TkA06G086150 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G086150

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 23051981-23054606 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1564 bp · TkA06G086150|TK1151|cDNA

GGGAGAAGCTCAGATAAATCCAGTCAAGTTGAAGCTGGTTAGGTATAATTCGTTACCTTACATTCAACTTCGCTTCAATCAATTTCCCTGTTCGCAATCAGGTATTCTTCAACGCGTCTTTCTATATACTTGAATTTTGATTTCGCATATCCCTTACAAATGAATAAACTATCATTGTCGGCTATTCATTTATACATTCGGTAAGCCTCAGAAATGGATTAGATCATGTAGAATTATAAAATTGGAAGTGTTTTTGTGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

885 bp · TkA06G086150|TK1151|CDS

ATGGAGGCCACAGTTTCCCAAAGCTTACGGTTGACAACATGGACAAATTCAGATAATACGGTTCCAAAACTGACAAATTCCATGAGGTTATATACACGCTTTGAGAAAAAGAAAAACATTAATATGCTTAAATGCAATCATTTTGGAACTATAAAACCAGCAATTGGGCATCGATCAGCAGGGTTAAAGGCTTCATGTACTTCTCAAAACTCTCCAGCTTCAGTACTCAAGTCCGAAACTTCTATTACTGAAGAGGATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

294 aa · TkA06G086150|TK1151|PROTEIN

MEATVSQSLRLTTWTNSDNTVPKLTNSMRLYTRFEKKKNINMLKCNHFGTIKPAIGHRSAGLKASCTSQNSPASVLKSETSITEEDLLLKKKCEEIKPCLSGRCIYLVGMMGSGKTTIGQILSEVLDYSFFDSDKLIEQAAGGTAVADIFKLYGEGYFRDNETEVLHKLSLMHGLVISTGGGAVVRPINWKYMHKGITVFIDVPLDTLAQRLTAVGTASRPLLHHGSGDAYNQTFRRLSKLWEERSECYTNASVRVSLER...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G086150`
TK1151 ID	TkA06G086150
OH-1004 ID	LXL04_025035
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G086150

位置 Chr06:23051981-23054606 (+)

描述 Similar to SK: Shikimate kinase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g21940`	催化使用ATP作为共底物对莽草酸的3-羟基进行特异性磷酸化。	暂无已核实直接文献
`At4g39540`	催化使用ATP作为共底物对莽草酸的3-羟基进行特异性磷酸化。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0640600`	催化使用ATP作为共底物对莽草酸的3-羟基进行特异性磷酸化。	暂无已核实直接文献
`Os02g0749300`	催化使用ATP作为共底物对莽草酸的3-羟基进行特异性磷酸化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025035 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008652 amino acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009073 aromatic amino acid family biosynthetic process 生物过程

GO:0009423 chorismate biosynthetic process 生物过程

GO:0019632 shikimate metabolic process 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0004765 shikimate kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G21940

ath:AT4G39540

dosa:Os02g0749300

dosa:Os04g0640600

sly:544078

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.927

排名 1 · TkA06G086150 · TK1151

线粒体0.088

排名 2 · TkA06G086150 · TK1151

细胞核0.026

排名 3 · TkA06G086150 · TK1151

细胞质0.022

排名 4 · TkA06G086150 · TK1151

细胞膜0.011

排名 5 · TkA06G086150 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00004AAA21-40 aa

PF03193RsgA_GTPase89-125 aa

PF02367TsaE99-127 aa

PF29256EGF_Epiregulin99-110 aa

PF13191AAA_16101-126 aa

PF00005ABC_tran101-127 aa

PF01583APS_kinase102-127 aa

PF13401AAA_22102-136 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G086150	`PF00004`	AAA	21	40	0.17	13.0
TkA06G086150	`PF03193`	RsgA_GTPase	89	125	0.2	12.2
TkA06G086150	`PF02367`	TsaE	99	127	0.043	14.5
TkA06G086150	`PF29256`	EGF_Epiregulin	99	110	0.22	12.4
TkA06G086150	`PF13191`	AAA_16	101	126	0.13	13.5
TkA06G086150	`PF00005`	ABC_tran	101	127	0.13	13.6
TkA06G086150	`PF01583`	APS_kinase	102	127	0.015	16.1
TkA06G086150	`PF13401`	AAA_22	102	136	0.16	13.0
TkA06G086150	`PF18751`	Ploopntkinase3	102	128	0.22	11.8
TkA06G086150	`PF01121`	CoaE	104	160	0.0051	17.2
TkA06G086150	`PF13238`	AAA_18	105	216	3.2e-07	31.6
TkA06G086150	`PF13671`	AAA_33	105	142	0.00074	20.6
TkA06G086150	`PF00004`	AAA	105	132	0.17	13.0
TkA06G086150	`PF13207`	AAA_17	108	145	0.013	16.6
TkA06G086150	`PF13189`	Cytidylate_kin2	109	144	0.00012	23.0
TkA06G086150	`PF01712`	dNK	109	132	0.015	15.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJ05`	拟南芥	sp\|Q9SJ05\|SK1_ARATH Shikimate kinase 1, chloroplastic	56.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q8GY88`	拟南芥	sp\|Q8GY88\|SK2_ARATH Shikimate kinase 2, chloroplastic	49.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7X7H9`	水稻	sp\|Q7X7H9\|SK3_ORYSJ Shikimate kinase 3, chloroplastic	57.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q5NTH4`	水稻	sp\|Q5NTH4\|SK1_ORYSJ Shikimate kinase 1, chloroplastic	61.200%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情