TkA06G060320 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G060320

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 16281049-16282110 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

663 bp · TkA06G060320|TK1151|cDNA

TCAGAGCATGGAAGCAAAGGCGTGGAGGTATTTGTTGGGGGTTTGGCTCGTTCTCTCACTGAAGACAAGATTCACAAGGTATTCGCTGCTTGTGGAGAAATTACAGACATGCGCTTGATAAAAGATCATATGGGCATACTAAAGGGATTTGGCTTTGTACGCTTTGCAACAAAAGAAGCTGCTGACAAAGCTCTGAAGGAATTATCCGGATCTATGGTTAGAAGGAAAAAGATTGGTGTTCTTCCATCAGCTGCACAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

663 bp · TkA06G060320|TK1151|CDS

TCAGAGCATGGAAGCAAAGGCGTGGAGGTATTTGTTGGGGGTTTGGCTCGTTCTCTCACTGAAGACAAGATTCACAAGGTATTCGCTGCTTGTGGAGAAATTACAGACATGCGCTTGATAAAAGATCATATGGGCATACTAAAGGGATTTGGCTTTGTACGCTTTGCAACAAAAGAAGCTGCTGACAAAGCTCTGAAGGAATTATCCGGATCTATGGTTAGAAGGAAAAAGATTGGTGTTCTTCCATCAGCTGCACAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

220 aa · TkA06G060320|TK1151|PROTEIN

SEHGSKGVEVFVGGLARSLTEDKIHKVFAACGEITDMRLIKDHMGILKGFGFVRFATKEAADKALKELSGSMVRRKKIGVLPSAAQDTLFLENLNKGWSVDDFNKVFRQVFPDVVSIDLAMPQSGSEITNKKFKNRGFAFVKFSSHATAARAFRAGTKPDFVLGGTLHPFVKWAEEDPEVDPHELPKIKIAFVRKLPSSTDEEYLKKLFMPFGKVESDGV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G060320`
TK1151 ID	TkA06G060320
OH-1004 ID	LXL04_038597
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	38.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.909 / OH-1004 29.403 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G060320

位置 Chr06:16281049-16282110 (-)

描述 Similar to Syncrip: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g00830`	转录激活因子，在靶基因启动子上的GAGA样基序和5'-(C/G)ACGTG(G/T)C(A/G)-3'共识基序上结合DNA。	Control of flowering and cell fate by LIF2, an RNA binding partner of the polycomb complex component LHP1.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0016592 The hnRNP-Q protein LIF2 participates in the plant immune response.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0099343 The Arabidopsis hnRNP-Q Protein LIF2 and the PRC1 Subunit LHP1 Function in Concert to Regulate the Transcription of Stress-Responsive Genes.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00244

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038597 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010439 regulation of glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0016556 mRNA modification 生物过程

GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G00830

hsa:10236

hsa:10492

mmu:56403

rno:363113

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.523

排名 1 · TkA06G060320 · TK1151

细胞核0.462

排名 2 · TkA06G060320 · TK1151

细胞膜0.084

排名 3 · TkA06G060320 · TK1151

内质网0.047

排名 4 · TkA06G060320 · TK1151

线粒体0.030

排名 5 · TkA06G060320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08777RRM_37-71 aa

PF16367RRM_79-35 aa

PF00076RRM_110-78 aa

PF28976RRM_ACIN110-70 aa

PF16842RRM_occluded19-78 aa

PF14605Nup35_RRM_227-65 aa

PF28441RRM_1133-89 aa

PF11608RRM_MARF144-80 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G060320	`PF08777`	RRM_3	7	71	0.029	15.1
TkA06G060320	`PF16367`	RRM_7	9	35	0.00013	22.6
TkA06G060320	`PF00076`	RRM_1	10	78	2.5e-31	108.1
TkA06G060320	`PF28976`	RRM_ACIN1	10	70	0.0032	18.3
TkA06G060320	`PF16842`	RRM_occluded	19	78	0.1	13.2
TkA06G060320	`PF14605`	Nup35_RRM_2	27	65	0.0013	19.3
TkA06G060320	`PF28441`	RRM_11	33	89	0.0055	17.7
TkA06G060320	`PF11608`	RRM_MARF1	44	80	0.03	15.2
TkA06G060320	`PF26250`	RRM_RdRP1_2	46	65	0.039	15.1
TkA06G060320	`PF29326`	RRM_MUD2_C	49	76	0.0018	19.1
TkA06G060320	`PF24572`	RBD_RDR6	49	67	0.0029	18.4
TkA06G060320	`PF00076`	RRM_1	89	154	2.5e-31	108.1
TkA06G060320	`PF29326`	RRM_MUD2_C	109	157	0.0018	19.1
TkA06G060320	`PF24572`	RBD_RDR6	126	165	0.0029	18.4
TkA06G060320	`PF14605`	Nup35_RRM_2	127	152	0.0013	19.3
TkA06G060320	`PF16367`	RRM_7	129	148	0.00013	22.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ASP6`	拟南芥	sp\|Q9ASP6\|HNRPQ_ARATH Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q	35.700%	Swiss-Prot	中等置信

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