TkA06G046170 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G046170

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 12500253-12504902 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2979 bp · TkA06G046170|TK1151|cDNA

ATGGGGTTAAAGAAACAAAAAAGAAAGCCCTAATTGAATCGACAAGAGCGAGCAAGACCTGCTCCGCCTCTGCTCCATTTTCGCTTTTGCCGTTATCGCTTGCCCCGGTATCTGTTTGGTTCTTTCTGCTGTGGGCGTCGTCTCCTCGTGTGACGACACAGGTCAGATAATGGAACCATCATCAGTTGAAGGAAAACCTTCAACACCATCAACTCCAACTACTGCACCTGCTTCAAGTGTCAGTACACCCACTCTAAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2559 bp · TkA06G046170|TK1151|CDS

ATGGAACCATCATCAGTTGAAGGAAAACCTTCAACACCATCAACTCCAACTACTGCACCTGCTTCAAGTGTCAGTACACCCACTCTAAAAGATGAAGACACTGTCAGCACTACAATGATAAATTCACCAGGTTCTTTACCATTTCCAAGACCTTCTGTTCCTGGTATTTCTTCTACTAGCGGTCCTTCATTTTCATATAACATTCCACAAGTCATGCCACCACCTTCTCCTGTTGCTATACCAAGAGACACGTCATCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

852 aa · TkA06G046170|TK1151|PROTEIN

MEPSSVEGKPSTPSTPTTAPASSVSTPTLKDEDTVSTTMINSPGSLPFPRPSVPGISSTSGPSFSYNIPQVMPPPSPVAIPRDTSSNAANFSYNGHHQSAPPVPHSAPQHTVGPTFWMPSGPPFQPPAGRAATLPPPPTTTVASSQQPVYGPYGTNPLMAAPPQGVWLQPAPIGGLSRPSVLPYPPSFPGSFPMPAQFMPPPSDAQPPGTSVGVPGSMLLELPPGTTDNNKHVNAGGGGKEESVGGELDAWSAHRSETGI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G046170`
TK1151 ID	TkA06G046170
OH-1004 ID	LXL04_025674
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 95.838 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G046170

位置 Chr06:12500253-12504902 (+)

描述 Similar to PRP40C: Pre-mRNA-processing protein 40C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19840`	结合RNA聚合酶II最大亚基的磷酸化C端结构域（CTD），并作为RNA加工机制的支架（可能）。	暂无已核实直接文献
`At1g44910`	结合RNA聚合酶II最大亚基的磷酸化C端结构域（CTD），并作为RNA加工机制的支架（可能）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025674 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0032968 positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0034244 negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0003711 transcription elongation factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19840

hsa:10915

mmu:56070

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.949

排名 1 · TkA06G046170 · TK1151

细胞质0.113

排名 2 · TkA06G046170 · TK1151

细胞膜0.023

排名 3 · TkA06G046170 · TK1151

内质网0.013

排名 4 · TkA06G046170 · TK1151

线粒体0.008

排名 5 · TkA06G046170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23518WW_266-73 aa

PF00397WW250-276 aa

PF30846CEP164_N250-277 aa

PF17451Glyco_hyd_101C256-282 aa

PF23518WW_2259-272 aa

PF23517WW_TCERG1262-281 aa

PF23517WW_TCERG1290-333 aa

PF17451Glyco_hyd_101C295-334 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G046170	`PF23518`	WW_2	66	73	0.039	14.2
TkA06G046170	`PF00397`	WW	250	276	8.7e-15	55.2
TkA06G046170	`PF30846`	CEP164_N	250	277	0.00072	20.2
TkA06G046170	`PF17451`	Glyco_hyd_101C	256	282	0.0044	18.1
TkA06G046170	`PF23518`	WW_2	259	272	0.039	14.2
TkA06G046170	`PF23517`	WW_TCERG1	262	281	1e-07	31.8
TkA06G046170	`PF23517`	WW_TCERG1	290	333	1e-07	31.8
TkA06G046170	`PF17451`	Glyco_hyd_101C	295	334	0.0044	18.1
TkA06G046170	`PF00397`	WW	301	328	8.7e-15	55.2
TkA06G046170	`PF30846`	CEP164_N	302	331	0.00072	20.2
TkA06G046170	`PF23518`	WW_2	307	323	0.039	14.2
TkA06G046170	`PF01846`	FF	466	512	5.7e-47	158.3
TkA06G046170	`PF01283`	Ribosomal_S26e	494	533	0.16	13.2
TkA06G046170	`PF16512`	RhoGAP-FF1	530	562	0.011	16.9
TkA06G046170	`PF01846`	FF	531	579	5.7e-47	158.3
TkA06G046170	`PF30846`	CEP164_N	546	566	0.00072	20.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LT25`	拟南芥	sp\|Q9LT25\|PR40C_ARATH Pre-mRNA-processing protein 40C	52.900%	Swiss-Prot	高置信
`B6EUA9`	拟南芥	sp\|B6EUA9\|PR40A_ARATH Pre-mRNA-processing protein 40A	22.800%	Swiss-Prot	低置信

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