TkA06G117630 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G117630

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 30816322-30821332 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2995 bp · TkA06G117630|TK1151|cDNA

ATAAAACAACCACAACTAAATTGATAGAACAAAGACTTCCCCAAAGTATACGCACATACCTGGCGACTAACAGTCCAAAACTAAAAGCGGACTTTCCAATCTAAGTAGACACCACACCACCGGTGCCGGTTACAACAAAACTAACTACCTACTCGAAATCAATCCAACATATCGATCCACCACAAGAGAGGGAGATAGATCGGTCCCAGTATGATGTCTGACGGCGTTGAAGACGAAGAGAAATGGCTGACAGCTGGCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2376 bp · TkA06G117630|TK1151|CDS

ATGATGTCTGACGGCGTTGAAGACGAAGAGAAATGGCTGACAGCTGGCATCGCCGGCCTCCAACAGAACGCCTTTTACATGCATCGCGCTTTGGATTCGAACAATATAAAGGACGCGTTGAAATACTCTGCTCAGATGCTGTCGGAGTTGCGTACTTCGAGGCTTTCCCCTCACAAATACTATGAGCTCTATATGAGGGCATTCGATGAGTTGAGGAAGCTGGAGATATTTTTTAAGGAGGAGAGCAAGCGTAGTTGCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

791 aa · TkA06G117630|TK1151|PROTEIN

MMSDGVEDEEKWLTAGIAGLQQNAFYMHRALDSNNIKDALKYSAQMLSELRTSRLSPHKYYELYMRAFDELRKLEIFFKEESKRSCSIIELYELVQHAGNILPRLYLLCTVGSVYIRSKEAPAKDILKDLVEMCRGIQHPLRGLFLRSYLSQVSRDKLPDIGSEYEGDENTVMDAVEFVLQNFTEMNKLWVRMQHQGPAREKEKREKERNELRDLVGKNLHVLGQIEGIDLELYRDTVLPRILEQVVNCKDDLAQYYLMD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G117630`
TK1151 ID	TkA06G117630
OH-1004 ID	LXL04_024679
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G117630

位置 Chr06:30816322-30821332 (+)

描述 Similar to VPS35B: Vacuolar protein sorting-associated protein 35B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17790`	在囊泡蛋白分选中发挥作用。	Loss-of-function mutations of retromer large subunit genes suppress the phenotype of an Arabidopsis zig mutant that lacks Qb-SNARE VTI11.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.069294
`At1g75850`	在囊泡蛋白分选中发挥作用。	Arabidopsis VPS35, a retromer component, is required for vacuolar protein sorting and involved in plant growth and leaf senescence.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn006
`At3g51310`	在囊泡蛋白分选中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024679 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006624 vacuolar protein processing 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0007040 lysosome organization 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0010821 regulation of mitochondrion organization 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0031648 protein destabilization 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

GO:0032463 negative regulation of protein homooligomerization 生物过程

GO:0036010 protein localization to endosome 生物过程

GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G75850

ath:AT2G17790

ath:AT3G51310

bta:521864

mmu:65114

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.584

排名 1 · TkA06G117630 · TK1151

细胞核0.334

排名 2 · TkA06G117630 · TK1151

高尔基体0.171

排名 3 · TkA06G117630 · TK1151

溶酶体／液泡0.133

排名 4 · TkA06G117630 · TK1151

细胞膜0.096

排名 5 · TkA06G117630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03635Vps3512-747 aa

PF27614VPS35L_N100-157 aa

PF05849L-fibroin690-761 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G117630	`PF03635`	Vps35	12	747	1.6e-287	956.7
TkA06G117630	`PF27614`	VPS35L_N	100	157	6.3e-07	29.5
TkA06G117630	`PF05849`	L-fibroin	690	761	0.14	12.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7X659`	拟南芥	sp\|Q7X659\|VP35A_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 35A	75.300%	Swiss-Prot	高置信
`F4I0P8`	拟南芥	sp\|F4I0P8\|VP35B_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 35B	74.600%	Swiss-Prot	高置信
`A8R7K9`	拟南芥	sp\|A8R7K9\|VP35C_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 35C	71.900%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情