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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G072930
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 19553226-19558554 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3803 bp · TkA06G072930|TK1151|cDNA

CCCCCCCCCCCTTGGTCTCTTCTCTCCCTTTTCTGCATCTCACACACTGTGTGTGAAATATATACACATAAAAAAATTATAAATAGCCTATATACATACACAAAACTGTATCTATATCTCGTCTCTAAATTGTATTTCTGAATTGAGAGATTCACTTTATTCATTGGAGACGGCTTATATGGTTTGATGCACACACATATAGATACTGGTTTGTGCATATTAGTTTTTGGAAAGTTCGATGGCGAATTTTGCGAATTTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3330 bp · TkA06G072930|TK1151|CDS

ATGGTTGACGGTGATCTGTTTACAGGGATGAAACGGTCTAGAGATGATGATGATGCCTACAGCAGCTCCCAACTCAAGCGACCACTGATCTCCGAACACTCAAAGCACCCCCAAATGATGGACAAAGGCACTGCACAGAAACTGACGGCTAACGATGCCCTAACATACCTCGAGAAAGTGAAAGACATATTCCAAAACGAGAAGGAAAAATACGACGAGTTTCTCAAAATCATGAAGGATTTCAAGGCGCAAAGAATTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1109 aa · TkA06G072930|TK1151|PROTEIN

MVDGDLFTGMKRSRDDDDAYSSSQLKRPLISEHSKHPQMMDKGTAQKLTANDALTYLEKVKDIFQNEKEKYDEFLKIMKDFKAQRIDTTGVITMVKELFKGHQELLLGFNPFLPKGFQITLPLDNHQQHHVIKKPLEMEEAVLFVNKIKMRFQGQDHVYKYFLDTLNKYKKENKSIKEVHQEVAALLNDQQDLLKEFINFLPNPSHTECKVNLDRPDPGHQKEYTTPDKDFNRTHGEKQKDTSEDTIQREHDQDDKDCDG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G072930
TK1151 IDTkA06G072930
OH-1004 IDLXL04_025234
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 94.409 / OH-1004 46.634
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G072930
位置Chr06:19553226-19558554 (-)
描述Similar to ISE2: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH15 chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g70060 作为转录阻遏蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g24190 作为转录阻遏蛋白。
Role of an Arabidopsis AP2/EREBP-type transcriptional repressor in abscisic acid and drought stress responses.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.033043
At5g15020 作为转录阻遏蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g59890 作为转录阻遏蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g10450 作为转录阻遏蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025234 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程
GO:0000712 resolution of meiotic recombination intermediates 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0010497 plasmodesmata-mediated intercellular transport 生物过程
GO:0016441 post-transcriptional gene silencing 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G24190
ath:AT1G70060
ath:AT1G70070
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.827
排名 1 · TkA06G072930 · TK1151
细胞质0.181
排名 2 · TkA06G072930 · TK1151
细胞膜0.049
排名 3 · TkA06G072930 · TK1151
内质网0.020
排名 4 · TkA06G072930 · TK1151
溶酶体／液泡0.018
排名 5 · TkA06G072930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08349DUF172238-105 aa
PF16879Sin3a_C52-91 aa
PF02284COX5A53-81 aa
PF23202PAH_ZNF59856-102 aa
PF28774DUF845760-80 aa
PF02671PAH69-113 aa
PF28774DUF845792-105 aa
PF28774DUF8457136-201 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G072930PF08349DUF1722381050.09713.6
TkA06G072930PF16879Sin3a_C52911.9e-41143.2
TkA06G072930PF02284COX5A53810.5511.0
TkA06G072930PF23202PAH_ZNF598561022.8e-1763.5
TkA06G072930PF28774DUF845760800.8710.7
TkA06G072930PF02671PAH691131.8e-43146.7
TkA06G072930PF28774DUF8457921050.8710.7
TkA06G072930PF28774DUF84571362010.8710.7
TkA06G072930PF02284COX5A1401720.5511.0
TkA06G072930PF23202PAH_ZNF5981442052.8e-1763.5
TkA06G072930PF16879Sin3a_C1461681.9e-41143.2
TkA06G072930PF02671PAH1572011.8e-43146.7
TkA06G072930PF08349DUF17221581790.09713.6
TkA06G072930PF23202PAH_ZNF5982712942.8e-1763.5
TkA06G072930PF02671PAH2832931.8e-43146.7
TkA06G072930PF23202PAH_ZNF5983033652.8e-1763.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O04539拟南芥sp|O04539|SNL4_ARATH Paired amphipathic helix protein Sin3-like 441.700%Swiss-Prot中等置信
O48686拟南芥sp|O48686|SNL3_ARATH Paired amphipathic helix protein Sin3-like 340.000%Swiss-Prot中等置信
Q9LFQ3拟南芥sp|Q9LFQ3|SNL2_ARATH Paired amphipathic helix protein Sin3-like 237.700%Swiss-Prot中等置信
Q9XIE1拟南芥sp|Q9XIE1|SNL5_ARATH Paired amphipathic helix protein Sin3-like 539.100%Swiss-Prot中等置信
Q9XIK6拟南芥sp|Q9XIK6|SNL6_ARATH Paired amphipathic helix protein Sin3-like 636.800%Swiss-Prot中等置信

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