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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID,查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度,最大 10000 bp

基因概览

TkA06G096830
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 25789907-25790422 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

516 bp · TkA06G096830|TK1151|cDNA

ATGTTGAAGGAAATGGAGGAAAAACTGAACGGAGTACAAGATCTTGACCGAAACATCGAGACCCAAAATAACAGCCTTAAGATGCAACTCACAGACGCCTGTCGGAAGCTTGAGCATTTGTCTGAGAACCTGCAAATATCTCTTGAAGATGATGAACCGGCAAACCCTAAGATCATGAGCCAGGAAGATGAACATGAAGAAGAACATCAGAGAGTGGTGAAGATCAAAGACGATAATCATGAACATAAAACACACGAGGA...

516 bp · TkA06G096830|TK1151|CDS

ATGTTGAAGGAAATGGAGGAAAAACTGAACGGAGTACAAGATCTTGACCGAAACATCGAGACCCAAAATAACAGCCTTAAGATGCAACTCACAGACGCCTGTCGGAAGCTTGAGCATTTGTCTGAGAACCTGCAAATATCTCTTGAAGATGATGAACCGGCAAACCCTAAGATCATGAGCCAGGAAGATGAACATGAAGAAGAACATCAGAGAGTGGTGAAGATCAAAGACGATAATCATGAACATAAAACACACGAGGA...

171 aa · TkA06G096830|TK1151|PROTEIN

MLKEMEEKLNGVQDLDRNIETQNNSLKMQLTDACRKLEHLSENLQISLEDDEPANPKIMSQEDEHEEEHQRVVKIKDDNHEHKTHEEEVKEMNWQELLASGLDDKEKILLQEYTSILRKYKAAKKELVEEEEKNQGTVFEMKLQLKDLETLLSKRDIEIQQMKQKTQTSSR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G096830
TK1151 IDTkA06G096830
OH-1004 IDLXL04_024899
关系 / 置信度序列支持,注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 96.491 / OH-1004 20.396
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G096830
位置Chr06:25789907-25790422 (+)
描述Similar to NET2A: Protein NETWORKED 2A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g58215 植物特异性肌动蛋白结合蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g09720 植物特异性肌动蛋白结合蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源:OH1004 · LXL04_024899 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释;下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释(OH1004 来源)
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0003779 actin binding 分子功能
GO:0051015 actin filament binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G09720
ath:AT1G58215
ath:AT2G22560
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号,不代表本基因已获得通路功能验证。

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究;参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时,不自动选择表达记录;缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释,不能替代定位实验。

细胞质0.566
排名 1 · TkA06G096830 · TK1151
细胞核0.364
排名 2 · TkA06G096830 · TK1151
细胞膜0.067
排名 3 · TkA06G096830 · TK1151
高尔基体0.059
排名 4 · TkA06G096830 · TK1151
线粒体0.045
排名 5 · TkA06G096830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测,非定位实验结果

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25014NET2A2-45 aa
PF01813ATP-synt_D2-65 aa
PF23632SAP_RNF34_RFFL28-40 aa
PF25014NET2A69-166 aa
PF01813ATP-synt_D102-156 aa
PF23632SAP_RNF34_RFFL141-165 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G096830PF25014NET2A2458.2e-1142.9
TkA06G096830PF01813ATP-synt_D2650.07413.6
TkA06G096830PF23632SAP_RNF34_RFFL28400.07713.4
TkA06G096830PF25014NET2A691668.2e-1142.9
TkA06G096830PF01813ATP-synt_D1021560.07413.6
TkA06G096830PF23632SAP_RNF34_RFFL1411650.07713.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻;Swiss-Prot 为人工审校条目,TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P0DMS1拟南芥sp|P0DMS1|NET2A_ARATH Protein NETWORKED 2A42.000%Swiss-Prot中等置信
F4I131拟南芥sp|F4I131|NET2B_ARATH Protein NETWORKED 2B42.200%Swiss-Prot低置信

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