TkA06G024000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G024000

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 6548990-6549522 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

450 bp · TkA06G024000|TK1151|cDNA

ATGCAGGCGGTGAATTCTCATGGAGACGATGATTCATCAAGGAATGATGACATGGTAAGCACTAATTGGCCGCCACAGTCGTACACGTGTACGTTTTGCAAGAGAGAATTTCGATCGGCTCAAGCCCTAGGTGGGCACATGAATGTGCACCGCCGTGATAGGGCTCGACTCTGCCAACTGCAGCCTAACTTGAGAAACTCTAATGTAACTCAAGATCATGTTAGAAATGGTGGATTATGTCTTCTTTACTCTTTACCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

450 bp · TkA06G024000|TK1151|CDS

ATGCAGGCGGTGAATTCTCATGGAGACGATGATTCATCAAGGAATGATGACATGGTAAGCACTAATTGGCCGCCACAGTCGTACACGTGTACGTTTTGCAAGAGAGAATTTCGATCGGCTCAAGCCCTAGGTGGGCACATGAATGTGCACCGCCGTGATAGGGCTCGACTCTGCCAACTGCAGCCTAACTTGAGAAACTCTAATGTAACTCAAGATCATGTTAGAAATGGTGGATTATGTCTTCTTTACTCTTTACCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

149 aa · TkA06G024000|TK1151|PROTEIN

MQAVNSHGDDDSSRNDDMVSTNWPPQSYTCTFCKREFRSAQALGGHMNVHRRDRARLCQLQPNLRNSNVTQDHVRNGGLCLLYSLPKPDANFKSSSLDNIKDCSNSEASTSRNCESKERVRIDKKRKKSDMIVEGIDLELRLGCSSLGS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G024000`
TK1151 ID	TkA06G024000
OH-1004 ID	LXL04_026156
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 96.129 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G024000

位置 Chr06:6548990-6549522 (+)

描述 Similar to SUP: Transcriptional regulator SUPERMAN

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g37740`	可能调节细胞分裂和生长的推测转录因子。	Ectopic expression of an Arabidopsis single zinc finger gene in tobacco results in dwarf plants.2002 · DOI: 10.1093/pcp/pcf086
`At3g23130`	可能的转录调节因子，被认为是地籍蛋白，通过间接作用阻止B类同源异型蛋白APETALA3以及可能的PISTILLATA在心皮轮中发挥作用。	Regulation of SUP expression identifies multiple regulators involved in arabidopsis floral meristem development.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.9.1607 The FLO10 Gene Product Regulates the Expression Domain of Homeotic Genes AP3 and PI in Arabidopsis Flowers.1991 · DOI: 10.1105/tpc.3.11.1221
`At2g42410`	可能调节细胞分裂和生长的推测转录因子。	暂无已核实直接文献
`At5g06070`	可能的转录调控因子，对花瓣发育至关重要。	暂无已核实直接文献
`At3g09290`	激活因子，通过调节 BT2 介导端粒酶活性并增强对生长素的响应。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026156 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010093 specification of floral organ identity 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0042127 regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048441 petal development 生物过程

GO:0090691 formation of plant organ boundary 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G37740

ath:AT2G42410

ath:AT3G09290

ath:AT3G23130

ath:AT5G06070

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.973

排名 1 · TkA06G024000 · TK1151

细胞质0.093

排名 2 · TkA06G024000 · TK1151

细胞膜0.026

排名 3 · TkA06G024000 · TK1151

内质网0.013

排名 4 · TkA06G024000 · TK1151

质体0.009

排名 5 · TkA06G024000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23077zf-C2H2_ZNF462_1st26-50 aa

PF13912zf-C2H2_628-52 aa

PF13894zf-C2H2_428-50 aa

PF00096zf-C2H228-50 aa

PF12171zf-C2H2_jaz28-48 aa

PF12756zf-C2H2_228-50 aa

PF12756zf-C2H2_258-78 aa

PF12171zf-C2H2_jaz66-75 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G024000	`PF23077`	zf-C2H2_ZNF462_1st	26	50	0.016	15.6
TkA06G024000	`PF13912`	zf-C2H2_6	28	52	3e-07	31.0
TkA06G024000	`PF13894`	zf-C2H2_4	28	50	9.7e-05	23.5
TkA06G024000	`PF00096`	zf-C2H2	28	50	0.0021	19.1
TkA06G024000	`PF12171`	zf-C2H2_jaz	28	48	0.083	13.8
TkA06G024000	`PF12756`	zf-C2H2_2	28	50	0.099	13.6
TkA06G024000	`PF12756`	zf-C2H2_2	58	78	0.099	13.6
TkA06G024000	`PF12171`	zf-C2H2_jaz	66	75	0.083	13.8
TkA06G024000	`PF12171`	zf-C2H2_jaz	89	95	0.083	13.8
TkA06G024000	`PF23077`	zf-C2H2_ZNF462_1st	92	97	0.016	15.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80942`	拟南芥	sp\|O80942\|ZFP10_ARATH Zinc finger protein 10	77.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q38895`	拟南芥	sp\|Q38895\|SUP_ARATH Transcriptional regulator SUPERMAN	69.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SLB8`	拟南芥	sp\|Q9SLB8\|ZFP11_ARATH Zinc finger protein 11	81.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LHS9`	拟南芥	sp\|Q9LHS9\|RBE_ARATH Probable transcriptional regulator RABBIT EARS	83.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SR34`	拟南芥	sp\|Q9SR34\|TA1_ARATH Transcriptional regulator TAC1	70.600%	Swiss-Prot	低置信

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