TkA06G050050 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G050050

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 13647517-13651760 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1943 bp · TkA06G050050|TK1151|cDNA

CCGGAACCATCTAGGGTAAAGTTGTGCAACGACAGTCTCTCTGACTCGGCGAAACCCATCCAAAAGAAAGTATTGAAGGGGAAAAGGGAACAGTGGGCATGTAATATATACATCCTATCTTGTAACTCGACAAAAATCCCAGTTAATTCTCTCTTCTATTATGCCCACTATGGCTACTGAAAAATCAGACGTTTCATTGGCTGAAGAAATCAAACTCCAAGCTAATGAAGCTTTCAAAGCCAATAAGTTTTCTCAAGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1668 bp · TkA06G050050|TK1151|CDS

ATGCCCACTATGGCTACTGAAAAATCAGACGTTTCATTGGCTGAAGAAATCAAACTCCAAGCTAATGAAGCTTTCAAAGCCAATAAGTTTTCTCAAGCAATTGATTTGTATACAAAAGCAATCGAATTAAACGGCGAGAATGCTGTATATTGGGCAAATCGAGCTTTCTCGCACACCAAGCTGGAGGAGTATGGTAGCGCTATCCAGGATGCATCCAAGGCCGTTGAAATTGATCCCAAGTATTCCAAGGGTTATTACCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

555 aa · TkA06G050050|TK1151|PROTEIN

MPTMATEKSDVSLAEEIKLQANEAFKANKFSQAIDLYTKAIELNGENAVYWANRAFSHTKLEEYGSAIQDASKAVEIDPKYSKGYYRRGAAYLAMGKFKDALKDFQQVKRISPNDPDASKKLKECEKAVMKLKFEEAISVPTSEQRSVAESIDYRTIGTGTGSSYHSLHLTAAVALVAMSMLVAGPIAATLVASAALASFFLLNNSRWWNHDHDSHGYLTKSQILNIDVESQYTGAKIDGDVITLDFVKNMMDDFKSQKC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G050050`
TK1151 ID	TkA06G050050
OH-1004 ID	LXL04_025587
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	87.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.198 / OH-1004 25.703 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G050050

位置 Chr06:13647517-13651760 (+)

描述 Similar to PAPP5: Serine/threonine-protein phosphatase 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g42810`	异构体2去磷酸化磷酸化光敏色素，偏向Pfr形式，并增强光敏色素介导的光响应，可能通过增强其稳定性及与光信号转导蛋白如NDPK2的结合亲和力实现。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025587 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001933 negative regulation of protein phosphorylation 生物过程

GO:0006470 protein dephosphorylation 生物过程

GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0010019 chloroplast-nucleus signaling pathway 生物过程

GO:0010288 response to lead ion 生物过程

GO:0043278 response to morphine 生物过程

GO:0043409 negative regulation of MAPK cascade 生物过程

GO:0070262 peptidyl-serine dephosphorylation 生物过程

GO:0070301 cellular response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0071276 cellular response to cadmium ion 生物过程

GO:1902325 negative regulation of chlorophyll biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G42810

mmu:19060

rno:65179

sly:543849

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.586

排名 1 · TkA06G050050 · TK1151

细胞核0.282

排名 2 · TkA06G050050 · TK1151

细胞膜0.099

排名 3 · TkA06G050050 · TK1151

线粒体0.095

排名 4 · TkA06G050050 · TK1151

内质网0.094

排名 5 · TkA06G050050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03704BTAD10-43 aa

PF25575TPR_BSK1_C15-86 aa

PF21033RMD1-317-53 aa

PF12895ANAPC317-69 aa

PF07719TPR_219-47 aa

PF13428TPR_1419-55 aa

PF00515TPR_120-47 aa

PF13432TPR_1620-81 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G050050	`PF03704`	BTAD	10	43	0.022	15.8
TkA06G050050	`PF25575`	TPR_BSK1_C	15	86	2e-11	44.5
TkA06G050050	`PF21033`	RMD1-3	17	53	6.4e-05	23.0
TkA06G050050	`PF12895`	ANAPC3	17	69	0.0021	19.0
TkA06G050050	`PF07719`	TPR_2	19	47	1.6e-17	62.8
TkA06G050050	`PF13428`	TPR_14	19	55	1.3e-06	29.2
TkA06G050050	`PF00515`	TPR_1	20	47	3.2e-22	78.1
TkA06G050050	`PF13432`	TPR_16	20	81	7e-08	33.5
TkA06G050050	`PF04212`	MIT	20	43	0.38	11.6
TkA06G050050	`PF25064`	ARM_TT21_5th	21	110	0.27	12.3
TkA06G050050	`PF08321`	PPP5	22	36	3.5e-26	91.9
TkA06G050050	`PF13414`	TPR_11	22	59	1.5e-12	47.7
TkA06G050050	`PF13181`	TPR_8	24	46	5.9e-10	39.2
TkA06G050050	`PF14559`	TPR_19	24	52	1.7e-07	32.2
TkA06G050050	`PF13424`	TPR_12	25	43	0.00016	22.5
TkA06G050050	`PF13174`	TPR_6	25	42	0.0021	19.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84XU2`	拟南芥	sp\|Q84XU2\|PPP5_ARATH Serine/threonine-protein phosphatase 5	78.100%	Swiss-Prot	高置信

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