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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G044470
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 12014325-12016196 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1359 bp · TkA06G044470|TK1151|cDNA

ATGTCAAGAGAAGTTTTCAATTCTATTTCTCAAAAAGACATGGTATCATGGACAGGAATGATTACATTTTACACCAAATCTGATGATATCAATGATGCACGCCATGTGTTCGATGAAATCCCCAAAAAAGATGTAATCCCATGGAGTTTCATGATTGCAAGATACTCTCAAAGCAACCAATGTGAAGAGGCTGTGAGACTATTTTGTAGAATGAGAGAGGGGCCCGCTGTTCCTAATCAGTTTTCTTTTGGTAGTGTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1359 bp · TkA06G044470|TK1151|CDS

ATGTCAAGAGAAGTTTTCAATTCTATTTCTCAAAAAGACATGGTATCATGGACAGGAATGATTACATTTTACACCAAATCTGATGATATCAATGATGCACGCCATGTGTTCGATGAAATCCCCAAAAAAGATGTAATCCCATGGAGTTTCATGATTGCAAGATACTCTCAAAGCAACCAATGTGAAGAGGCTGTGAGACTATTTTGTAGAATGAGAGAGGGGCCCGCTGTTCCTAATCAGTTTTCTTTTGGTAGTGTTCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

452 aa · TkA06G044470|TK1151|PROTEIN

MSREVFNSISQKDMVSWTGMITFYTKSDDINDARHVFDEIPKKDVIPWSFMIARYSQSNQCEEAVRLFCRMREGPAVPNQFSFGSVLQACATMEDLKLGKQIHSHVHKVGLDLNIYVSNALMDVYSKCGSIQDSVKLFTNITEKDVVSWNAMLSGYSMHGLGEKALTLFDLMREKTNIKPDQLTFVGVLSACSNIGSLEKGQNYFTSMVHDHGINPCMEHYTCMVSLFGKLGHLDKATKLIDQIKEPSVMIWRALLGACV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G044470
TK1151 IDTkA06G044470
OH-1004 IDLXL04_025721
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)68.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 74.933
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G044470
位置Chr06:12014325-12016196 (-)
描述Similar to PCMP-H89: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g13230, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g13230 假定的含五肽重复序列的蛋白 At5g13230，线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g02750 含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。 暂无已核实直接文献
At4g13650 含五重复肽基序蛋白 At4g13650。 暂无已核实直接文献
At4g33170 含五肽重复序列的蛋白 At4g33170。 暂无已核实直接文献
At2g03880 含五聚肽重复的蛋白At2g03880，线粒体定位。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025721 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G27610
ath:AT4G33170
ath:AT5G13230
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.609
排名 1 · TkA06G044470 · TK1151
质体0.252
排名 2 · TkA06G044470 · TK1151
细胞核0.052
排名 3 · TkA06G044470 · TK1151
细胞质0.038
排名 4 · TkA06G044470 · TK1151
过氧化物酶体0.007
排名 5 · TkA06G044470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06694Plant_NMP14-21 aa
PF13812PPR_311-47 aa
PF13041PPR_213-47 aa
PF12854PPR_113-39 aa
PF01535PPR15-44 aa
PF14559TPR_1919-44 aa
PF23276TPR_2420-46 aa
PF17049AEP120-55 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G044470PF06694Plant_NMP14210.07312.9
TkA06G044470PF13812PPR_311473.8e-1350.0
TkA06G044470PF13041PPR_213473.9e-33114.0
TkA06G044470PF12854PPR_113393.3e-1349.8
TkA06G044470PF01535PPR15446.4e-35117.7
TkA06G044470PF14559TPR_1919440.2212.6
TkA06G044470PF23276TPR_2420464.3e-0627.4
TkA06G044470PF17049AEP120550.006816.2
TkA06G044470PF06694Plant_NMP132520.07312.9
TkA06G044470PF15447NTS32420.2912.3
TkA06G044470PF13041PPR_244913.9e-33114.0
TkA06G044470PF12854PPR_144723.3e-1349.8
TkA06G044470PF01535PPR48736.4e-35117.7
TkA06G044470PF13812PPR_351913.8e-1350.0
TkA06G044470PF23276TPR_24511404.3e-0627.4
TkA06G044470PF17177PPR_long551321.1e-0628.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LYV3拟南芥sp|Q9LYV3|PP377_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g13230, mitochondrial55.700%Swiss-Prot高置信
Q9SY02拟南芥sp|Q9SY02|PP301_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0275049.600%Swiss-Prot中等置信
Q9SVP7拟南芥sp|Q9SVP7|PP307_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1365046.900%Swiss-Prot中等置信
Q9SMZ2拟南芥sp|Q9SMZ2|PP347_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3317046.100%Swiss-Prot中等置信
Q9SI53拟南芥sp|Q9SI53|PP147_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial46.000%Swiss-Prot中等置信

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