TkA06G040270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G040270

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 10881047-10882168 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1122 bp · TkA06G040270|TK1151|cDNA

ATGGATAACTCCTCCACGCCGACAGCCTCCGAGCAACCAATTCATGGCGATGTACTCGAGGCCATCCTCTCCCACGTCCCACTCGTCCACTTACTTCCAGCTTCCGGTGTCTCAAAGTCGTGGACAGCCGCCGTCTCATCGGCCCTTCGCACCTCCCCCAACACCAAACCATGGCTAATCGTCCACACGCAAAGCTCCAGGCACCCCTACCCGATAACCACGAACGCCTACGACCCGGAGTCAAACGTGTGGATCGAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1122 bp · TkA06G040270|TK1151|CDS

ATGGATAACTCCTCCACGCCGACAGCCTCCGAGCAACCAATTCATGGCGATGTACTCGAGGCCATCCTCTCCCACGTCCCACTCGTCCACTTACTTCCAGCTTCCGGTGTCTCAAAGTCGTGGACAGCCGCCGTCTCATCGGCCCTTCGCACCTCCCCCAACACCAAACCATGGCTAATCGTCCACACGCAAAGCTCCAGGCACCCCTACCCGATAACCACGAACGCCTACGACCCGGAGTCAAACGTGTGGATCGAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

373 aa · TkA06G040270|TK1151|PROTEIN

MDNSSTPTASEQPIHGDVLEAILSHVPLVHLLPASGVSKSWTAAVSSALRTSPNTKPWLIVHTQSSRHPYPITTNAYDPESNVWIEIRHPAIDYVSILRSSQSNLLYMLSSTKLSLSFDPLHLTWHNAVAPKVSRIDPVVAVVGRHIVVAGGAYDFEDDPLAVEVYDLESQKWTKSDPMPEFFSGSASSLWLSVASVDPHLFVMEKSSGVTHSFDPSTNTWSGPYDLRPDHRVFNSVIGFSNDRLIVIGMLGDAEDVDGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G040270`
TK1151 ID	TkA06G040270
OH-1004 ID	LXL04_022282
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	82.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.660 / OH-1004 99.191 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G040270

位置 Chr06:10881047-10882168 (+)

描述 Similar to At1g23390: F-box/kelch-repeat protein At1g23390

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g23390`	F-盒/Kelch重复蛋白 At1g23390。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022282 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程

GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程

GO:0007094 mitotic spindle assembly checkpoint signaling 生物过程

GO:0010507 negative regulation of autophagy 生物过程

GO:0030307 positive regulation of cell growth 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0071233 cellular response to L-leucine 生物过程

GO:1904263 positive regulation of TORC1 signaling 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23390

ath:AT3G24760

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.519

排名 1 · TkA06G040270 · TK1151

细胞质0.458

排名 2 · TkA06G040270 · TK1151

细胞膜0.089

排名 3 · TkA06G040270 · TK1151

内质网0.069

排名 4 · TkA06G040270 · TK1151

质体0.050

排名 5 · TkA06G040270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box17-47 aa

PF12937F-box-like17-47 aa

PF07646Kelch_270-86 aa

PF24681Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC773-88 aa

PF13964Beta-prop_Calicin74-89 aa

PF01344Kelch_176-87 aa

PF25210Kelch_FKB95117-222 aa

PF01344Kelch_1118-127 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G040270	`PF00646`	F-box	17	47	0.0021	18.6
TkA06G040270	`PF12937`	F-box-like	17	47	0.0094	16.4
TkA06G040270	`PF07646`	Kelch_2	70	86	4.6e-09	36.5
TkA06G040270	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	73	88	0.00015	21.9
TkA06G040270	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	74	89	0.074	12.8
TkA06G040270	`PF01344`	Kelch_1	76	87	1.7e-05	24.9
TkA06G040270	`PF25210`	Kelch_FKB95	117	222	5.2e-09	36.8
TkA06G040270	`PF01344`	Kelch_1	118	127	1.7e-05	24.9
TkA06G040270	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	133	182	0.00015	21.9
TkA06G040270	`PF01344`	Kelch_1	137	180	1.7e-05	24.9
TkA06G040270	`PF07646`	Kelch_2	139	180	4.6e-09	36.5
TkA06G040270	`PF13415`	Beta-prop_FBX42	139	177	0.017	15.5
TkA06G040270	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	140	177	0.074	12.8
TkA06G040270	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	141	274	0.00015	21.9
TkA06G040270	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	158	238	0.074	12.8
TkA06G040270	`PF07893`	DUF1668	166	222	0.077	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LDE3`	拟南芥	sp\|Q9LDE3\|FBK9_ARATH F-box/kelch-repeat protein At1g23390	42.000%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情