TkA06G061020 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G061020

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 16462034-16465326 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1054 bp · TkA06G061020|TK1151|cDNA

TATAACCCTAGTCTATCGCGTGCAGTTAGTTTGGGATTTTGAGCATTCGGAGTTTTTCGAGTTTCCATTCACTGCAGCTCATCTGTTGTTCTTTTGCTCTGTATGGCATTCATAGCGTCAACGGACCGAGATCGATAAGCGTAAATCTCTTCATCTATTTGTATATATATAGTTCTGGAATCGAATCGATAATGGTTGGGCAAAAGCTGTTTAAAACGAGGATATGCGTACTGTATTTAAAGGGCCATTGCCACCGTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1068 bp · TkA06G061020|TK1151|CDS

ATGGTTGGGCAAAAGCTGTTTAAAACGAGGATATGCGTACTGTATTTAAAGGGCCATTGCCACCGTCAAAGCTGCTCCTTTGCCCATGGCGATGCTGAGCTCCGTCGCTATAATACTTCTTCCTCCTTTAACGGGAGGCAGGATTATCGTGGTGGTGATTTAAGAGATAAGTTAGGCAGACATCACTCCCCACTTAGAAGAAACTCTCTTGGACATGATGATTCTCCAAGATTTGGGAAAAAGAGTGAGTGGGGTCACAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

355 aa · TkA06G061020|TK1151|PROTEIN

MVGQKLFKTRICVLYLKGHCHRQSCSFAHGDAELRRYNTSSSFNGRQDYRGGDLRDKLGRHHSPLRRNSLGHDDSPRFGKKSEWGHRKRHHFDGESEYSESLKLSDGAEQGRERKPSSSEIKDDQLKHVKSEIDMLEDHKQQLQMYLEERVQEADSLNSKIEELEMQLSIEKEECRRISSKIKKFVKAKHRHSRIQDELKRSEARLERLGDQLGFDARSVGNEEDMSINILSDEENVMSPKYDNNNNNNSNKNSDSPNKK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G061020`
TK1151 ID	TkA06G061020
OH-1004 ID	LXL04_025411
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G061020

位置 Chr06:16462034-16465326 (+)

描述 Similar to At3g21810: Zinc finger CCCH domain-containing protein 40

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g21810`	含锌指CCCH结构域的蛋白40。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0161200`	含锌指CCCH结构域的蛋白质13。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025411 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G21810

dosa:Os02g0161200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.968

排名 1 · TkA06G061020 · TK1151

细胞质0.117

排名 2 · TkA06G061020 · TK1151

细胞膜0.023

排名 3 · TkA06G061020 · TK1151

内质网0.010

排名 4 · TkA06G061020 · TK1151

线粒体0.008

排名 5 · TkA06G061020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25427zf-CCCH_UNK6-35 aa

PF00642zf-CCCH7-30 aa

PF22628zf-CCCH_1011-34 aa

PF28904ANGPTL813-36 aa

PF25994HH_AprE95-212 aa

PF30842LEKR1105-184 aa

PF28256CCDC171110-211 aa

PF15960DUF4763112-190 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G061020	`PF25427`	zf-CCCH_UNK	6	35	0.0062	17.1
TkA06G061020	`PF00642`	zf-CCCH	7	30	0.15	12.7
TkA06G061020	`PF22628`	zf-CCCH_10	11	34	0.047	13.9
TkA06G061020	`PF28904`	ANGPTL8	13	36	1.1	9.9
TkA06G061020	`PF25994`	HH_AprE	95	212	0.022	15.6
TkA06G061020	`PF30842`	LEKR1	105	184	2.2	9.3
TkA06G061020	`PF28256`	CCDC171	110	211	0.00055	18.2
TkA06G061020	`PF15960`	DUF4763	112	190	0.035	14.1
TkA06G061020	`PF24611`	Spectrin_Anc-1	113	144	0.38	11.8
TkA06G061020	`PF17675`	APG6_N	116	212	1.2	10.3
TkA06G061020	`PF28904`	ANGPTL8	119	173	1.1	9.9
TkA06G061020	`PF02601`	Exonuc_VII_L	122	212	0.43	10.7
TkA06G061020	`PF09787`	Golgin_A5	122	222	1.9	8.7
TkA06G061020	`PF11559`	ADIP	123	213	0.073	13.9
TkA06G061020	`PF19220`	Rod_CreS	124	210	0.012	15.6
TkA06G061020	`PF10552`	ORF6C	124	150	0.3	11.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93XW7`	拟南芥	sp\|Q93XW7\|C3H40_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 40	38.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6H7U2`	水稻	sp\|Q6H7U2\|C3H13_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 13	37.100%	Swiss-Prot	中等置信

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