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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G117770
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 30844457-30847386 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2159 bp · TkA06G117770|TK1151|cDNA

CGGGGTTAACGGAGGGAGTAGTTATTTACAAATTTGACCCTTAACTAAGTAAGCTTCTCAGCTACGCCTAAAAACTCCCGCGTCAATTCCAGAAACAAATGGGCGTGTCTCAGTGTTCCTTTTGCGTTCGTTAGGGTTTTATCTGCAACTCGTTCGATTTGAAAACAGAGAATTCTGAAGCATATTCACCAATCGGATTTCGCTTAATTGAGAAGTAGTTACTTGTTTCTGTTATTTGGTTCTAGCAATGGGAAAGCGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1701 bp · TkA06G117770|TK1151|CDS

ATGGGAAAGCGGGCAACCATTGTTTTATCATCATCGGATGATGATGACAAGGACTTTGCAGCGGAGTCGATTTTGAAGTATTTCAAGAAGCCGAAAGCGGGAGCGGCATCTGTTCCTCGAACTAACAGTAAGGGATCGAAGAAAGCTCGGATTTCGAGCTCTCGTTCTCATCCTGGCAAAACTGGCAATCCGTTTGACGAGATGAAAATGTTCTGTGAGGATTTCGGTGAAGGTTTTACTGGGTTCAAGGTACCTCCTGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

566 aa · TkA06G117770|TK1151|PROTEIN

MGKRATIVLSSSDDDDKDFAAESILKYFKKPKAGAASVPRTNSKGSKKARISSSRSHPGKTGNPFDEMKMFCEDFGEGFTGFKVPPGHKRDNKELWVDKYKPRSLLDLSVHKKKVEEVKLWLEERIITKNNNHHNHVLVISGQPGVGKSATVHTIASHLGATVYEWNTPTPTIWQEHLHTTNAGLRYMSKLDEFENFVEKIRKYGLISSQKKPFIILIDDLPVTNGKISFARLQRCLNLLVQSVCIPTVILITDYGKTET...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G117770
TK1151 IDTkA06G117770
OH-1004 IDLXL04_024677
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G117770
位置Chr06:30844457-30847386 (+)
描述Similar to RAD17: Cell cycle checkpoint protein RAD17
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g66130 似乎参与与非同源双链断裂 修复相关的 DNA 修复调节。
The Rad17 homologue of Arabidopsis is involved in the regulation of DNA damage repair and homologous recombination.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02097.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024677 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000076 DNA replication checkpoint signaling 生物过程
GO:0000077 DNA damage checkpoint signaling 生物过程
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0006974 DNA damage response 生物过程
GO:0008156 negative regulation of DNA replication 生物过程
GO:0031347 regulation of defense response 生物过程
GO:0031573 mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling 生物过程
GO:0033314 mitotic DNA replication checkpoint signaling 生物过程
GO:0042325 regulation of phosphorylation 生物过程
GO:1990166 protein localization to site of double-strand break 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G66130
hsa:5884
mmu:19356
pon:100190842
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.932
排名 1 · TkA06G117770 · TK1151
细胞质0.115
排名 2 · TkA06G117770 · TK1151
线粒体0.022
排名 3 · TkA06G117770 · TK1151
细胞膜0.022
排名 4 · TkA06G117770 · TK1151
内质网0.011
排名 5 · TkA06G117770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03215Rad1789-257 aa
PF05729NACHT94-122 aa
PF05496RuvB_N101-169 aa
PF12775AAA_7126-222 aa
PF24883NPHP3_N129-161 aa
PF00931NB-ARC129-220 aa
PF13086AAA_11130-159 aa
PF03193RsgA_GTPase131-163 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G117770PF03215Rad17892572.4e-2693.5
TkA06G117770PF05729NACHT941220.04214.4
TkA06G117770PF05496RuvB_N1011690.007716.7
TkA06G117770PF12775AAA_71262220.002418.1
TkA06G117770PF24883NPHP3_N1291610.001119.9
TkA06G117770PF00931NB-ARC1292200.1512.3
TkA06G117770PF13086AAA_111301590.2112.0
TkA06G117770PF03193RsgA_GTPase1311630.04314.3
TkA06G117770PF01637ATPase_21312490.1912.2
TkA06G117770PF05673DUF8151322380.007416.2
TkA06G117770PF02367TsaE1321780.008816.7
TkA06G117770PF13245AAA_191321620.01516.1
TkA06G117770PF06414Zeta_toxin1321590.2611.4
TkA06G117770PF20720nSTAND31331630.0003621.0
TkA06G117770PF13401AAA_221341860.003118.5
TkA06G117770PF10609ParA1341610.2911.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9MBA3拟南芥sp|Q9MBA3|RAD17_ARATH Cell cycle checkpoint protein RAD1753.200%Swiss-Prot高置信

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