TkA06G099450 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G099450

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 26533647-26535569 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1109 bp · TkA06G099450|TK1151|cDNA

ATTTTCTTTTATAAAAATTCTAATATACTAGGAAAAAAGCATTACTCATCAAAATTTCAAAAGTTTAATCAAAATCCTCAATTTTACAAAACTAGAGTGACGAAAAGAGTAATTTACTCCTAAAATGTTAATACTTTCTACATTAAAAATCCTTACGGTCATCTAACTGTTGGCGAACAAGGAAGCGTACACATAAATACCTGCTCCAGAATAGCCCAAGGTTTTCCCTCCTCTTGCTTTTTGATACCAATTCCTTACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

555 bp · TkA06G099450|TK1151|CDS

ATGGGTTTGTGGGATTCTTTTCTCAATTGGCTTCGCAGTTTGTTCTTTAAACAGGAAATGGAGCTTTCCCTAGTAGGCCTTCAAGATGCTGGAAAGACATCTCTCGTGAATTCCATTGCTACAGGCGGCTATAGCGAGGACATGATTCCAACTGTTGGATTTAATATGCGAAAAGTCACTAAAGGAAATGTCACAATTAAGCTTTGGGATCTTGGAGGACAACGGAGGTTTCGTACCATGTGGGAAAGATATTGTCGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

184 aa · TkA06G099450|TK1151|PROTEIN

MGLWDSFLNWLRSLFFKQEMELSLVGLQDAGKTSLVNSIATGGYSEDMIPTVGFNMRKVTKGNVTIKLWDLGGQRRFRTMWERYCRGVTAILYVVDAADRDSIPITKTELHDLLTKPSLNGIPLLVLGNKIDKSQALTKQALVDQLGLDTITDREVCCYMISCKESINIDMVIDWLIKHSKTAT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G099450`
TK1151 ID	TkA06G099450
OH-1004 ID	LXL04_024867
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G099450

位置 Chr06:26533647-26535569 (+)

描述 Similar to ARL8C: ADP-ribosylation factor-like protein 8c

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g37680`	可能在溶酶体运动中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g67560`	可能在溶酶体运动中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g49870`	可能在溶酶体运动中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g49860`	可能在溶酶体运动中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024867 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002505 antigen processing and presentation of polysaccharide antigen via MHC class II 生物过程

GO:0002747 antigen processing and presentation following phagocytosis 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016197 endosomal transport 生物过程

GO:0032418 lysosome localization 生物过程

GO:0034058 endosomal vesicle fusion 生物过程

GO:0034498 early endosome to Golgi transport 生物过程

GO:0046754 viral exocytosis 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0061909 autophagosome-lysosome fusion 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G49870

ath:AT5G37680

ath:AT5G67560

mmu:67166

rno:500282

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.389

排名 1 · TkA06G099450 · TK1151

高尔基体0.333

排名 2 · TkA06G099450 · TK1151

内质网0.215

排名 3 · TkA06G099450 · TK1151

溶酶体／液泡0.175

排名 4 · TkA06G099450 · TK1151

细胞膜0.172

排名 5 · TkA06G099450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025Arf9-178 aa

PF12775AAA_79-67 aa

PF00503G-alpha17-40 aa

PF00009GTP_EFTU20-41 aa

PF08477Roc22-132 aa

PF09439SRPRB22-146 aa

PF00071Ras23-179 aa

PF01926MMR_HSR123-130 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G099450	`PF00025`	Arf	9	178	4.9e-44	150.6
TkA06G099450	`PF12775`	AAA_7	9	67	0.15	12.3
TkA06G099450	`PF00503`	G-alpha	17	40	5.4e-08	33.1
TkA06G099450	`PF00009`	GTP_EFTU	20	41	8.3e-07	29.5
TkA06G099450	`PF08477`	Roc	22	132	6.2e-16	59.4
TkA06G099450	`PF09439`	SRPRB	22	146	5.3e-08	33.2
TkA06G099450	`PF00071`	Ras	23	179	1.4e-18	67.7
TkA06G099450	`PF01926`	MMR_HSR1	23	130	2.9e-06	28.1
TkA06G099450	`PF04670`	Gtr1_RagA	24	145	2.4e-08	34.4
TkA06G099450	`PF00350`	Dynamin_N	24	40	0.0076	17.0
TkA06G099450	`PF03029`	ATP_bind_1	25	40	0.049	14.1
TkA06G099450	`PF00503`	G-alpha	49	102	5.4e-08	33.1
TkA06G099450	`PF00009`	GTP_EFTU	56	180	8.3e-07	29.5
TkA06G099450	`PF03029`	ATP_bind_1	66	141	0.049	14.1
TkA06G099450	`PF00350`	Dynamin_N	79	99	0.0076	17.0
TkA06G099450	`PF16897`	MMR_HSR1_Xtn	105	174	0.013	16.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W4C8`	拟南芥	sp\|Q8W4C8\|ARL8C_ARATH ADP-ribosylation factor-like protein 8c	88.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q93Y31`	拟南芥	sp\|Q93Y31\|ARL8B_ARATH ADP-ribosylation factor-like protein 8b	79.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q8VY57`	拟南芥	sp\|Q8VY57\|ARL8A_ARATH ADP-ribosylation factor-like protein 8a	79.700%	Swiss-Prot	高置信
`F4IZ82`	拟南芥	sp\|F4IZ82\|ARL8D_ARATH ADP-ribosylation factor-like protein 8d	68.700%	Swiss-Prot	高置信

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