TkA06G071800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G071800

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 19221377-19223715 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

711 bp · TkA06G071800|TK1151|cDNA

ACCTACTCATCGCAATCGATTCCCTCTGCATCTCTGAAAGTCGCCAGTCGCCTCACTCCCATCCTGTTGCTCCTTGCCGTCTCCCTATCCTGTGACGCCGGCGATCGCTCCACCGGAAAAGCGAACCTCAGTCGGCGGTCTTCCTATCGCCGTCTGATCTGCTTGCTGTTTCCCTCTTCAGTCTCCGAATCTTCCTTTTCTGTCGCCATCTGCTCCAAGAGGAATGTTTTGGAACTCGAAGAGGCCATTAAAATTAAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

711 bp · TkA06G071800|TK1151|CDS

ACCTACTCATCGCAATCGATTCCCTCTGCATCTCTGAAAGTCGCCAGTCGCCTCACTCCCATCCTGTTGCTCCTTGCCGTCTCCCTATCCTGTGACGCCGGCGATCGCTCCACCGGAAAAGCGAACCTCAGTCGGCGGTCTTCCTATCGCCGTCTGATCTGCTTGCTGTTTCCCTCTTCAGTCTCCGAATCTTCCTTTTCTGTCGCCATCTGCTCCAAGAGGAATGTTTTGGAACTCGAAGAGGCCATTAAAATTAAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

236 aa · TkA06G071800|TK1151|PROTEIN

TYSSQSIPSASLKVASRLTPILLLLAVSLSCDAGDRSTGKANLSRRSSYRRLICLLFPSSVSESSFSVAICSKRNVLELEEAIKIKDGEAESYISEIETIGQAYEDMQTQNQHLLQQVMERMITISKMVSESVKMKQTHTALISEKQILDKQLQQVNSAFESLRSRIAHSEEQMNACVTQALKSTAEDRHLAVNLENTKWELSNADKELKSLKSLLSSSEKNTIKSVEKWKKFKRN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G071800`
TK1151 ID	TkA06G071800
OH-1004 ID	LXL04_017623
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 77.542 / OH-1004 65.125 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G071800

位置 Chr06:19221377-19223715 (+)

描述 Similar to HUB2: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1-like 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q9C895`	E3 泛素蛋白连接酶，将 H2B 单泛素化形成 H2BK143ub1。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2ZAC2`	E3 泛素蛋白连接酶，将 H2B 单泛素化形成 H2BK143ub1。	暂无已核实直接文献
`Os10g0565600`	E3 泛素蛋白连接酶，可单泛素化 H2B 形成 H2BK143ub1。	Histone H2B Monoubiquitination Mediated by HISTONE MONOUBIQUITINATION1 and HISTONE MONOUBIQUITINATION2 Is Involved in Anther Development by Regulating Tapetum Degradation-Related Genes in Rice.2015 · DOI: 10.1104/pp.114.256578 Flowering-Related RING Protein 1 (FRRP1) Regulates Flowering Time and Yield Potential by Affecting Histone H2B Monoubiquitination in Rice (Oryza Sativa).2016 · DOI: 10.1371/journal.pone.0150458
`UniProt: A2XW69`	E3 泛素蛋白连接酶，将 H2B 单泛素化形成 H2BK143ub1。	暂无已核实直接文献
`Os04g0550400`	E3 泛素蛋白连接酶，可单泛素化 H2B 形成 H2BK143ub1。	Histone H2B Monoubiquitination Mediated by HISTONE MONOUBIQUITINATION1 and HISTONE MONOUBIQUITINATION2 Is Involved in Anther Development by Regulating Tapetum Degradation-Related Genes in Rice.2015 · DOI: 10.1104/pp.114.256578

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017623 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0010162 seed dormancy process 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0010389 regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051781 positive regulation of cell division 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55250

ath:AT2G44950

dosa:Os10g0565600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.423

排名 1 · TkA06G071800 · TK1151

细胞核0.293

排名 2 · TkA06G071800 · TK1151

细胞膜0.107

排名 3 · TkA06G071800 · TK1151

内质网0.106

排名 4 · TkA06G071800 · TK1151

线粒体0.103

排名 5 · TkA06G071800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22050Toddler16-55 aa

PF20147Crinkler52-86 aa

PF25994HH_AprE72-121 aa

PF02403Seryl_tRNA_N73-127 aa

PF27682ICR5_C75-138 aa

PF25061RRM_fung78-125 aa

PF05010TACC_C78-201 aa

PF18504Csm1_N79-113 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G071800	`PF22050`	Toddler	16	55	0.24	12.5
TkA06G071800	`PF20147`	Crinkler	52	86	2.7	9.5
TkA06G071800	`PF25994`	HH_AprE	72	121	0.11	13.4
TkA06G071800	`PF02403`	Seryl_tRNA_N	73	127	0.49	11.4
TkA06G071800	`PF27682`	ICR5_C	75	138	8.6	7.9
TkA06G071800	`PF25061`	RRM_fung	78	125	0.047	14.6
TkA06G071800	`PF05010`	TACC_C	78	201	0.16	12.4
TkA06G071800	`PF18504`	Csm1_N	79	113	0.54	11.4
TkA06G071800	`PF30842`	LEKR1	79	174	5.2	8.1
TkA06G071800	`PF10234`	Cluap1	80	214	0.1	12.7
TkA06G071800	`PF27583`	BEGAIN_coil	83	117	3.2	9.0
TkA06G071800	`PF07926`	TPR_MLP1_2	89	118	0.23	12.2
TkA06G071800	`PF01923`	Cob_adeno_trans	89	179	0.36	11.5
TkA06G071800	`PF24161`	CCDC39	90	232	0.0022	16.7
TkA06G071800	`PF27636`	CCPG1_N	90	164	0.69	11.2
TkA06G071800	`PF10473`	CENP-F_leu_zip	91	173	2.4	9.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C895`	拟南芥	sp\|Q9C895\|BRE1B_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase BRE1-like 2	60.700%	Swiss-Prot	中等置信
`A2ZAC2`	水稻	sp\|A2ZAC2\|BRE1B_ORYSI E3 ubiquitin-protein ligase BRE1-like 2	58.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q336R3`	水稻	sp\|Q336R3\|BRE1B_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase BRE1-like 2	58.000%	Swiss-Prot	中等置信
`A2XW69`	水稻	sp\|A2XW69\|BRE1A_ORYSI E3 ubiquitin-protein ligase BRE1-like 1	38.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7XU27`	水稻	sp\|Q7XU27\|BRE1A_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase BRE1-like 1	38.100%	Swiss-Prot	中等置信

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