TkA06G016660 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G016660

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 4508164-4512184 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3067 bp · TkA06G016660|TK1151|cDNA

GGAACACCAGAGAATTTTCTTTTATCGTAACATCGATGCTATCGTTGCAACCGTTGGTTGAACGGACGCATCAACGCAGGCCCCGCCAATCCTCCGTGTCCTTCTCACTCCTTTTGTTTTCTTTCTCAACAATGGTTGCTCCACCCACTAGAGAGAGAAAGCCCCACTACAAGACACACCATTCTAGAGAGTAGAGAGAGAAATACATAAAACCCAAACCCGATGCCCACGTTCGGACCTACCCATTCTATAGAACGCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2088 bp · TkA06G016660|TK1151|CDS

ATGGGTAGTTACAGTGAAAGCGAAGACGAATTTTTTGACGCCCGTGAGGCGTTTCCGTCAACGGCCGACTCAGTCTCCGATTGTTCAGACTGTTCCACCTCTGGATTTGGGTTCGATTACTGGATTGGGAATCTGGAAGGTGTCGACTCACGTCGTGATAAATTCCTAAGATTCATGGGTTTAAATTCCAAATGGCTTGTAAACAAAGAACGCGAAGAAGAAGACTCTGAAAACGATTTCATTGATTCAATTACAGACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

695 aa · TkA06G016660|TK1151|PROTEIN

MGSYSESEDEFFDAREAFPSTADSVSDCSDCSTSGFGFDYWIGNLEGVDSRRDKFLRFMGLNSKWLVNKEREEEDSENDFIDSITDDTVNVLSQNSNFHNEVLCRQPSLSIWSNTSMNLVKSRNSEEPLEDDVSIKTSFDFRDDRSSSSSNRSSRKENEARSLLDRRKKVKKNWLQKLNIMARITDKNDESKPKPNICTHSVNVHTHKKKSKELSSLYATQDFTAHNGYISIIKFSHDGRYLASAGEDCIIRIWKIFEDQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G016660`
TK1151 ID	TkA06G016660
OH-1004 ID	LXL04_032676
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 40.432 / OH-1004 95.578 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G016660`
位置	Chr06:4508164-4512184 (-)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_032676` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	暂无功能描述
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.560

排名 1 · TkA06G016660 · TK1151

细胞核0.310

排名 2 · TkA06G016660 · TK1151

细胞膜0.107

排名 3 · TkA06G016660 · TK1151

溶酶体／液泡0.093

排名 4 · TkA06G016660 · TK1151

高尔基体0.049

排名 5 · TkA06G016660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15477SMAP45-68 aa

PF24782WD40_MABP1-WDR62_2nd71-132 aa

PF23342WDR90_beta-prop_4th99-120 aa

PF24797Beta-prop_WDR35_TULP_N104-136 aa

PF24017Beta-prop_SCAP111-203 aa

PF23419WD40_RFWD3146-167 aa

PF30361TRM82_WD158-259 aa

PF28639DNAI3_WD172-260 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G016660	`PF15477`	SMAP	45	68	0.12	13.7
TkA06G016660	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	71	132	1.2e-05	25.1
TkA06G016660	`PF23342`	WDR90_beta-prop_4th	99	120	0.00069	19.5
TkA06G016660	`PF24797`	Beta-prop_WDR35_TULP_N	104	136	2.2e-05	24.5
TkA06G016660	`PF24017`	Beta-prop_SCAP	111	203	0.32	10.5
TkA06G016660	`PF23419`	WD40_RFWD3	146	167	1.8e-06	28.3
TkA06G016660	`PF30361`	TRM82_WD	158	259	0.00017	21.3
TkA06G016660	`PF28639`	DNAI3_WD	172	260	0.031	13.8
TkA06G016660	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	196	267	2.2e-13	51.0
TkA06G016660	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	203	260	3e-23	83.3
TkA06G016660	`PF23869`	Beta-prop_WDR75_1st	203	262	1.3e-08	35.3
TkA06G016660	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	204	267	7.8e-18	65.3
TkA06G016660	`PF23383`	Beta-prop_IFT140_1st	206	256	7.5e-06	25.6
TkA06G016660	`PF24797`	Beta-prop_WDR35_TULP_N	206	259	2.2e-05	24.5
TkA06G016660	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	207	258	3.6e-06	27.4
TkA06G016660	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	208	247	2.2e-05	24.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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