TkA06G033310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G033310

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 9006079-9012390 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3590 bp · TkA06G033310|TK1151|cDNA

AGGTACTAAAACCTCATTTCTAATAAATCAATCAACAAATTAAACGTAAGAGGATAAGCGCAGACACCCTCCCATGATTGTGTCTGCACTCTCTATCCCTCTTAAATCTCCCAAATTTCCCGTCACTTTCTCGTACCAAATCAAGTTGATCATCATCTCACTCATTACCTTAAAATCCCCTCACTTGCCAATTGCTATGCTAAAAAATCATACACCAAGTCACATTGGTCACTAATCAAGATATCCTCGTCTGATCAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2979 bp · TkA06G033310|TK1151|CDS

ATGAGGATTGAAGACGGCGTGGAAGAATTATCAGCTTCCCGGAATCATCTCGTATTCGCTTATTATGTTACAGGCCATGGATTCGGCCATGCCACACGAGTTGTCGAGGTTGTTCGCCACCTCATTCTCGCCGGCCATGATGTTCACGTGGTGACCGGTGCACCGGACTTCGTCTTCACTACCGAAGTCCAATCTCCAAGACTTTTCCTTCGGAAGCTTGTTTTGGACTGTGGAGCTGTTCAAGCAGATGCTTTAACAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

992 aa · TkA06G033310|TK1151|PROTEIN

MRIEDGVEELSASRNHLVFAYYVTGHGFGHATRVVEVVRHLILAGHDVHVVTGAPDFVFTTEVQSPRLFLRKLVLDCGAVQADALTVDRLASLEKYNETAVAPRASILATEVEWLNSIKADLVVSDVVAVACRAAADAGIRSVCVTNFSWDFIYAEYVMAAGYHHRSIVWQIAEDYSHCEFLIRLPGYCPMPAFRDVIDVPLVVRRLHKTRKEVRSEMGISEDVKLVILNFGGQPAGWKLKEDYLPPGWLCLVCGASSEQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G033310`
TK1151 ID	TkA06G033310
OH-1004 ID	LXL04_025878
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G033310

位置 Chr06:9006079-9012390 (+)

描述 Similar to ARA1: L-arabinokinase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g16130`	阿拉伯糖激酶。	The arabinose kinase, ARA1, gene of Arabidopsis is a novel member of the galactose kinase gene family.1999 · DOI: 10.1023/a:1006181908753

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025878 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006012 galactose metabolic process 生物过程

GO:0019566 arabinose metabolic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0004335 galactokinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0009702 L-arabinokinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G16130

chl:Chy400_4000

rca:Rcas_0998

rrs:RoseRS_3819

vch:VC_1595

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.399

排名 1 · TkA06G033310 · TK1151

线粒体0.222

排名 2 · TkA06G033310 · TK1151

过氧化物酶体0.213

排名 3 · TkA06G033310 · TK1151

细胞核0.173

排名 4 · TkA06G033310 · TK1151

质体0.106

排名 5 · TkA06G033310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13528Glyco_trans_1_321-145 aa

PF13439Glyco_transf_429-151 aa

PF04101Glyco_tran_28_C254-315 aa

PF10509GalKase_gal_bdg496-537 aa

PF00288GHMP_kinases_N614-702 aa

PF08544GHMP_kinases_C873-958 aa

PF04101Glyco_tran_28_C895-914 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G033310	`PF13528`	Glyco_trans_1_3	21	145	0.00022	21.3
TkA06G033310	`PF13439`	Glyco_transf_4	29	151	0.011	16.4
TkA06G033310	`PF04101`	Glyco_tran_28_C	254	315	0.17	12.6
TkA06G033310	`PF10509`	GalKase_gal_bdg	496	537	2e-07	31.1
TkA06G033310	`PF00288`	GHMP_kinases_N	614	702	3e-17	63.3
TkA06G033310	`PF08544`	GHMP_kinases_C	873	958	0.00085	20.4
TkA06G033310	`PF04101`	Glyco_tran_28_C	895	914	0.17	12.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23461`	拟南芥	sp\|O23461\|ARAK_ARATH L-arabinokinase	79.800%	Swiss-Prot	高置信

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