥sp|O22714|PPR86_ARATH Large ribosomal subunit protein mL101 (rPPR4)54.200%Swiss-Prot高置信
Q9FZ24拟南芥sp|Q9FZ24|PPR4_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02370, mitochondrial35.500%Swiss-Prot中等置信
Q93WC5拟南芥sp|Q93WC5|PP300_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g01990, mitochondrial32.600%Swiss-Prot中等置信
Q8LPS6拟南芥sp|Q8LPS6|PPR3_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g0215035.900%Swiss-Prot中等置信
Q9C7F1拟南芥sp|Q9C7F1|PPR61_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g2802031.700%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看