TkA06G085010 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G085010

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 22709600-22712974 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2062 bp · TkA06G085010|TK1151|cDNA

CTTCACACTACATACACCACCCAATCATTATCACATTCACACTCAATATATATGAATCTAATTCCATCATTACACTAACCTCCTCATACAAATTCCTCTCTCCCTCTCTCTCCATCTTTCTTACACCCACTTAGTGTGTGTATTCATGTTCATGCAGGTTTAGAGAAGGGCAAAATTGGAACAAAAATGATTTATACCTTTCTTCTAGTTCATGTTTTGGCCCTGTTTGGGTTTGTTTTGGGGGATGTAGGGCTCGTGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1710 bp · TkA06G085010|TK1151|CDS

ATGATTTATACCTTTCTTCTAGTTCATGTTTTGGCCCTGTTTGGGTTTGTTTTGGGGGATGTAGGGCTCGTGAGTCCATCTCAATTGGAAATGTTTGTGGATGAAATTCCAGATATGCCCAGAATCAAAGGCTATGATGTTCTTCATGGTGTTCCTGTTTTCAAAACTCTCAAGATCTCCATGTATCAGAAGTCTTGGAAATTCCACAAGGATCTCCCAAAAACCAAGGTGTTCGCATTCGGTGAAACGAGGCGCACTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

569 aa · TkA06G085010|TK1151|PROTEIN

MIYTFLLVHVLALFGFVLGDVGLVSPSQLEMFVDEIPDMPRIKGYDVLHGVPVFKTLKISMYQKSWKFHKDLPKTKVFAFGETRRTATVPGPTIETVHGVSTHVTWQNLLPSKHILPWDPTIPTAIPRTKNGVPTVVHLHGGIDEPESDGNSNSWFTARFKERGPMWTKKTYHYHNQQQPGNLYYHDHAMGLTRVNLLAGLFGAYIIRHHEVESPLRLPSGDEFDRPLVVFDRSFLSNGSLYMDPTGNNPSIHPQWQPEY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G085010`
TK1151 ID	TkA06G085010
OH-1004 ID	LXL04_025046
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G085010

位置 Chr06:22709600-22712974 (-)

描述 Similar to LPR1: Multicopper oxidase LPR1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g23010`	多铜氧化酶，可能参与铜稳态和氧化应激反应，并且对于低磷酸盐条件抑制根生长是必需的。	暂无已核实直接文献
`At1g71040`	多铜氧化酶，可能参与铜稳态和氧化应激反应，并且对于低磷酸盐条件抑制根生长是必需的。	Root tip contact with low-phosphate media reprograms plant root architecture.2007 · DOI: 10.1038/ng2041

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0126100`	多铜氧化酶，可能在无机磷酸盐稳态维持中起作用。	暂无已核实直接文献
`Os01g0126200`	多铜氧化酶，可能在无机磷酸盐稳态维持中起作用。	暂无已核实直接文献
`Os01g0126900`	多铜氧化酶，可能在无机磷酸盐稳态维持中起作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025046 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0005507 copper ion binding 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0016682 oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23010

ath:AT1G71040

dosa:Os01g0126100

dosa:Os01g0126200

dosa:Os01g0126900

osa:4326010

osa:4326011

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.785

排名 1 · TkA06G085010 · TK1151

细胞膜0.073

排名 2 · TkA06G085010 · TK1151

细胞质0.069

排名 3 · TkA06G085010 · TK1151

内质网0.049

排名 4 · TkA06G085010 · TK1151

溶酶体／液泡0.041

排名 5 · TkA06G085010 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07732Cu-oxidase_388-119 aa

PF07732Cu-oxidase_3134-210 aa

PF07731Cu-oxidase_2152-175 aa

PF07732Cu-oxidase_3263-291 aa

PF00394Cu-oxidase274-344 aa

PF07731Cu-oxidase_2411-565 aa

PF07732Cu-oxidase_3533-556 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G085010	`PF07732`	Cu-oxidase_3	88	119	4.6e-06	27.4
TkA06G085010	`PF07732`	Cu-oxidase_3	134	210	4.6e-06	27.4
TkA06G085010	`PF07731`	Cu-oxidase_2	152	175	1.3e-10	41.8
TkA06G085010	`PF07732`	Cu-oxidase_3	263	291	4.6e-06	27.4
TkA06G085010	`PF00394`	Cu-oxidase	274	344	3.2e-05	24.8
TkA06G085010	`PF07731`	Cu-oxidase_2	411	565	1.3e-10	41.8
TkA06G085010	`PF07732`	Cu-oxidase_3	533	556	4.6e-06	27.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I4K5`	拟南芥	sp\|F4I4K5\|LPR1_ARATH Multicopper oxidase LPR1	68.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q949X9`	拟南芥	sp\|Q949X9\|LPR2_ARATH Multicopper oxidase LPR2	67.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9AWU4`	水稻	sp\|Q9AWU4\|LPR1_ORYSJ Multicopper oxidase LPR1 homolog 1	58.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q5ZE07`	水稻	sp\|Q5ZE07\|LPR2_ORYSJ Multicopper oxidase LPR1 homolog 2	55.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q7F757`	水稻	sp\|Q7F757\|LPR4_ORYSJ Multicopper oxidase LPR1 homolog 4	54.900%	Swiss-Prot	高置信

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