TkA06G014830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G014830

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 3965368-3967455 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

988 bp · TkA06G014830|TK1151|cDNA

AAACAATCAAGAAAAAAAGTCCTGAAAAAAGCTAATTTATCAAAGAGTTGATCAACGGCACCTTCAATCCTATTTTCGCTCCTCGCTCGAGATCATCTTCAGTTGCAGGCGCATAAGCATCAATAATCCACCATGTCTATCTCTGTAAAAGAATGCTGCTGTTTCTTGAAGAAACTTGGAAACCCTCGTCGAATAATACACTACGCTATTCTTGCTTCCGAGACATCATTTTCAATTAACGAAATAGAGGCATTACACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

666 bp · TkA06G014830|TK1151|CDS

ATGTCTATCTCTGTAAAAGAATGCTGCTGTTTCTTGAAGAAACTTGGAAACCCTCGTCGAATAATACACTACGCTATTCTTGCTTCCGAGACATCATTTTCAATTAACGAAATAGAGGCATTACACGATCTTTTTGAAACATTAAGTCACGCCATTATCGACGATGGTCTTATTCACAAGGAAGAGTTCCGACTGGCACTCTTCAGCAATACCAGCACGCAGAATCTGTTTGCAGATCGACTATTTGATATCTTTGACAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

221 aa · TkA06G014830|TK1151|PROTEIN

MSISVKECCCFLKKLGNPRRIIHYAILASETSFSINEIEALHDLFETLSHAIIDDGLIHKEEFRLALFSNTSTQNLFADRLFDIFDIKKNGVIEFDEFVRSLSIFHPDAPESEKIEFMFRLYDLKQTGYIERDELKEMVCAILSEMDVDLSEDAVSAILDKTILDADQNGDGKIDIEEWKTFIPKYPTILKNMTLPLLREITQAFPNFVLNTQVRELEVVT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G014830`
TK1151 ID	TkA06G014830
OH-1004 ID	LXL04_029859
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	50.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.878 / OH-1004 90.141 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G014830

位置 Chr06:3965368-3967455 (-)

描述 Similar to CBL9: Calcineurin B-like protein 9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g64480`	充当钙传感器。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0291000`	充当钙传感器。	暂无已核实直接文献
`Os02g0291400`	充当钙传感器。	Expression analysis of the calcineurin B-like gene family in rice (Oryza sativa L.) under environmental stresses.2008 · DOI: 10.1016/j.gene.2008.02.011
`Os05g0534400`	作为钙传感器，参与控制细胞内 Na(+) 和 K(+) 稳态和耐盐性的调节途径。	Conservation of the salt overly sensitive pathway in rice.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.092635
`Os01g0598200`	充当钙传感器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029859 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0019722 calcium-mediated signaling 生物过程

GO:0055075 potassium ion homeostasis 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G17615

ath:AT5G47100

ath:AT5G55990

dosa:Os02g0291000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.485

排名 1 · TkA06G014830 · TK1151

细胞膜0.268

排名 2 · TkA06G014830 · TK1151

细胞核0.183

排名 3 · TkA06G014830 · TK1151

溶酶体／液泡0.147

排名 4 · TkA06G014830 · TK1151

高尔基体0.115

排名 5 · TkA06G014830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13405EF-hand_62-16 aa

PF00036EF-hand_13-15 aa

PF20743DUF5580_C18-39 aa

PF30347RSA-1_C52-66 aa

PF13499EF-hand_754-100 aa

PF13405EF-hand_654-67 aa

PF00036EF-hand_155-67 aa

PF13202EF-hand_555-64 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G014830	`PF13405`	EF-hand_6	2	16	1e-14	53.5
TkA06G014830	`PF00036`	EF-hand_1	3	15	7.4e-19	66.6
TkA06G014830	`PF20743`	DUF5580_C	18	39	0.084	13.7
TkA06G014830	`PF30347`	RSA-1_C	52	66	0.00049	21.0
TkA06G014830	`PF13499`	EF-hand_7	54	100	4.9e-16	59.5
TkA06G014830	`PF13405`	EF-hand_6	54	67	1e-14	53.5
TkA06G014830	`PF00036`	EF-hand_1	55	67	7.4e-19	66.6
TkA06G014830	`PF13202`	EF-hand_5	55	64	3.4e-13	49.1
TkA06G014830	`PF13833`	EF-hand_8	55	101	1.2e-07	32.0
TkA06G014830	`PF30347`	RSA-1_C	65	144	0.00049	21.0
TkA06G014830	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	70	103	4.8e-05	24.4
TkA06G014830	`PF30624`	EF_SSP120	71	99	9.4e-06	26.9
TkA06G014830	`PF12763`	EH	78	100	0.01	16.4
TkA06G014830	`PF10591`	SPARC_Ca_bdg	78	99	0.025	15.6
TkA06G014830	`PF00036`	EF-hand_1	79	100	7.4e-19	66.6
TkA06G014830	`PF13202`	EF-hand_5	79	100	3.4e-13	49.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FUQ7`	拟南芥	sp\|Q9FUQ7\|CNBL8_ARATH Calcineurin B-like protein 8	57.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q3HRP0`	水稻	sp\|Q3HRP0\|CNBL7_ORYSJ Calcineurin B-like protein 7	57.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q3HRN9`	水稻	sp\|Q3HRN9\|CNBL8_ORYSJ Calcineurin B-like protein 8	56.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q75KU4`	水稻	sp\|Q75KU4\|CNBL4_ORYSJ Calcineurin B-like protein 4	51.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q3HRP2`	水稻	sp\|Q3HRP2\|CNBL5_ORYSJ Calcineurin B-like protein 5	53.900%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情