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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G094110
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 24996456-24999539 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1578 bp · TkA06G094110|TK1151|cDNA

ATGGCCCAGGCCCAACAATCGCGGTGTGTTATTTATGCATCTCTGGCGCGTGGCAATAACAACTCAACCTTTTCCTCTTGCCTTGAGAAAGGGGGTATACCACCGTATACACCCCACACCTTCTCGCACACACACAGACGCACAGAAGACGAAATCGACGGCAAATTGAAAGATGAAGGTTTTTGTGAAAACATTGAGGGGACTCACTTCGAAATCGAAGTAAAACCCGAGGACACGGTTGCTGATGTGAAGAAAAATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

552 bp · TkA06G094110|TK1151|CDS

ATGGCCCAGGCCCAACAATCGCGGTGTGTTATTTATGCATCTCTGGCGCGTGGCAATAACAACTCAACCTTTTCCTCTTGCCTTGAGAAAGGGGGTATACCACCGTATACACCCCACACCTTCTCGCACACACACAGACGCACAGAAGACGAAATCGACGGCAAATTGAAAGATGAAGGTTTTTGTGAAAACATTGAGGGGACTCACTTCGAAATCGAAGTAAAACCCGAGGACACGGTTGCTGATGTGAAGAAAAATAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

183 aa · TkA06G094110|TK1151|PROTEIN

MAQAQQSRCVIYASLARGNNNSTFSSCLEKGGIPPYTPHTFSHTHRRTEDEIDGKLKDEGFCENIEGTHFEIEVKPEDTVADVKKNIESVQGDVYPAALQMLIHQGKVLKDTTTLEENKVAENSFIVIMLSKNKVASGETSTTTAAQRHLRQVPPLLHQQPLKLRHLSHRLYLLLQLPIQHLL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G094110
TK1151 IDTkA06G094110
OH-1004 IDLXL04_024957
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)68.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 80.874 / OH-1004 35.982
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G094110
位置Chr06:24996456-24999539 (+)
描述Similar to RAD23D: Ubiquitin receptor RAD23d
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g02540 可能参与核苷酸切除修复（基于相似性）。 暂无已核实直接文献
At5g38470 可能参与核苷酸切除修复（基于相似性）。 暂无已核实直接文献
At1g16190 可能参与核苷酸切除修复（基于相似性）。 暂无已核实直接文献
At1g79650 可能参与核苷酸切除修复（基于相似性）。
The RAD23 family provides an essential connection between the 26S proteasome and ubiquitylated proteins in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.072660
RAD4 and RAD23/HMR Contribute to Arabidopsis UV Tolerance.2017 · DOI: 10.3390/genes9010008

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os09g0407200 可能参与核苷酸切除修复（基于相似性）。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024957 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009411 response to UV 生物过程
GO:0009650 UV protection 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0003684 damaged DNA binding 分子功能
GO:0031593 polyubiquitin modification-dependent protein binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G16190
ath:AT1G79650
ath:AT3G02540
ath:AT5G38470
dosa:Os09g0407200
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.491
排名 1 · TkA06G094110 · TK1151
细胞核0.383
排名 2 · TkA06G094110 · TK1151
细胞膜0.119
排名 3 · TkA06G094110 · TK1151
线粒体0.112
排名 4 · TkA06G094110 · TK1151
内质网0.100
排名 5 · TkA06G094110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00240ubiquitin65-132 aa
PF11976Rad60-SLD66-129 aa
PF13881Rad60-SLD_267-127 aa
PF20147Crinkler68-121 aa
PF10302Dsc3_N70-132 aa
PF21696TECR_N74-120 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G094110PF00240ubiquitin651323.2e-1659.6
TkA06G094110PF11976Rad60-SLD661290.002818.2
TkA06G094110PF13881Rad60-SLD_2671270.0116.7
TkA06G094110PF20147Crinkler681210.07914.4
TkA06G094110PF10302Dsc3_N701320.0008820.5
TkA06G094110PF21696TECR_N741200.003718.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q84L31拟南芥sp|Q84L31|RD23C_ARATH Ubiquitin receptor RAD23c68.000%Swiss-Prot中等置信
Q84L30拟南芥sp|Q84L30|RD23D_ARATH Ubiquitin receptor RAD23d69.700%Swiss-Prot低置信
Q84L32拟南芥sp|Q84L32|RD23A_ARATH Probable ubiquitin receptor RAD23a58.000%Swiss-Prot低置信
Q84L33拟南芥sp|Q84L33|RD23B_ARATH Ubiquitin receptor RAD23b55.300%Swiss-Prot低置信
Q40742水稻sp|Q40742|RAD23_ORYSJ Probable ubiquitin receptor RAD2355.400%Swiss-Prot低置信

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