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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G071390
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 19114754-19115749 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

966 bp · TkA06G071390|TK1151|cDNA

ATGCGCCGGATCAAACCCCTCATCAAACAAAACCTTTCTTCTTTCACTCCTCCTCCCAGTAACCATAAACCTCCATCATCCATCATTTTGGCTAGAAACATTGTGATTGTATTGGGAGTTGTCTTCGTCATCTGTTGTTTGTTTCACTTTCTTGCAAGATACCTCATAAAGAAGAAACGATCATCATCTTCATCTTCATCTTCAAACACTCATCAACAATCTTCAAGATTTCAAGAAAGTAACAACAACAATGACGACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

966 bp · TkA06G071390|TK1151|CDS

ATGCGCCGGATCAAACCCCTCATCAAACAAAACCTTTCTTCTTTCACTCCTCCTCCCAGTAACCATAAACCTCCATCATCCATCATTTTGGCTAGAAACATTGTGATTGTATTGGGAGTTGTCTTCGTCATCTGTTGTTTGTTTCACTTTCTTGCAAGATACCTCATAAAGAAGAAACGATCATCATCTTCATCTTCATCTTCAAACACTCATCAACAATCTTCAAGATTTCAAGAAAGTAACAACAACAATGACGACAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

321 aa · TkA06G071390|TK1151|PROTEIN

MRRIKPLIKQNLSSFTPPPSNHKPPSSIILARNIVIVLGVVFVICCLFHFLARYLIKKKRSSSSSSSSNTHQQSSRFQESNNNNDDRQLQQLFHLHDSGLDQGFIDALPLFLYKELMGSKKPFDCAVCLCEFSEQDKLRLLPLCTHAFHIHCIDTWLLSNSSCPLCRSTLFTPGFSVENPVFDFHDDSREEDDDHVLGVSCNFKQIGGGNEKWVYPVRLGKFRATSGEKREEKEVGETSNSNLDARRCFSMGSYEYVVGN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G071390
TK1151 IDTkA06G071390
OH-1004 IDLXL04_025258
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)96.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G071390
位置Chr06:19114754-19115749 (+)
描述Similar to ATL46: RING-H2 finger protein ATL46
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g40250 RING-H2 指蛋白 ATL46。 暂无已核实直接文献
At1g23980 RING-H2指蛋白ATL47。 暂无已核实直接文献
At4g30400 RING-H2 指蛋白 ATL13。 暂无已核实直接文献
At2g18650 可能参与雌配子体发育。 暂无已核实直接文献
At3g48030 RING-H2 指蛋白 ATL48。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025258 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G23980
ath:AT2G18650
ath:AT3G48030
ath:AT4G30400
ath:AT5G40250
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.348
排名 1 · TkA06G071390 · TK1151
细胞质0.298
排名 2 · TkA06G071390 · TK1151
细胞膜0.286
排名 3 · TkA06G071390 · TK1151
内质网0.168
排名 4 · TkA06G071390 · TK1151
溶酶体／液泡0.107
排名 5 · TkA06G071390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF103177TM_GPCR_Srd27-77 aa
PF05434Tmemb_932-84 aa
PF16118DUF483434-85 aa
PF25184YxzE36-86 aa
PF07084Spot_1459-101 aa
PF18433DUF561078-107 aa
PF05434Tmemb_9117-135 aa
PF12678zf-rbx1120-167 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G071390PF103177TM_GPCR_Srd27770.1112.4
TkA06G071390PF05434Tmemb_932840.1113.0
TkA06G071390PF16118DUF483434850.1613.6
TkA06G071390PF25184YxzE36860.1413.9
TkA06G071390PF07084Spot_14591010.2112.3
TkA06G071390PF18433DUF5610781070.1613.2
TkA06G071390PF05434Tmemb_91171350.1113.0
TkA06G071390PF12678zf-rbx11201673.3e-1040.7
TkA06G071390PF12861zf-ANAPC111221703.2e-0731.0
TkA06G071390PF13639zf-RING_21241671.5e-1351.4
TkA06G071390PF17123zf-RING_111241531.2e-0835.2
TkA06G071390PF21202SLX1_C1241677.57.7
TkA06G071390PF13923zf-C3HC4_21251664.9e-0523.8
TkA06G071390PF00097zf-C3HC41251666.1e-0523.5
TkA06G071390PF14634zf-RING_51251670.0001822.1
TkA06G071390PF13445zf-RING_UBOX1251640.0007420.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FL07拟南芥sp|Q9FL07|ATL46_ARATH RING-H2 finger protein ATL4658.600%Swiss-Prot中等置信
Q8GW38拟南芥sp|Q8GW38|ATL47_ARATH RING-H2 finger protein ATL4757.000%Swiss-Prot高置信
Q940Q4拟南芥sp|Q940Q4|ATL13_ARATH RING-H2 finger protein ATL1340.200%Swiss-Prot中等置信
Q9ZV53拟南芥sp|Q9ZV53|ATL49_ARATH Putative RING-H2 finger protein ATL4947.100%Swiss-Prot中等置信
Q7X843拟南芥sp|Q7X843|ATL48_ARATH RING-H2 finger protein ATL4845.300%Swiss-Prot中等置信

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