TkA06G035770 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G035770

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 9573545-9576503 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2307 bp · TkA06G035770|TK1151|cDNA

GTCATATCCCCAAACACTACAATCAGTTACCAAAAGCTAAAATTGCGGTAAATCACATATGTTCAAAAACACCTCATAATCATCAAAGCATTTAATTTTAGGAAGATACAAAAAATGGGTAGTTAAAAAGCGTTGGTGGAAGGTGTGTGAAAAGGGTAATGGCACGTACTTGATTTCTTGACGAAGGGGATTACTACCCATTTTTCTTCGTCTAGATGTCGTTTTGTCAAATATAGAAAAACCCCATATTGATTTTACCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1368 bp · TkA06G035770|TK1151|CDS

ATGAGTAGTAGGTATAGAAAGTCAATTCGTCAGTGCCGCCGGGATGGCGGCGTTGAGGTAGGTGGTAGTGCCGCCTCCGATGAGGGTTTGCCGGAAATTGCAGTAGCCACGAAGCTTAGGTCAAAGCCCCATCAGTTCTATAGCCGAATATTGCCTGGAAAGTCAGAAGGAATGCCGATTTCCCCGGTCAAAATGTTGGCAGGTCGCGAAGGTAATTACTCCGGGAGAGGTAGATTCACATCTGCAGATCGTTGTCACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

455 aa · TkA06G035770|TK1151|PROTEIN

MSSRYRKSIRQCRRDGGVEVGGSAASDEGLPEIAVATKLRSKPHQFYSRILPGKSEGMPISPVKMLAGREGNYSGRGRFTSADRCHLSSRYLPVNGPSVIDQMSSCAYVSQFSADGTLFVAGFQDSDIKIYSVDNDWKVKKNIRARSLRWTITDTSLSPDQRFLVYSSMSPVVHIVNIGSSMTESVANVTEIHEGLDFSGHDGEEEDDYSFGIFSVKFSTDGRELVAATSDDSIYVYDLVANKLNVRIPAHKSDVNAVCF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G035770`
TK1151 ID	TkA06G035770
OH-1004 ID	LXL04_025911
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G035770`
位置	Chr06:9573545-9576503 (-)
描述	Similar to LEC14B homolog
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_025911` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0003016 respiratory system process 生物过程 GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程 GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程 GO:0010467 gene expression 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0050821 protein stabilization 生物过程 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:539433 mmu:28199 rno:305895 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.587

排名 1 · TkA06G035770 · TK1151

细胞质0.401

排名 2 · TkA06G035770 · TK1151

溶酶体／液泡0.052

排名 3 · TkA06G035770 · TK1151

细胞膜0.048

排名 4 · TkA06G035770 · TK1151

线粒体0.034

排名 5 · TkA06G035770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24106Beta-prop_EDC4L99-136 aa

PF24805EIF3I103-178 aa

PF29037DSE1_N104-180 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st105-175 aa

PF24796WDR55105-143 aa

PF00400WD40106-132 aa

PF13570Beta-prop_ACSF4106-129 aa

PF25174Beta-prop_THOC3107-182 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G035770	`PF24106`	Beta-prop_EDC4L	99	136	0.093	12.5
TkA06G035770	`PF24805`	EIF3I	103	178	1e-14	55.2
TkA06G035770	`PF29037`	DSE1_N	104	180	1.2e-08	35.2
TkA06G035770	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	105	175	1.2e-27	97.7
TkA06G035770	`PF24796`	WDR55	105	143	1e-20	74.7
TkA06G035770	`PF00400`	WD40	106	132	4e-30	103.7
TkA06G035770	`PF13570`	Beta-prop_ACSF4	106	129	0.00047	20.4
TkA06G035770	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	107	182	3.4e-30	105.7
TkA06G035770	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	108	181	1.3e-23	84.4
TkA06G035770	`PF25391`	WD40_Gbeta	108	175	2e-13	50.8
TkA06G035770	`PF23749`	DUF7165	108	147	0.06	12.8
TkA06G035770	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	109	201	1.6e-13	51.4
TkA06G035770	`PF16755`	Beta-prop_NUP159_NUP214	109	145	0.022	14.8
TkA06G035770	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	110	178	1.8e-39	136.1
TkA06G035770	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	110	186	6.5e-24	85.5
TkA06G035770	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	110	189	3.2e-23	83.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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