TkA06G095030 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G095030

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 25286560-25287042 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

483 bp · TkA06G095030|TK1151|cDNA

ATGGCTAATCTTCTATCCGACCAGGTCCAACAATTAAAACACATTTTCGCTCGATTCGACATGAATTCCGACGGCAGCCTCACACAGCTCGAGCTCGCCGCCCTCCTCAGATCCATTGGACTCAAGCCGCAAGGTGACCAGATCCATTCCTTGTTATGTAACATGGATTCAAATGGAAACGGATCGATTGAATTCGAGGAATTGTTGAATGTGATTTTACCTGATTTGAAAGAGGAGGTTTTGATAAATCACGACCAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

483 bp · TkA06G095030|TK1151|CDS

ATGGCTAATCTTCTATCCGACCAGGTCCAACAATTAAAACACATTTTCGCTCGATTCGACATGAATTCCGACGGCAGCCTCACACAGCTCGAGCTCGCCGCCCTCCTCAGATCCATTGGACTCAAGCCGCAAGGTGACCAGATCCATTCCTTGTTATGTAACATGGATTCAAATGGAAACGGATCGATTGAATTCGAGGAATTGTTGAATGTGATTTTACCTGATTTGAAAGAGGAGGTTTTGATAAATCACGACCAGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

160 aa · TkA06G095030|TK1151|PROTEIN

MANLLSDQVQQLKHIFARFDMNSDGSLTQLELAALLRSIGLKPQGDQIHSLLCNMDSNGNGSIEFEELLNVILPDLKEEVLINHDQLMEVFRSFDKDGSGYITAAELAGQMAKLGQPLSYKELTEMMREADANGDGVISFNEFTTILGRSASDFFGVTAA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G095030`
TK1151 ID	TkA06G095030
OH-1004 ID	LXL04_021422
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	59.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.125 / OH-1004 98.148 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G095030

位置 Chr06:25286560-25287042 (-)

描述 Similar to CML16: Probable calcium-binding protein CML16

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g25600`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At1g18530`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At1g32250`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0577500`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`Os01g0505600`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021422 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0030234 enzyme regulator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18530

ath:AT1G32250

ath:AT3G25600

dosa:Os01g0604500

dosa:Os05g0577500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.444

排名 1 · TkA06G095030 · TK1151

细胞核0.230

排名 2 · TkA06G095030 · TK1151

细胞膜0.140

排名 3 · TkA06G095030 · TK1151

质体0.094

排名 4 · TkA06G095030 · TK1151

溶酶体／液泡0.087

排名 5 · TkA06G095030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21008AIF-15-74 aa

PF10591SPARC_Ca_bdg8-68 aa

PF23564EF-hand_FSTL19-37 aa

PF20742DUF5580_M9-70 aa

PF13499EF-hand_710-72 aa

PF13833EF-hand_810-36 aa

PF12763EH10-50 aa

PF22592FCaBP_EF-hand10-38 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G095030	`PF21008`	AIF-1	5	74	1.9e-09	38.6
TkA06G095030	`PF10591`	SPARC_Ca_bdg	8	68	6.7e-07	30.3
TkA06G095030	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	9	37	1.1e-08	36.2
TkA06G095030	`PF20742`	DUF5580_M	9	70	0.00026	21.7
TkA06G095030	`PF13499`	EF-hand_7	10	72	1.6e-29	102.8
TkA06G095030	`PF13833`	EF-hand_8	10	36	7.1e-19	68.0
TkA06G095030	`PF12763`	EH	10	50	5e-05	23.9
TkA06G095030	`PF22592`	FCaBP_EF-hand	10	38	0.00036	21.5
TkA06G095030	`PF30624`	EF_SSP120	10	31	0.00042	21.6
TkA06G095030	`PF13405`	EF-hand_6	11	40	5.8e-25	85.3
TkA06G095030	`PF25578`	EF-hand_STIM1	11	35	0.0051	17.6
TkA06G095030	`PF00036`	EF-hand_1	12	38	1.2e-28	97.2
TkA06G095030	`PF13202`	EF-hand_5	12	35	6.8e-23	79.8
TkA06G095030	`PF24548`	EF_EFCAB10_C	12	46	0.044	14.2
TkA06G095030	`PF14658`	EF-hand_9	15	72	1.4e-09	38.9
TkA06G095030	`PF05042`	Caleosin	15	41	0.11	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LI84`	拟南芥	sp\|Q9LI84\|CML16_ARATH Probable calcium-binding protein CML16	69.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FZ75`	拟南芥	sp\|Q9FZ75\|CML15_ARATH Probable calcium-binding protein CML15	50.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LQN4`	拟南芥	sp\|Q9LQN4\|CML17_ARATH Probable calcium-binding protein CML17	47.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6L5F4`	水稻	sp\|Q6L5F4\|CML14_ORYSJ Probable calcium-binding protein CML14	53.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9AWK2`	水稻	sp\|Q9AWK2\|CML11_ORYSJ Probable calcium-binding protein CML11	52.000%	Swiss-Prot	高置信

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