TkA06G042180 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G042180

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 11388102-11403916 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1859 bp · TkA06G042180|TK1151|cDNA

AAAAGTCTCCCCAAAACCCAACGATAAAAAAAGATTTTTAAAAGACAAGTGAAAACCAAAGACTGAAATCTGGGACGCGTACCCAGAGGGCTGAGAATGAACACCGGAGATCATATATCGACGTCGACCACCTGCTTCCGCCAGCTTATCCTTCCCCTTTCCCACCTTCTGCCAGCTTGTTTGACCGATTCCTGGGACAATTCTCAAAGAAGACGCCGTCGTTTTCTTGCTCACATCATCGGAGGCTCCCACCTTTGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2310 bp · TkA06G042180|TK1151|CDS

ATGGGGAGTTGGGGGTGGTGGCAAGAGTACTCTTGCTTCTTACTCCCTCCGTCCCATATTTACAATTTTGATAGTTGTTGTTTTGTAAAAAATATTCGGGAAGAAGCAAGCTATCATGGTTTGGAAAAGTTGCAAGAAAAACTCCTTATAGGTATTTTGAAAAAGCAAGTGCGGGAGGTAAGGAGAGTTGAGGAAGGAAGACGCATGATAATGGCTAGGCTAGGCCATAAAAAGGTGTTGATTGTTCTTGATGATGTCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

769 aa · TkA06G042180|TK1151|PROTEIN

MGSWGWWQEYSCFLLPPSHIYNFDSCCFVKNIREEASYHGLEKLQEKLLIGILKKQVREVRRVEEGRRMIMARLGHKKVLIVLDDVDQVDQLRALVGSCDWFGEGSRIIITTRNEQLLNAHGVVLIQHISLLNNHEASRLFYKHAHRDRKPTEVFEKLSKEVVSYADGLPLALKVLGSFLCGRNSTQWRSAIDKLKDIPNKDIIGILRISFDGLEQDEKDMFLDIACFFRRKMKDRAMKVFDACGSHSAIGVEVLRQKAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G042180`
TK1151 ID	TkA06G042180
OH-1004 ID	LXL04_025767
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.789 / OH-1004 76.619 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G042180

位置 Chr06:11388102-11403916 (+)

描述 Similar to ROQ1: Disease resistance protein Roq1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g67490`	从Glc(3)Man(9)GlcNAc(2)低聚糖前体中切割远端α1,2-连接的葡萄糖残基。	暂无已核实直接文献
`At1g24320`	α-葡萄糖苷酶 2。	暂无已核实直接文献
`At4g12010`	参与植物防御的 TIR-NB-LRR 受体样蛋白。	Matching NLR Immune Receptors to Autoimmunity in camta3 Mutants Using Antimorphic NLR Alleles.2017 · DOI: 10.1016/j.chom.2017.03.005
`At4g16950`	TIR-NB-LRR 类受体蛋白，可赋予拟南芥病原体 Hyaloperonospora arabidopsis 分离株 Noco2（霜霉病）的抗性。	暂无已核实直接文献
`At4g11170`	推定的抗病蛋白At4g11170。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025767 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003953 NAD+ nucleosidase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.449

排名 1 · TkA06G042180 · TK1151

细胞质0.383

排名 2 · TkA06G042180 · TK1151

细胞膜0.191

排名 3 · TkA06G042180 · TK1151

内质网0.093

排名 4 · TkA06G042180 · TK1151

质体0.046

排名 5 · TkA06G042180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00931NB-ARC22-147 aa

PF23282WHD_ROQ1215-286 aa

PF25013LRR_Zer-1325-355 aa

PF23598LRR_14327-424 aa

PF13855LRR_8340-352 aa

PF12799LRR_4349-362 aa

PF29594LRR_SKP2371-496 aa

PF13855LRR_8374-426 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G042180	`PF00931`	NB-ARC	22	147	1.6e-09	38.3
TkA06G042180	`PF23282`	WHD_ROQ1	215	286	3.8e-16	59.7
TkA06G042180	`PF25013`	LRR_Zer-1	325	355	0.0059	17.5
TkA06G042180	`PF23598`	LRR_14	327	424	0.00043	19.9
TkA06G042180	`PF13855`	LRR_8	340	352	7.8e-06	26.3
TkA06G042180	`PF12799`	LRR_4	349	362	3.8e-08	34.1
TkA06G042180	`PF29594`	LRR_SKP2	371	496	0.18	11.8
TkA06G042180	`PF13855`	LRR_8	374	426	7.8e-06	26.3
TkA06G042180	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	386	426	0.00012	22.7
TkA06G042180	`PF23952`	LRR_EndoS	387	454	0.052	14.5
TkA06G042180	`PF25013`	LRR_Zer-1	391	446	0.0059	17.5
TkA06G042180	`PF23247`	LRR_RPS2	391	435	0.35	11.5
TkA06G042180	`PF23286`	LRR_13	392	459	4e-05	24.1
TkA06G042180	`PF12799`	LRR_4	395	432	3.8e-08	34.1
TkA06G042180	`PF23598`	LRR_14	408	468	0.00043	19.9
TkA06G042180	`PF25013`	LRR_Zer-1	414	500	0.0059	17.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HTM3`	拟南芥	sp\|F4HTM3\|GCS1_ARATH Mannosyl-oligosaccharide glucosidase GCS1	58.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q84M89`	拟南芥	sp\|Q84M89\|GCS2_ARATH Alpha-glucosidase 2	60.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SZ66`	拟南芥	sp\|Q9SZ66\|DSC1_ARATH Disease resistance-like protein DSC1	32.300%	Swiss-Prot	中等置信
`F4JNB7`	拟南芥	sp\|F4JNB7\|RPP5_ARATH Disease resistance protein RPP5	32.700%	Swiss-Prot	中等置信
`O82500`	拟南芥	sp\|O82500\|Y4117_ARATH Putative disease resistance protein At4g11170	42.200%	Swiss-Prot	中等置信

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