RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G090170
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 23994754-23999533 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2230 bp · TkA06G090170|TK1151|cDNA

GGGCTATAAGTGTATATTTGATTCACATGGATCATCGCCATTAACGTTCACGTTTTTTTTATCTCACTGCACTTCACTCCATTCCACAGTACAGAGTAAGCTCTCTCTCAGACACAACAATGGCGGCACCACCATCGCCACAACTACCGTCACATCTTCATCTCACACATTTTCTCTTATTCCTACTCCTCCTCTTCCACCTTTCTCTACTCCAGGCTACACCACCGGCTAACGACCACCCAGACCTTTCCCCATTGATG...

CDS

下载 CDS FASTA

972 bp · TkA06G090170|TK1151|CDS

ATGAAGCACCTGCTGACGTTACGGCTAGAGGAGAACCAGTTTTCTGGTTCTATTGGGGTCTTAAGCTTACAAAATTTAGAAGATTTCAATATCTCAGGGAACCAGATTTCTGGTGAGATACCCACCGCACTCTCCGGGTTTCCCGAATCTGCATTCACAAACAACCGGATTTTGTGCGGGTTCCCGCTCTCGAACTGCACAGACCCCAGAATACCCGGTTTAGCGTCTCCGGTTGGTAAACCGGCTAACACAGTTGTGGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

323 aa · TkA06G090170|TK1151|PROTEIN

MKHLLTLRLEENQFSGSIGVLSLQNLEDFNISGNQISGEIPTALSGFPESAFTNNRILCGFPLSNCTDPRIPGLASPVGKPANTVVASSPSSMPSTASLPNDHKKSGSNHHSSGRISTLAIVAIIVGDVLVLALVSLILYCYFWRNFTGKSGTVKSTSSQILEGEKIVYSSSPYPNPTAQSGFERGRMVFFEGARKFELEDLLRASAEMLGKGGFGTAYKAVLDDGNVVAVKRLKEAAIGGKRDFEQQMEVLGRLRHPNV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G090170
TK1151 IDTkA06G090170
OH-1004 IDLXL04_024993
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 84.830 / OH-1004 36.779
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G090170
位置Chr06:23994754-23999533 (+)
描述Similar to At1g68400: Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g68400
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g68400 可能的富含亮氨酸重复的受体样蛋白激酶 At1g68400。 暂无已核实直接文献
At2g36570 富含亮氨酸重复受体样蛋白激酶，参与木质部纤维次生细胞壁的形成。
The Arabidopsis LRR-RLK, PXC1, is a regulator of secondary wall formation correlated with the TDIF-PXY/TDR-WOX4 signaling pathway.2013 · DOI: 10.1186/1471-2229-13-94
At3g08680 可能的非活性受体激酶 At3g08680。 暂无已核实直接文献
At4g23740 可能的非活性受体激酶 At4g23740。 暂无已核实直接文献
At1g48480 可能的非活性受体激酶 At1g48480。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024993 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005777 peroxisome 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0009898 cytoplasmic side of plasma membrane 细胞组分
GO:0016328 lateral plasma membrane 细胞组分
GO:0004672 protein kinase activity 分子功能
GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G68400
ath:AT2G26730
ath:AT2G36570
ath:AT3G08680
ath:AT5G58300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.862
排名 1 · TkA06G090170 · TK1151
内质网0.084
排名 2 · TkA06G090170 · TK1151
细胞质0.074
排名 3 · TkA06G090170 · TK1151
细胞核0.056
排名 4 · TkA06G090170 · TK1151
高尔基体0.024
排名 5 · TkA06G090170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13516LRR_62-17 aa
PF00560LRR_13-18 aa
PF12799LRR_43-36 aa
PF13855LRR_822-48 aa
PF13516LRR_624-39 aa
PF00560LRR_125-46 aa
PF00560LRR_153-62 aa
PF12799LRR_454-66 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G090170PF13516LRR_62170.04614.5
TkA06G090170PF00560LRR_13180.002818.1
TkA06G090170PF12799LRR_43360.003918.1
TkA06G090170PF13855LRR_822480.1612.5
TkA06G090170PF13516LRR_624390.04614.5
TkA06G090170PF00560LRR_125460.002818.1
TkA06G090170PF00560LRR_153620.002818.1
TkA06G090170PF12799LRR_454660.003918.1
TkA06G090170PF00069Pkinase2082914e-1246.8
TkA06G090170PF07714PK_Tyr_Ser-Thr2082911.6e-1144.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M9C5拟南芥sp|Q9M9C5|Y1680_ARATH Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g6840056.300%Swiss-Prot高置信
Q9SJQ1拟南芥sp|Q9SJQ1|PXC1_ARATH Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase PXC141.100%Swiss-Prot中等置信
Q9C9Y8拟南芥sp|Q9C9Y8|Y3868_ARATH Probable inactive receptor kinase At3g0868040.800%Swiss-Prot中等置信
Q9SUQ3拟南芥sp|Q9SUQ3|Y4374_ARATH Probable inactive receptor kinase At4g2374038.500%Swiss-Prot中等置信
Q9LP77拟南芥sp|Q9LP77|Y1848_ARATH Probable inactive receptor kinase At1g4848036.400%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看