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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G011790
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 3094611-3096799 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1844 bp · TkA06G011790|TK1151|cDNA

TCACGAGTCACATGCAAGCGTACAAGTACAAGTATATAGATCATGTAGTAATACTGGACAGCAGTTCTTGTTTACCCGCAAAATCAGTTCTTGTTTTTAGGTAGGGACACCCTCACATACCAATCACTGTTCACACAGCAATCGGTCAAAACTTTGGAAAATCCCATTTATTTCGAATCCAATCCGACCCTAAAACCCCCAATTCTGTTAAAGAAATCTCTCAGTTCTGCTGACAAGTTCTCCAATTTCTTCGTGAATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1113 bp · TkA06G011790|TK1151|CDS

ATGCTGGCTCCAAGTCCATCTGGCGCCATCCCCGGTACGACTCCGTTGCTTTACTCCGTGGAAGATGATCGAGGCCGGCGGTCACTCAGACGACAGAGCTTACGTGATGCCGCGCGGTTTTTACGGCGAGCAAGTAGCCGGCGGATGATGAGGGAACCGTCGATGCTCGTCAGGGAAACGGCAGCTGAACAGCTCGAGGAGAGGCAGAGCGATTGGGCTTATTCGAAGCCAGTGGTGATACTCGATCTCGTATGGAACTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

370 aa · TkA06G011790|TK1151|PROTEIN

MLAPSPSGAIPGTTPLLYSVEDDRGRRSLRRQSLRDAARFLRRASSRRMMREPSMLVRETAAEQLEERQSDWAYSKPVVILDLVWNLAFVVVAAVVLVLSQDEKPASWLRLWIVGYAVQCIVHMVCVWSEYKNRREQRWGGGGESGESSDSVGGSRGNGSQYVTLANLTNNDNTGIAKYLESANTMFSFVWWILGFYWVSSGGQALAQHSPKLYWLCVIFLAFDVFFVVFCVALACVIGIAVCCCLPCIIAVLYAVADQQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G011790
TK1151 IDTkA06G011790
OH-1004 IDLXL04_026475
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G011790
位置Chr06:3094611-3096799 (-)
描述Similar to At1g12760: E3 ubiquitin-protein ligase At1g12760
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g12760 在体外介导E2依赖的蛋白泛素化。 暂无已核实直接文献
At4g11680 在体外介导E2依赖的蛋白泛素化。 暂无已核实直接文献
At1g63170 介导 E2 依赖性蛋白质泛素化。 暂无已核实直接文献
At2g01735 可能是胚胎发育所需的 E3 泛素蛋白连接酶。
A RING-H2 zinc-finger protein gene RIE1 is essential for seed development in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000009256.01620.a6

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026475 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0030178 negative regulation of Wnt signaling pathway 生物过程
GO:0038018 Wnt receptor catabolic process 生物过程
GO:0060828 regulation of canonical Wnt signaling pathway 生物过程
GO:0072089 stem cell proliferation 生物过程
GO:0090090 negative regulation of canonical Wnt signaling pathway 生物过程
GO:2000051 negative regulation of non-canonical Wnt signaling pathway 生物过程
GO:2000095 regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G12760
ath:AT1G63170
ath:AT2G01735
ath:AT4G11680
mmu:407821
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.322
排名 1 · TkA06G011790 · TK1151
细胞质0.247
排名 2 · TkA06G011790 · TK1151
细胞膜0.245
排名 3 · TkA06G011790 · TK1151
高尔基体0.231
排名 4 · TkA06G011790 · TK1151
内质网0.216
排名 5 · TkA06G011790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11241DUF304331-145 aa
PF14256YwiC80-129 aa
PF20154LNT_N84-128 aa
PF13639zf-RING_2120-130 aa
PF14256YwiC178-261 aa
PF20154LNT_N185-257 aa
PF11241DUF3043221-251 aa
PF13639zf-RING_2243-248 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G011790PF11241DUF3043311450.9510.2
TkA06G011790PF14256YwiC801290.0009620.1
TkA06G011790PF20154LNT_N841282.59.0
TkA06G011790PF13639zf-RING_21201303.8e-1350.2
TkA06G011790PF14256YwiC1782610.0009620.1
TkA06G011790PF20154LNT_N1852572.59.0
TkA06G011790PF11241DUF30432212510.9510.2
TkA06G011790PF13639zf-RING_22432483.8e-1350.2
TkA06G011790PF00097zf-C3HC42442530.003218.0
TkA06G011790PF13923zf-C3HC4_22452520.001918.7
TkA06G011790PF13639zf-RING_23143563.8e-1350.2
TkA06G011790PF17123zf-RING_113143421.2e-0732.0
TkA06G011790PF12678zf-rbx13143563.8e-0627.7
TkA06G011790PF13923zf-C3HC4_23143550.001918.7
TkA06G011790PF00097zf-C3HC43153550.003218.0
TkA06G011790PF12861zf-ANAPC113153580.8610.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LN71拟南芥sp|Q9LN71|RING1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase At1g1276063.400%Swiss-Prot高置信
Q93Z92拟南芥sp|Q93Z92|RING4_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase At4g1168063.200%Swiss-Prot高置信
Q8LDB8拟南芥sp|Q8LDB8|RING2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase At1g6317063.900%Swiss-Prot高置信
Q8GUU2拟南芥sp|Q8GUU2|RIE1_ARATH E3 ubiquitin protein ligase RIE151.300%Swiss-Prot高置信

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