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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G032210
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 8744418-8749805 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2359 bp · TkA06G032210|TK1151|cDNA

CAAAATTTCAGATATTTGACTCTGATGAGTATAAAACGATTATAAAACCCATATTTGGTGGTTTGTTCCTGTTATCCCTTCTTTAACCGTCTTCTTTATACAGACTTGGGAAAAAAGCTATTGAAGATATTTTCACCTGATAATAATATCCGACATTCAAGATAATCACCATCACGAAAGCCAACATATTGGACATTTTTAGAAGTCTCCAGAGATCAAATACCAACTATAAAATCCCTCTCCTGATTTCCTCACATCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

828 bp · TkA06G032210|TK1151|CDS

ATGGAGGTGCCAGCTAATCTCCCTTCAAGTTTTCAAATTCAAGACATCAATTCAAAAGAACCAAAGTCAGAAGTTGTTGATTACGGATGCTGTCACTACCGTAGGAAATGCAAGATAAGGTCCCCTTGTTGTAATGAAATATTTGATTGTCGCCATTGTCATAATGAAGCAAAGAATGACATCAATGTTGATCACAAAGAGAGGCACGCAATCCCTCGCCATCAAATCCAACAAGTTATATGCACCCTTTGTAGTACAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

275 aa · TkA06G032210|TK1151|PROTEIN

MEVPANLPSSFQIQDINSKEPKSEVVDYGCCHYRRKCKIRSPCCNEIFDCRHCHNEAKNDINVDHKERHAIPRHQIQQVICTLCSTEQEVRQMCVNCGVCMGKYFCRTCKLFDDDISKLQFHCDGCGICRIGGRENFFHCDKCRCCYSNFLRDSHPCVEGAMHHDCPVCFEYLFDSVDDVTVMPCGHTIHKKCLKEMQQHYQYACPLCFKSVCDMSKVWEKLDMEVAATPMPEFYQNKLIRILCNDCGTNSEVGFHIVAV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G032210
TK1151 IDTkA06G032210
OH-1004 IDLXL04_025855
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G032210
位置Chr06:8744418-8749805 (+)
描述Similar to RZFP34: Probable E3 ubiquitin-protein ligase RZFP34
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g22920 具有体外 E3 泛素蛋白连接酶活性。
Expression of a gene encoding a rice RING zinc-finger protein, OsRZFP34, enhances stomata opening.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0217-6
Arabidopsis RZFP34/CHYR1, a Ubiquitin E3 Ligase, Regulates Stomatal Movement and Drought Tolerance via SnRK2.6-Mediated Phosphorylation.2015 · DOI: 10.1105/tpc.15.00321
At5g18650 E3 泛素蛋白连接酶，充当细胞死亡和防御的调节剂。
Arabidopsis ubiquitin ligase MIEL1 mediates degradation of the transcription factor MYB30 weakening plant defence.2013 · DOI: 10.1038/ncomms2479

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0719100 在酵母细胞中具有反式激活活性。
Expression of a gene encoding a rice RING zinc-finger protein, OsRZFP34, enhances stomata opening.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0217-6
Os03g0348900 具有体外 E3 泛素蛋白连接酶活性。
Knock-down of stress inducible OsSRFP1 encoding an E3 ubiquitin ligase with transcriptional activation activity confers abiotic stress tolerance through enhancing antioxidant protection in rice.2015 · DOI: 10.1007/s11103-015-0294-1
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025855 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0010255 glucose mediated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程
GO:0032436 positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0072344 rescue of stalled cytosolic ribosome 生物过程
GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程
GO:1902456 regulation of stomatal opening 生物过程
GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G18650
ath:AT5G22920
dosa:Os01g0719100
dosa:Os03g0348900
mmu:68098
osa:4324695
osa:4332833
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.584
排名 1 · TkA06G032210 · TK1151
细胞质0.580
排名 2 · TkA06G032210 · TK1151
线粒体0.060
排名 3 · TkA06G032210 · TK1151
细胞膜0.051
排名 4 · TkA06G032210 · TK1151
内质网0.045
排名 5 · TkA06G032210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17123zf-RING_1129-32 aa
PF29536PTR3_N29-57 aa
PF05495zf-CHY30-104 aa
PF13639zf-RING_230-55 aa
PF23451Zn_ribbon_PaaD43-55 aa
PF17123zf-RING_1149-53 aa
PF14599zinc_ribbon_650-56 aa
PF26015Ig_NPH4_3rd52-97 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G032210PF17123zf-RING_1129320.0001821.9
TkA06G032210PF29536PTR3_N29570.04814.0
TkA06G032210PF05495zf-CHY301043.8e-1763.2
TkA06G032210PF13639zf-RING_230551.4e-0835.5
TkA06G032210PF23451Zn_ribbon_PaaD43550.2211.9
TkA06G032210PF17123zf-RING_1149530.0001821.9
TkA06G032210PF14599zinc_ribbon_650561.6e-2589.6
TkA06G032210PF26015Ig_NPH4_3rd52970.1412.8
TkA06G032210PF18114Suv3_N551080.1912.5
TkA06G032210PF14599zinc_ribbon_6731011.6e-2589.6
TkA06G032210PF23451Zn_ribbon_PaaD751100.2211.9
TkA06G032210PF02985HEAT791030.2712.3
TkA06G032210PF13639zf-RING_2811301.4e-0835.5
TkA06G032210PF17123zf-RING_1181930.0001821.9
TkA06G032210PF17123zf-RING_11961030.0001821.9
TkA06G032210PF23451Zn_ribbon_PaaD1161260.2211.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FFB6拟南芥sp|Q9FFB6|ZFP34_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RZFP3463.400%Swiss-Prot高置信
Q8VZK0拟南芥sp|Q8VZK0|MIEL1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase MIEL154.900%Swiss-Prot高置信
Q5JL96水稻sp|Q5JL96|ZFP34_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase RZFP3465.700%Swiss-Prot高置信
Q10LI1水稻sp|Q10LI1|SRFP1_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase SRFP149.400%Swiss-Prot中等置信

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