TkA06G095850 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G095850

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 25478479-25480855 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1475 bp · TkA06G095850|TK1151|cDNA

TCGGTTTGATCAGTTTTTTTCGGTTTTTCGGTTTTCCGGTTCGGTTTTGATCACCCTACTAAAAGCCTAAAAGGTCCCCAAAATTGAAGTAGGTCGTCGTGTAGACGTGGCCACATTTGTAACCAGATTCTTATGGCGAGGGAGTGTTACCGACTCAAAGCCCTGCCACGACAATCAATTCCCGCTCACCCACCGCCGGAAACTTCTTTATAAACCTCGACTTTCGTCAGCTATTCCTCGCAGACTTCTGTGATCCGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

984 bp · TkA06G095850|TK1151|CDS

ATGGGGGTCAATGAGCTAAACGATAGTAAACCAATGGTGGTTATCAATAAACTCAAGTTCACCTACCCTGGGATCGACGGCCATCCGCCTCCTGGTTCAGTTCCTCTCATCCAGGATTTCTCCCTAACTCTCAACGCCGGTGATCGTTTCCTTCTCGTCGGAGCTAATGGCGCTGGAAAAACGACGATACTGAAGATACTGGGAGGGAAGCACATGGTGGATCCTGATATGGTTAGGGTTCTTGGCAGATCGGCTTTCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

327 aa · TkA06G095850|TK1151|PROTEIN

MGVNELNDSKPMVVINKLKFTYPGIDGHPPPGSVPLIQDFSLTLNAGDRFLLVGANGAGKTTILKILGGKHMVDPDMVRVLGRSAFHDTSLTSSGDLAYLGGEWRREVAFAGFDVAIQMDISAEKMLFGVSGVDPQRRAELIKVLDVDLSWRMHKVSDGQRRRVQICMGLLKEFKVLLLDEITVDLDVLARADLLTFLKKECEERGATIIYATHIFDGLENWPSHIVYVAQGKLQLALPMEEVRKMSNLSLMRTVEKWLR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G095850`
TK1151 ID	TkA06G095850
OH-1004 ID	LXL04_024919
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G095850

位置 Chr06:25478479-25480855 (+)

描述 Similar to ABCI20: ABC transporter I family member 20

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g02270`	ABC 转运蛋白 I 家族成员 20。	暂无已核实直接文献
`At5g44110`	ABC转运蛋白I家族成员21。	暂无已核实直接文献
`At1g03905`	ABC 转运蛋白 I 家族成员 19。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024919 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0030014 CCR4-NOT complex 细胞组分

GO:0030015 CCR4-NOT core complex 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03905

ath:AT5G02270

ath:AT5G44110

sce:YFL028C

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.600

排名 1 · TkA06G095850 · TK1151

细胞核0.386

排名 2 · TkA06G095850 · TK1151

线粒体0.095

排名 3 · TkA06G095850 · TK1151

细胞膜0.058

排名 4 · TkA06G095850 · TK1151

内质网0.043

排名 5 · TkA06G095850 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005ABC_tran38-183 aa

PF02367TsaE39-70 aa

PF13481AAA_2543-64 aa

PF13555AAA_2945-64 aa

PF00025Arf48-73 aa

PF13476AAA_2349-66 aa

PF13175AAA_1549-67 aa

PF13521AAA_2849-70 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G095850	`PF00005`	ABC_tran	38	183	3.4e-18	67.3
TkA06G095850	`PF02367`	TsaE	39	70	0.17	12.6
TkA06G095850	`PF13481`	AAA_25	43	64	0.19	12.1
TkA06G095850	`PF13555`	AAA_29	45	64	0.013	16.0
TkA06G095850	`PF00025`	Arf	48	73	0.094	12.9
TkA06G095850	`PF13476`	AAA_23	49	66	0.0055	18.1
TkA06G095850	`PF13175`	AAA_15	49	67	0.017	15.4
TkA06G095850	`PF13521`	AAA_28	49	70	0.069	14.1
TkA06G095850	`PF13479`	AAA_24	49	87	0.25	11.7
TkA06G095850	`PF06414`	Zeta_toxin	50	79	0.24	11.5
TkA06G095850	`PF13304`	AAA_21	51	68	3.9e-13	50.7
TkA06G095850	`PF00004`	AAA	51	82	0.06	14.5
TkA06G095850	`PF02463`	SMC_N	51	65	0.074	13.2
TkA06G095850	`PF13401`	AAA_22	51	76	0.29	12.2
TkA06G095850	`PF13304`	AAA_21	151	214	3.9e-13	50.7
TkA06G095850	`PF00004`	AAA	161	219	0.06	14.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LZ98`	拟南芥	sp\|Q9LZ98\|AB20I_ARATH ABC transporter I family member 20	83.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9XF19`	拟南芥	sp\|Q9XF19\|AB21I_ARATH ABC transporter I family member 21	61.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q3EDJ0`	拟南芥	sp\|Q3EDJ0\|AB19I_ARATH ABC transporter I family member 19	61.700%	Swiss-Prot	中等置信

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