TkA06G048090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G048090

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 13044315-13044796 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

342 bp · TkA06G048090|TK1151|cDNA

GTGGGTATCAACAAGAAGGAACACAAACCCGAATTCGACATTGTTTCAAATGCCAGTTGCACAACCAACTGCCTTGCTCCTTTGGCCAAGGAAATCACCGACATATTTGGCATTGTTGAGGGACTCATGACAACTTTCCACTCCATCACAGCCACCCAAAAGACCATTGATGGGCCATCCATGAAGGACTGGAGAAGTGGAAGAGTCGCTTCCTACAACATCATTCCGAGCTGCCAAGGTAAGTGTTTAGCTGTTGGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

342 bp · TkA06G048090|TK1151|CDS

GTGGGTATCAACAAGAAGGAACACAAACCCGAATTCGACATTGTTTCAAATGCCAGTTGCACAACCAACTGCCTTGCTCCTTTGGCCAAGGAAATCACCGACATATTTGGCATTGTTGAGGGACTCATGACAACTTTCCACTCCATCACAGCCACCCAAAAGACCATTGATGGGCCATCCATGAAGGACTGGAGAAGTGGAAGAGTCGCTTCCTACAACATCATTCCGAGCTGCCAAGGTAAGTGTTTAGCTGTTGGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

113 aa · TkA06G048090|TK1151|PROTEIN

VGINKKEHKPEFDIVSNASCTTNCLAPLAKEITDIFGIVEGLMTTFHSITATQKTIDGPSMKDWRSGRVASYNIIPSCQGKCLAVGKVLPALNGKLTGMSVRVPIVDVFQLLT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G048090`
TK1151 ID	TkA06G048090
OH-1004 ID	LXL04_020686
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	82.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.575 / OH-1004 22.930 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G048090

位置 Chr06:13044315-13044796 (-)

描述 Similar to GAPC2: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPC2, cytosolic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g04120`	糖酵解关键酶，催化D-甘油醛3-磷酸（G3P）转化为3-磷酸-D-甘油酰磷酸。	Characterization of Arabidopsis lines deficient in GAPC-1, a cytosolic NAD-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.128769 Cytosolic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenases interact with phospholipase Dδ to transduce hydrogen peroxide signals in the Arabidopsis response to stress.2012 · DOI: 10.1105/tpc.111.094946 Transfer of a Redox-Signal through the Cytosol by Redox-Dependent Microcompartmentation of Glycolytic Enzymes at Mitochondria and Actin Cytoskeleton.2012 · DOI: 10.3389/fpls.2012.00284 Nuclear moonlighting of cytosolic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase regulates Arabidopsis response to heat stress.2020 · DOI: 10.1038/s41467-020-17311-4

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0486600`	糖酵解中的关键酶，通过将 D-甘油醛-3-磷酸（G3P）转化为 3-磷酸-D-甘油酰磷酸，从而催化该途径的第一步。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020686 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006006 glucose metabolic process 生物过程

GO:0006094 gluconeogenesis 生物过程

GO:0006096 glycolytic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0051775 response to redox state 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13440

ath:AT3G04120

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.495

排名 1 · TkA06G048090 · TK1151

细胞质0.357

排名 2 · TkA06G048090 · TK1151

细胞核0.096

排名 3 · TkA06G048090 · TK1151

线粒体0.052

排名 4 · TkA06G048090 · TK1151

过氧化物酶体0.033

排名 5 · TkA06G048090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02800Gp_dh_C19-108 aa

PF24949DUF776023-59 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G048090	`PF02800`	Gp_dh_C	19	108	2.6e-34	119.2
TkA06G048090	`PF24949`	DUF7760	23	59	0.35	10.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P25858`	拟南芥	sp\|P25858\|G3PC1_ARATH Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPC1, cytosolic	79.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q7FAH2`	水稻	sp\|Q7FAH2\|G3PC2_ORYSJ Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 2, cytosolic	78.700%	Swiss-Prot	高置信

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