TkA06G011460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G011460

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 2999430-3002264 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1336 bp · TkA06G011460|TK1151|cDNA

TTTTGATGGTCCACATTACCAATTAAGTCTTGGATGTCATCGTGAGCCACATACATCCATACCCCATCTCCAGAATATAATAACAAACGAGTGGATTAATTACACATCCTTTCTTTAGACGAATTATAAAGGCTCTAATCACCTATTTTAATTCATAGAGCCAATGGAGGAGAAAAGATGCGCTGTTGTCACAGGAGGAAACAAAGGGATTGGATTCGAAATATGCCGTCAGCTTGCTTTAAATGGGATCGAAGTCATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

921 bp · TkA06G011460|TK1151|CDS

ATGGAGGAGAAAAGATGCGCTGTTGTCACAGGAGGAAACAAAGGGATTGGATTCGAAATATGCCGTCAGCTTGCTTTAAATGGGATCGAAGTCATATTAACTGCTAGAAACGAGAGTCGAGGGATTAAAGCTATTGAAGAACTCAAAGTTTCTGGTATTTCCAACGTTGTTTTTCATCAGCTTGACATCAAAGATGCAACTAGCATACCACCTCTTGTCAATTTCATCGAGACCCACTTCAAAAAACTTGATATCTTGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

306 aa · TkA06G011460|TK1151|PROTEIN

MEEKRCAVVTGGNKGIGFEICRQLALNGIEVILTARNESRGIKAIEELKVSGISNVVFHQLDIKDATSIPPLVNFIETHFKKLDILVNNAAEGGIVYVNDRKFRDGGGFVQVADENQHLLTDIFEEPYPVAEECLNTNYYGTKRITEALIPLLQLSKSPRIVNVTSTYGDLHLFHNEKLKEELFDIEKLNEERIEEIIQWFLRDFKDGKLQENGWPLTVSAYKVSKALLNAYTRLMARKFQNILVNCVHPGYCVTDMTSN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G011460`
TK1151 ID	TkA06G011460
OH-1004 ID	LXL04_026465
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	64.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.732 / OH-1004 99.663 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G011460

位置 Chr06:2999430-3002264 (-)

描述 Similar to SDR1: (+)-neomenthol dehydrogenase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g61220`	醛还原酶，催化饱和和 α,β-不饱和且碳数大于5的醛的醛基还原反应。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026465 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009820 alkaloid metabolic process 生物过程

GO:0016104 triterpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0016135 saponin biosynthetic process 生物过程

GO:0097295 morphine biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0008106 alcohol dehydrogenase (NADP+) activity 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0016616 oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:ABC47654

ath:AT2G24190

ath:AT3G61220

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.720

排名 1 · TkA06G011460 · TK1151

细胞核0.274

排名 2 · TkA06G011460 · TK1151

线粒体0.089

排名 3 · TkA06G011460 · TK1151

过氧化物酶体0.073

排名 4 · TkA06G011460 · TK1151

内质网0.067

排名 5 · TkA06G011460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00106adh_short6-174 aa

PF08659KR8-90 aa

PF01370Epimerase8-95 aa

PF04321RmlD_sub_bind8-91 aa

PF16363GDP_Man_Dehyd9-74 aa

PF13561adh_short_C213-91 aa

PF13561adh_short_C2127-169 aa

PF16363GDP_Man_Dehyd131-170 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G011460	`PF00106`	adh_short	6	174	1.2e-32	113.7
TkA06G011460	`PF08659`	KR	8	90	5.1e-06	27.2
TkA06G011460	`PF01370`	Epimerase	8	95	2.3e-05	24.6
TkA06G011460	`PF04321`	RmlD_sub_bind	8	91	0.23	11.2
TkA06G011460	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	9	74	0.00057	20.2
TkA06G011460	`PF13561`	adh_short_C2	13	91	2.4e-23	83.7
TkA06G011460	`PF13561`	adh_short_C2	127	169	2.4e-23	83.7
TkA06G011460	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	131	170	0.00057	20.2
TkA06G011460	`PF01370`	Epimerase	132	178	2.3e-05	24.6
TkA06G011460	`PF29332`	R06F6_12_middle	162	199	0.11	13.2
TkA06G011460	`PF13561`	adh_short_C2	218	266	2.4e-23	83.7
TkA06G011460	`PF01370`	Epimerase	218	241	2.3e-05	24.6
TkA06G011460	`PF00106`	adh_short	219	261	1.2e-32	113.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2E2`	拟南芥	sp\|Q9M2E2\|SDR1_ARATH (+)-neomenthol dehydrogenase	49.800%	Swiss-Prot	中等置信

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