TkA06G016390 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G016390

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 4436791-4437866 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

949 bp · TkA06G016390|TK1151|cDNA

ATAATACACACCACATTCTTCTCTGTTGAAAAACATATACTCGAGAGTGTTTTTGTGTGTGAAACGCCATGGGAAGAGCACCATGTTGTTCAAAGGTGGGTTTACACAGAGGAGCATGGTCGACTGAAGAAGATAAACTCCTCACGGAGTACATTCAAACCAACGGCGAAGGTCAATGGCGTTCTTTACCTTCAAAAGCTGGTTTACTTAGATGCGGAAAGAGTTGCAGGTTGAGATGGATGAATTATCTCCGGCCTGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

759 bp · TkA06G016390|TK1151|CDS

ATGGGAAGAGCACCATGTTGTTCAAAGGTGGGTTTACACAGAGGAGCATGGTCGACTGAAGAAGATAAACTCCTCACGGAGTACATTCAAACCAACGGCGAAGGTCAATGGCGTTCTTTACCTTCAAAAGCTGGTTTACTTAGATGCGGAAAGAGTTGCAGGTTGAGATGGATGAATTATCTCCGGCCTGGTATCAAGCGAGGAAACTTCACCCCCGATGAGGATGAGCTTATAATTAAGCTTCATTCTATCCATGGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

252 aa · TkA06G016390|TK1151|PROTEIN

MGRAPCCSKVGLHRGAWSTEEDKLLTEYIQTNGEGQWRSLPSKAGLLRCGKSCRLRWMNYLRPGIKRGNFTPDEDELIIKLHSIHGNRWSFIATELAGRTDNEVKNHWNSHLKRKALDGGENDVDDSKNKKRRRNKKKADQKSKKVKIMEKPEEIITVPVPEPTSSSSSFPLLQSASSSSITYEGDGDLLADMDFSWAPLLEMDGGARMDGHDDLDIRFDGFDFLALEDEESNMLEKLYDECLHLLQDVEGV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G016390`
TK1151 ID	TkA06G016390
OH-1004 ID	LXL04_026288
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G016390

位置 Chr06:4436791-4437866 (-)

描述 Similar to MYB111: Transcription factor MYB111

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g49330`	黄酮醇特异性转录激活因子，参与调控多个黄酮类化合物生物合成相关基因。	Differential regulation of closely related R2R3-MYB transcription factors controls flavonol accumulation in different parts of the Arabidopsis thaliana seedling.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03078.x The Arabidopsis bZIP transcription factor HY5 regulates expression of the PFG1/MYB12 gene in response to light and ultraviolet-B radiation.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2009.02061.x Analysis of PRODUCTION OF FLAVONOL GLYCOSIDES-dependent flavonol glycoside accumulation in Arabidopsis thaliana plants reveals MYB11-, MYB12- and MYB111-independent flavonol glycoside accumulation.2010 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03421.x
`At2g47460`	黄酮醇特异性转录激活因子，参与调控多个黄酮类化合物生物合成相关基因。	The Arabidopsis transcription factor MYB12 is a flavonol-specific regulator of phenylpropanoid biosynthesis.2005 · DOI: 10.1104/pp.104.058032 Differential regulation of closely related R2R3-MYB transcription factors controls flavonol accumulation in different parts of the Arabidopsis thaliana seedling.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03078.x The Arabidopsis bZIP transcription factor HY5 regulates expression of the PFG1/MYB12 gene in response to light and ultraviolet-B radiation.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2009.02061.x Analysis of PRODUCTION OF FLAVONOL GLYCOSIDES-dependent flavonol glycoside accumulation in Arabidopsis thaliana plants reveals MYB11-, MYB12- and MYB111-independent flavonol glycoside accumulation.2010 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03421.x
`At1g22640`	转录因子 MYB3。	暂无已核实直接文献
`At2g16720`	参与黄酮醇生物合成负调节的转录因子。	AtMYB7, a new player in the regulation of UV-sunscreens in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1093/pcp/pct187 AtMyb7, a subgroup 4 R2R3 Myb, negatively regulates ABA-induced inhibition of seed germination by blocking the expression of the bZIP transcription factor ABI5.2015 · DOI: 10.1111/pce.12415
`At4g09460`	转录抑制因子MYB6。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026288 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009800 cinnamic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009813 flavonoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009892 negative regulation of metabolic process 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0010597 green leaf volatile biosynthetic process 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0051555 flavonol biosynthetic process 生物过程

GO:1900384 regulation of flavonol biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22640

ath:AT2G16720

ath:AT5G49330

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.966

排名 1 · TkA06G016390 · TK1151

细胞质0.120

排名 2 · TkA06G016390 · TK1151

细胞膜0.018

排名 3 · TkA06G016390 · TK1151

线粒体0.013

排名 4 · TkA06G016390 · TK1151

内质网0.009

排名 5 · TkA06G016390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249Myb_DNA-binding14-61 aa

PF23082Myb_DNA-binding_216-35 aa

PF13921Myb_DNA-bind_617-75 aa

PF00249Myb_DNA-binding67-112 aa

PF13921Myb_DNA-bind_670-115 aa

PF23082Myb_DNA-binding_287-119 aa

PF27161HI_0983102-165 aa

PF23082Myb_DNA-binding_2128-144 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G016390	`PF00249`	Myb_DNA-binding	14	61	1.1e-35	122.1
TkA06G016390	`PF23082`	Myb_DNA-binding_2	16	35	2.0	9.3
TkA06G016390	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	17	75	8.1e-20	71.5
TkA06G016390	`PF00249`	Myb_DNA-binding	67	112	1.1e-35	122.1
TkA06G016390	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	70	115	8.1e-20	71.5
TkA06G016390	`PF23082`	Myb_DNA-binding_2	87	119	2.0	9.3
TkA06G016390	`PF27161`	HI_0983	102	165	0.14	12.7
TkA06G016390	`PF23082`	Myb_DNA-binding_2	128	144	2.0	9.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJ07`	拟南芥	sp\|Q9FJ07\|MY111_ARATH Transcription factor MYB111	75.700%	Swiss-Prot	低置信
`O22264`	拟南芥	sp\|O22264\|MYB12_ARATH Transcription factor MYB12	71.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9S9K9`	拟南芥	sp\|Q9S9K9\|MYB3_ARATH Transcription factor MYB3	69.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q42379`	拟南芥	sp\|Q42379\|MYB7_ARATH Transcription factor MYB7	69.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q38851`	拟南芥	sp\|Q38851\|MYB6_ARATH Transcription repressor MYB6	67.500%	Swiss-Prot	低置信

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