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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G041920
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 11334034-11337931 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3404 bp · TkA06G041920|TK1151|cDNA

GTAATTACAAACATAGAACTTTTAAATGAATTAATTTTAAAAACAAATTTACTAAAATACAATTAACTAAAAGTAAAATTAGTAAAATGTAAAATGTTTTTCACACTTTTACAGTCGACAATAGCTCCAAATTTTATTGGTAATTTTGTCTTTTCCCAACCCACATTTATGTGGACAGATATGATCAACCGACAAACTTGGAGGTCGGCAGCTGTCGGCCGGTGACGGGGGAGTTGAAACCGGGAAGATCCGTATAACTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2262 bp · TkA06G041920|TK1151|CDS

ATGACAGTTTACAGTTGTTTTCTGTATGTAAACGGTCATCCGAACTTCTGTTATCACCTCATCATCTGCTGGTTGACTTCAATCATGGACCATTCAGAAATCGAAGAGAACTTGTTCGCACTTGGCGAACCAAAGCTACATGGAGGAATGTGCGCAACACTCTCCTTAATTTACGTCAAAATATTGGGCATCTTCCCCGACCTTGAAGCCGCCAGACCTCGCAGCACTTCAGGAATTCAAGCATTATGCTCTTTACATAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

753 aa · TkA06G041920|TK1151|PROTEIN

MTVYSCFLYVNGHPNFCYHLIICWLTSIMDHSEIEENLFALGEPKLHGGMCATLSLIYVKILGIFPDLEAARPRSTSGIQALCSLHIALEKTKTILQHCADCSKLYLAITGDSVVLKFEKTRSALQDSLKRVEDIVPQTIGCQISDILGELEGIEFSLDPLEKQIGDEIIGLLQEGRTLNSTSDTHELETFHQAASKLNITSSRGALRERRSLKKLLEKARVEDDKRKESIVAYLLHLMRKYSKLFRSDFSDDNDSNSGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G041920
TK1151 IDTkA06G041920
OH-1004 IDLXL04_025769
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G041920
位置Chr06:11334034-11337931 (-)
描述Similar to PUB45: U-box domain-containing protein 45
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g27910 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At1g24330 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At1g67530 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At4g36550 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At2g28830 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025769 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
GO:0070696 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G24330
ath:AT1G27910
ath:AT1G67530
ath:AT2G28830
ath:AT3G46510
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.563
排名 1 · TkA06G041920 · TK1151
细胞核0.343
排名 2 · TkA06G041920 · TK1151
细胞膜0.195
排名 3 · TkA06G041920 · TK1151
内质网0.061
排名 4 · TkA06G041920 · TK1151
高尔基体0.045
排名 5 · TkA06G041920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25368PUB10_N75-132 aa
PF19584MCAfunc80-132 aa
PF25368PUB10_N172-218 aa
PF24768ARM_ARMC5202-240 aa
PF04564U-box303-372 aa
PF11789zf-Nse305-344 aa
PF13445zf-RING_UBOX308-344 aa
PF15227zf-C3HC4_4308-344 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G041920PF25368PUB10_N751320.00617.9
TkA06G041920PF19584MCAfunc801320.01615.6
TkA06G041920PF25368PUB10_N1722180.00617.9
TkA06G041920PF24768ARM_ARMC52022401.9e-1351.2
TkA06G041920PF04564U-box3033723.7e-2072.6
TkA06G041920PF11789zf-Nse3053440.003218.0
TkA06G041920PF13445zf-RING_UBOX3083440.001219.5
TkA06G041920PF15227zf-C3HC4_43083440.05414.3
TkA06G041920PF04826Arm_24244770.02714.7
TkA06G041920PF25598ARM_PUB4347111.1e-1248.7
TkA06G041920PF24768ARM_ARMC54406111.9e-1351.2
TkA06G041920PF00514Arm4524745.4e-0936.5
TkA06G041920PF05804KAP4555570.002516.8
TkA06G041920PF04826Arm_24835380.02714.7
TkA06G041920PF24436INTS7_N4936300.01215.5
TkA06G041920PF00514Arm4975245.4e-0936.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C7G1拟南芥sp|Q9C7G1|PUB45_ARATH U-box domain-containing protein 4556.500%Swiss-Prot高置信
O48700拟南芥sp|O48700|PUB6_ARATH U-box domain-containing protein 651.900%Swiss-Prot高置信
Q9CAG5拟南芥sp|Q9CAG5|PUB7_ARATH U-box domain-containing protein 750.600%Swiss-Prot高置信
O23225拟南芥sp|O23225|PUB5_ARATH U-box domain-containing protein 526.400%Swiss-Prot低置信
Q9ZV31拟南芥sp|Q9ZV31|PUB12_ARATH U-box domain-containing protein 1226.800%Swiss-Prot低置信

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