RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G051970
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 14121909-14124325 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2137 bp · TkA06G051970|TK1151|cDNA

TAAAAGTGATCTTTGTGGTAGTGTAGGTTTGGAATTGGGATGAAATTTGTGGTGAAAGAGGGTTAGAGTTTTGAAATTGTTGTTAGAAAAAGTTTTGTTGTGATATTTCGAAATTCGGGTACATGGTTGAAACACCACCATATATCGGGTTTGGACTCTAAATCGGGACTTTAAGTTGTGGACAGTAAGGTCGTGGTGAGGAAGTATCAAATGCGGAAATGTTAGGAGTAGAAGTATTAGAAATATTTTGGCTGTTTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1434 bp · TkA06G051970|TK1151|CDS

ATGATGATGGCGTTCCTTCGATTCTGTAAACCATCAAAAGGTTACATTTCGATTTCTAGGGCTTTGTTATACTCAACCGAAACAAGCGTCATCCAGGAAAAGCCAATTAACAAGAAGAATGACAATCTGTACAGGCGGATTTCACCCGTCGGGGATCCTAACGCTTCGATGATACCAATACTCGAGCAGTGGGAAAAAGAAGGTAAAACCGTCAAAATTGATCAGCTCATTGTCATAATCAAAAGCCTCCGGAAGTTCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

477 aa · TkA06G051970|TK1151|PROTEIN

MMMAFLRFCKPSKGYISISRALLYSTETSVIQEKPINKKNDNLYRRISPVGDPNASMIPILEQWEKEGKTVKIDQLIVIIKSLRKFNRYTHALQISEWMSKRRAKLHPAGFAVHLDLLSKVQGIEEAENYFNNTPDEVKNYQVYGALLNCYSNTKSLQKAESLAEKMKTLGMMTTLSYNSLLNLYKKTGNITKLEETYQEMLETGISCDKPTFYIRLSTYASLPDIEQMEKVLKKLEEHSGLTGDWNTYIIASGGYSKSG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G051970
TK1151 IDTkA06G051970
OH-1004 IDLXL04_009930
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)42.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 96.226 / OH-1004 96.211
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G051970
位置Chr06:14121909-14124325 (-)
描述Similar to At2g20710: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20710, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g20710 含五重复肽序列蛋白 At2g20710，线粒体型。 暂无已核实直接文献
At1g02150 含五重复肽的蛋白 At1g02150。 暂无已核实直接文献
At4g02820 含五肽重复序列的蛋白 At4g02820，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g28020 假定含五肽重复蛋白 At1g28020。 暂无已核实直接文献
At1g43010 假定的含五螺旋重复序列蛋白At1g43010。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009930 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:1903427 negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G02150
ath:AT2G20710
ath:AT4G02820
ath:AT4G21705
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.860
排名 1 · TkA06G051970 · TK1151
细胞核0.060
排名 2 · TkA06G051970 · TK1151
质体0.051
排名 3 · TkA06G051970 · TK1151
细胞质0.044
排名 4 · TkA06G051970 · TK1151
细胞膜0.010
排名 5 · TkA06G051970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276TPR_2456-95 aa
PF24760TPR_IF140_C74-97 aa
PF13041PPR_279-103 aa
PF19189Mtf280-101 aa
PF29070MSC6_N97-199 aa
PF29144PGA45_N129-166 aa
PF24760TPR_IF140_C133-168 aa
PF14559TPR_19139-165 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G051970PF23276TPR_2456954.9e-0730.4
TkA06G051970PF24760TPR_IF140_C74970.005417.8
TkA06G051970PF13041PPR_2791034.6e-1762.6
TkA06G051970PF19189Mtf2801010.09813.1
TkA06G051970PF29070MSC6_N971991.4e-1144.8
TkA06G051970PF29144PGA45_N1291660.114.0
TkA06G051970PF24760TPR_IF140_C1331680.005417.8
TkA06G051970PF14559TPR_191391650.01516.3
TkA06G051970PF13181TPR_81421660.003718.0
TkA06G051970PF01535PPR1431718e-2070.3
TkA06G051970PF13041PPR_21431724.6e-1762.6
TkA06G051970PF17177PPR_long1431938.9e-0935.7
TkA06G051970PF13812PPR_31431713.3e-0627.8
TkA06G051970PF23276TPR_241442314.9e-0730.4
TkA06G051970PF12854PPR_11441687.6e-0523.1
TkA06G051970PF13424TPR_121441650.2812.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SKU6拟南芥sp|Q9SKU6|PP166_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20710, mitochondrial40.300%Swiss-Prot中等置信
Q8LPS6拟南芥sp|Q8LPS6|PPR3_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g0215032.700%Swiss-Prot中等置信
Q9SY07拟南芥sp|Q9SY07|PP302_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02820, mitochondrial25.500%Swiss-Prot低置信
Q9C7F1拟南芥sp|Q9C7F1|PPR61_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g2802030.500%Swiss-Prot低置信
Q9C545拟南芥sp|Q9C545|PPR72_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g4301027.500%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看