TkA06G077910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G077910

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 20905571-20908220 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1738 bp · TkA06G077910|TK1151|cDNA

GACTTATAATTAGTAAGTTCGATTAATATTTAACTATTACAGTTACCCGTAGCTTAACTTTTTGCTAGTTTCCTGAAATGATTTTAACAAAAATAACTATTTTTATCTTTTTTTTCCTATTTTTTTTTTTCAAAGTAGCATTTCATTCCTAACACCCATCTAGAAAAGTTCAGACTTCAGGTCCTTCGTCATTGTCAAGAAAGAGTTGTTGTCTGTTCATAGGAAAAGTCGCCTAAAACGAAATTTCCATCCGTTGAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

813 bp · TkA06G077910|TK1151|CDS

ATGGGTGATCACTTGGTTGTAGATGTGAATCGACCCATTAAAATTAGCGCTGACGTGGCAGCCCCTTCATCTTCCACTACAGAAGCTCCTGTAGTAGATGAAGTCGGGGCTTCTTATGATGAAGAAGCGCCTCTTTTAACAATGGCAGAGTGTCGTATTTGCCAGGAGGAAGATTCCATTGATGCTTTAGAGACACCCTGCACTTGCAATGGCAGTCTTAAGTATGCTCACAGGAAGTGTGTACAACACTGGTGCAATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

270 aa · TkA06G077910|TK1151|PROTEIN

MGDHLVVDVNRPIKISADVAAPSSSTTEAPVVDEVGASYDEEAPLLTMAECRICQEEDSIDALETPCTCNGSLKYAHRKCVQHWCNEKGDIICEICHQPYQPGYIAPPPRPCMDETTIDIGEAWQISEADRQYLEAEYDDYNSTNASGAAFCRSAVLILMALLLLRHASSVPDSDTDGSDEDASTFLTLFLLRVAGFLLPCYIMVWAISILQRRRQRQEAAALAAAQFAFVLQAGQRRGIHLTVASVGPAPAQAPAPTVT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G077910`
TK1151 ID	TkA06G077910
OH-1004 ID	LXL04_025158
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G077910`
位置	Chr06:20905571-20908220 (-)
描述	Similar to SSM4: ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase DOA10 (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_025158` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006897 endocytosis 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0030970 retrograde protein transport, ER to cytosol 生物过程 GO:0036503 ERAD pathway 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0000837 Doa10p ubiquitin ligase complex 细胞组分 GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分 GO:0005637 nuclear inner membrane 细胞组分 GO:0005764 lysosome 细胞组分 GO:0005768 endosome 细胞组分 GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:520348 hsa:115123 mmu:320253 rno:364878 sce:YIL030C 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.352

排名 1 · TkA06G077910 · TK1151

细胞膜0.335

排名 2 · TkA06G077910 · TK1151

内质网0.199

排名 3 · TkA06G077910 · TK1151

细胞质0.174

排名 4 · TkA06G077910 · TK1151

高尔基体0.124

排名 5 · TkA06G077910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23733GRXCR1-2_C49-56 aa

PF13639zf-RING_250-96 aa

PF12906RINGv51-96 aa

PF23733GRXCR1-2_C67-96 aa

PF13639zf-RING_293-112 aa

PF12428DUF3675102-208 aa

PF07331TctB154-231 aa

PF04995CcmD156-165 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G077910	`PF23733`	GRXCR1-2_C	49	56	0.58	10.9
TkA06G077910	`PF13639`	zf-RING_2	50	96	2.0	9.5
TkA06G077910	`PF12906`	RINGv	51	96	4e-13	50.0
TkA06G077910	`PF23733`	GRXCR1-2_C	67	96	0.58	10.9
TkA06G077910	`PF13639`	zf-RING_2	93	112	2.0	9.5
TkA06G077910	`PF12428`	DUF3675	102	208	3.3e-31	109.0
TkA06G077910	`PF07331`	TctB	154	231	0.013	16.4
TkA06G077910	`PF04995`	CcmD	156	165	8.2	7.3
TkA06G077910	`PF04995`	CcmD	205	227	8.2	7.3
TkA06G077910	`PF30658`	Baseplate_J_M_2	229	255	0.037	15.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情