TkA06G040470 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G040470

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 10935801-10939154 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2271 bp · TkA06G040470|TK1151|cDNA

CTCGCATGCAATCTGCAGCGTTTCAGCCAATCTTCCCTTCTGCACTCTGCAAAGTGTCTCCACGAAAGCCTTCACAAACACACAACTCTTTTCAACAACGTTAACATCATCTTCTTCACTAGCGGAATCCTCGAATAACTTTTAGCTTTTTCTTCGATTTCTCGCGAGAACACAGTGATCGGAGTGTTTGATTCTCGAAAGCTTTTTCACTTGTTCATGGTGTTCTTGTGGTCCTAGTCATGAGCCTAAAGAAACTTGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1776 bp · TkA06G040470|TK1151|CDS

ATGAGCCTAAAGAAACTTGTTGCACTCTTAGATCTCATTCCGAATTGTGCATCTCCACGAAAGAAGGTAGTTTCTGGATTTGGGTTAGGGTTCGTTTCGTTTTTCGTTTTCTTATTTATGTTGTTTTTTAATTTCTCTTTCATAAATCCCATTTCGAATAAACTTTTGTTCCAAGGGTTTACCATCAGTAACAACAATACTTCTCTCATCGCTTGGTCTTTTTCTTTTAGTAGTAGAACATCGTCTCTCAATTCCACTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

591 aa · TkA06G040470|TK1151|PROTEIN

MSLKKLVALLDLIPNCASPRKKVVSGFGLGFVSFFVFLFMLFFNFSFINPISNKLLFQGFTISNNNTSLIAWSFSFSSRTSSLNSTYSSSTTAIYVANGTEIAQNPKLLVTENRDESNSSNVEISLKLLGFDDKSNAHFGNFTDDVKNRSFDGVSAKVVEFNDTNLIKLQHGEKNETFSAIVQENANMSVKSDGLDLNLDSRNKRDEKGDGVSKKLGFAEADDGSNSQNLKVYSGSLKECDIFDGRWVKDDSKPYYPAGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G040470`
TK1151 ID	TkA06G040470
OH-1004 ID	LXL04_025832
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	94.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.646 / OH-1004 67.874 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G040470

位置 Chr06:10935801-10939154 (+)

描述 Similar to TBL2: Protein trichome birefringence-like 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g60790`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献
`At5g06700`	在纤维素沉积过程中所需。	暂无已核实直接文献
`At3g12060`	可以互补 TBR，因此功能等效，但可能在不同组织中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g49340`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献
`At5g20590`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025832 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009827 plant-type cell wall modification 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0045489 pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0008374 O-acyltransferase activity 分子功能

GO:0016413 O-acetyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G60790

ath:AT3G12060

ath:AT5G06700

ath:AT5G20590

ath:AT5G49340

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.593

排名 1 · TkA06G040470 · TK1151

细胞膜0.111

排名 2 · TkA06G040470 · TK1151

内质网0.099

排名 3 · TkA06G040470 · TK1151

细胞外0.050

排名 4 · TkA06G040470 · TK1151

细胞核0.037

排名 5 · TkA06G040470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14416PMR5N238-291 aa

PF24536NXPE4_C285-333 aa

PF13839PC-Esterase292-579 aa

PF14416PMR5N410-427 aa

PF24536NXPE4_C430-468 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G040470	`PF14416`	PMR5N	238	291	3e-20	73.0
TkA06G040470	`PF24536`	NXPE4_C	285	333	0.00057	20.2
TkA06G040470	`PF13839`	PC-Esterase	292	579	3.6e-101	339.6
TkA06G040470	`PF14416`	PMR5N	410	427	3e-20	73.0
TkA06G040470	`PF24536`	NXPE4_C	430	468	0.00057	20.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VYR3`	拟南芥	sp\|Q8VYR3\|TBL2_ARATH Protein trichome birefringence-like 2	74.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FG35`	拟南芥	sp\|Q9FG35\|TBR_ARATH Protein trichome birefringence	59.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LHL6`	拟南芥	sp\|Q9LHL6\|TBL1_ARATH Protein trichome birefringence-like 1	57.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FJ06`	拟南芥	sp\|Q9FJ06\|TBL4_ARATH Protein trichome birefringence-like 4	54.000%	Swiss-Prot	中等置信
`F4K5K4`	拟南芥	sp\|F4K5K4\|TBL5_ARATH Protein trichome birefringence-like 5	52.300%	Swiss-Prot	中等置信

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