TkA06G098140 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G098140

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 26215364-26219133 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1900 bp · TkA06G098140|TK1151|cDNA

CAGGCTTGGCTTGTGGACTCTGTTCATTCTGAATCTTTTACATTTGTCCCCGGCCCTCTCTCGATCTTCAACAAATCCGAATGCAAATTATTGTCCTCTATCTCTCTCTTTGAGATTAGGTACGTACTGGCTTTGCTACGTTTCTCTTCTTTTTCGAAATTGATTCTATAATTCTATACAAATTCCAATTTCTTCTAGCAATCATGGTTGCAAGTTAGGTCTTACTCGAGTAAATCGGTTTTGGCTGTTTTATTGTGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1305 bp · TkA06G098140|TK1151|CDS

ATGGCTAAAGTTCATGGAATTATCTACTCTTCTGTTAAAACCCCTCATCATCCAACATCAAACAGCAATTCCCCACGATTGGTACCAAAGAAGTTCACCCATAGCCAAAGTTCAGTGTTAAAACTGAAGTTATCAGGCAAATCAAAACCGAATTCATGTGAAAAATCAAATAGTTCAGTCACCTCGCGGGCTTCTTCTTTCTTATGCCGGTCAAGAGAAACACAAACTGCAGAAACAGAAGAATGTGTAAACCACAATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

434 aa · TkA06G098140|TK1151|PROTEIN

MAKVHGIIYSSVKTPHHPTSNSNSPRLVPKKFTHSQSSVLKLKLSGKSKPNSCEKSNSSVTSRASSFLCRSRETQTAETEECVNHNEEDSDHSRTQNTHEGRIGDTITNQALAEACRFAYNDARYVNERAKNDIFLLSRGIMRLDARARQDVAILGSGFLKLDARAREDTEKIDNNVKKRAERLHHIALILKNKAESKLKSVADQHWSDGALEADLRRADYIAKQRAMEDALMALEFIKDVQDMMMSKMYKLKNEALSSD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G098140`
TK1151 ID	TkA06G098140
OH-1004 ID	LXL04_024878
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G098140

位置 Chr06:26215364-26219133 (-)

描述 Similar to SPA15: Senescence-associated protein SPA15, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g66330`	参与调节红氧稳态以控制植物发育过程中由年龄和应激因素介导的叶片衰老。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0148700`	可能参与叶片衰老的调控。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024878 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0034599 cellular response to oxidative stress 生物过程

GO:0072593 reactive oxygen species metabolic process 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G66330

dosa:Os05g0148700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.952

排名 1 · TkA06G098140 · TK1151

细胞核0.047

排名 2 · TkA06G098140 · TK1151

线粒体0.040

排名 3 · TkA06G098140 · TK1151

细胞质0.034

排名 4 · TkA06G098140 · TK1151

细胞膜0.024

排名 5 · TkA06G098140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02932Neur_chan_memb14-129 aa

PF28580OSA15_N112-210 aa

PF02932Neur_chan_memb178-196 aa

PF30979OSA15_C313-428 aa

PF13646HEAT_2319-357 aa

PF02985HEAT335-357 aa

PF13646HEAT_2336-396 aa

PF02985HEAT372-395 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G098140	`PF02932`	Neur_chan_memb	14	129	2.2	9.2
TkA06G098140	`PF28580`	OSA15_N	112	210	2e-51	173.0
TkA06G098140	`PF02932`	Neur_chan_memb	178	196	2.2	9.2
TkA06G098140	`PF30979`	OSA15_C	313	428	4.5e-53	179.1
TkA06G098140	`PF13646`	HEAT_2	319	357	0.0052	17.8
TkA06G098140	`PF02985`	HEAT	335	357	0.013	16.4
TkA06G098140	`PF13646`	HEAT_2	336	396	0.0052	17.8
TkA06G098140	`PF02985`	HEAT	372	395	0.013	16.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C8Y4`	拟南芥	sp\|Q9C8Y4\|ATA15_ARATH Senescence-associated protein AAF, chloroplastic	76.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q65XF2`	水稻	sp\|Q65XF2\|OSA15_ORYSJ Senescence-associated protein OSA15, chloroplastic	62.500%	Swiss-Prot	高置信

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