TkA06G040120 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G040120

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 10812174-10814589 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2056 bp · TkA06G040120|TK1151|cDNA

ATATTGACTTTAGACTTTTATGTCGGAAAGTGTACACATCAATTATTCTGAAAGAATATGCCACGCGGCCGCGTTGATTAACTTGGCATCCAAGAATTTCTAGAACCCCCCAATGTTTTGTTATAACTCTCATTGTTAACACCTTCGCTATCCGATTTCTTTGGTGTTCCTACAATGGCGGAAAGCGTTGAAGTTGATGTTCACGATATTAAGTCAATCCTCACTTCCACCGAAAGAGATTATCTTGTTCGCAACAACGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1680 bp · TkA06G040120|TK1151|CDS

ATGGCGGAAAGCGTTGAAGTTGATGTTCACGATATTAAGTCAATCCTCACTTCCACCGAAAGAGATTATCTTGTTCGCAACAACGGTGACCAGGTTGCAATCGACACTCTGAACGGAAAAAAATTAGGTTTATACTTTTCTGCATCGTGGTGCGGCCCGTGTCAAAGGTTCACCCCAAACCTAGTGGAAGTATACAACGAACTTGCTCCAAACGGCGATATAGACATCGTATTCATCTCCGCCGATGAAGATCTCGATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

559 aa · TkA06G040120|TK1151|PROTEIN

MAESVEVDVHDIKSILTSTERDYLVRNNGDQVAIDTLNGKKLGLYFSASWCGPCQRFTPNLVEVYNELAPNGDIDIVFISADEDLDSFNGYFSKMPWLAVPFSDSNTRESLDKSFKVIGIPHLVFLDENGKLLTDRGVEIISEYGSEAYPFTPERIKEIKDEEEEARKNQSLKSILESPSRDFVISSNGKKVNITDLEGNTVGLYFVLSSFKKSTDFTPTLLKVYNDLKSKQEKFEIVMIPLDDDEESFQKELENVPWFS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G040120`
TK1151 ID	TkA06G040120
OH-1004 ID	LXL04_022297
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	38.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 65.653 / OH-1004 87.703 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G040120

位置 Chr06:10812174-10814589 (-)

描述 Similar to Os01g0794400: Probable nucleoredoxin 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g60420`	可能的硫醇-二硫键氧化还原酶，需要于花粉管生长和雌蕊中的花粉功能。	暂无已核实直接文献
`At4g31240`	可能的硫醇-二硫化物氧化还原酶，可能参与各种氧化还原反应。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0405900`	可能的硫醇-二硫化物氧化还原酶，可能参与各种氧化还原反应。	暂无已核实直接文献
`Os03g0405500`	可能的硫醇-二硫化物氧化还原酶，可能参与各种氧化还原反应。	暂无已核实直接文献
`Os01g0794400`	可能的硫醇-二硫化物氧化还原酶，可能参与各种氧化还原反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022297 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004791 thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity 分子功能

GO:0047134 protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G60420

dosa:Os01g0794400

dosa:Os03g0405500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.709

排名 1 · TkA06G040120 · TK1151

细胞核0.263

排名 2 · TkA06G040120 · TK1151

细胞膜0.099

排名 3 · TkA06G040120 · TK1151

线粒体0.096

排名 4 · TkA06G040120 · TK1151

内质网0.079

排名 5 · TkA06G040120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08534Redoxin24-133 aa

PF02630SCO1-SenC24-87 aa

PF00578AhpC-TSA27-132 aa

PF00255GSHPx27-72 aa

PF13098Thioredoxin_237-133 aa

PF13905Thioredoxin_839-131 aa

PF13899Thioredoxin_739-127 aa

PF20207PedC-like39-73 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G040120	`PF08534`	Redoxin	24	133	9.7e-19	68.3
TkA06G040120	`PF02630`	SCO1-SenC	24	87	6.4e-09	36.5
TkA06G040120	`PF00578`	AhpC-TSA	27	132	1.5e-21	77.3
TkA06G040120	`PF00255`	GSHPx	27	72	0.12	12.7
TkA06G040120	`PF13098`	Thioredoxin_2	37	133	1.4e-19	71.2
TkA06G040120	`PF13905`	Thioredoxin_8	39	131	2.6e-77	256.0
TkA06G040120	`PF13899`	Thioredoxin_7	39	127	1.8e-07	31.9
TkA06G040120	`PF20207`	PedC-like	39	73	1e-05	26.2
TkA06G040120	`PF26981`	Thioredoxin-like_PDI	40	96	0.00066	20.4
TkA06G040120	`PF14595`	Thioredoxin_9	43	92	1.7e-07	31.9
TkA06G040120	`PF00085`	Thioredoxin	44	85	1.5e-16	60.9
TkA06G040120	`PF13462`	Thioredoxin_4	46	83	0.083	13.8
TkA06G040120	`PF10589`	NADH_4Fe-4S	47	69	0.023	15.3
TkA06G040120	`PF00130`	C1_1	47	57	5.5	7.6
TkA06G040120	`PF03107`	C1_2	48	56	3e-09	37.7
TkA06G040120	`PF26235`	zf-KKT2_KKT3	49	61	0.037	14.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80763`	拟南芥	sp\|O80763\|NRX1_ARATH Probable nucleoredoxin 1	59.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q8VZQ0`	拟南芥	sp\|Q8VZQ0\|NRX3_ARATH Probable nucleoredoxin 3	38.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7Y0F2`	水稻	sp\|Q7Y0F2\|NRX12_ORYSJ Probable nucleoredoxin 1-2	53.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q7Y0E8`	水稻	sp\|Q7Y0E8\|NRX11_ORYSJ Probable nucleoredoxin 1-1	52.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q0JIL1`	水稻	sp\|Q0JIL1\|NRX2_ORYSJ Probable nucleoredoxin 2	37.500%	Swiss-Prot	中等置信

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