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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G010760
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 2784271-2792079 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

7139 bp · TkA06G010760|TK1151|cDNA

GAAACAATGGGCTGCGTTTGAAGCAAAGCAAGCATTTCAAATGAGTTGCGTTTGGAGCAAGGCAAACCCGTACCGACCCGTTTTACCGACTTTGAAAACCTAGGCGGTCTCCTTCTCACAGACTACACTCGTCTGATATATATATCTTCAACCACGATAACTGGAATTTTCCAATCTCGCTGCTCAAGAATTTGGTATCAGAATACGGTTTTGTTGAATTAAAAGCGGTTGATAAACGATGGCACATCTAGGCGGGGGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

4995 bp · TkA06G010760|TK1151|CDS

ATGGCACATCTAGGCGGGGGTGCTGAGGCACATGCCCGATTTAAGCAGTATGAATACAGAGCCAACTCGAGTCTTGTGTTGACAACTGATTCTCGGCCACGTGATACACATGAGCCAACCGGAGAGCCTGAGTCTCTGTATGGGAAGATAGACCCTAAGAGTTTTGGTGACCGTGCTTATAGAGGAAGACCACAAGAGCTGGATGAGAAAATCACCAAGTCTAAGAAGAAGAAGGAACGTGATCCCTCACTTGCTTCTGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1664 aa · TkA06G010760|TK1151|PROTEIN

MAHLGGGAEAHARFKQYEYRANSSLVLTTDSRPRDTHEPTGEPESLYGKIDPKSFGDRAYRGRPQELDEKITKSKKKKERDPSLASGEAGNNRHSKRRRLQEESVLTSTDEGVYQPKTKETRAAYEAMLSVIQTQLGGQPLNIVSGAADEILAVLKSDTLKNPEKKKDIEKLLNPIPNQVFDQLVSIGRLITDFQDAGGDADGSNAANGEDALDDDVGVAVEFEENEEDDEESDLDIVQEDDEDEDDDGLDRDKSKAMQM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G010760
TK1151 IDTkA06G010760
OH-1004 IDLXL04_026453
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)98.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.776 / OH-1004 74.537
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G010760
位置Chr06:2784271-2792079 (-)
描述Similar to BRR2A: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH12
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g20960 RNA 解旋酶，作为 U5 snRNP 和 U4/U6-U5 三体 snRNP 复合物的组成部分，在前 mRNA 剪接中起关键作用。 暂无已核实直接文献
At2g42270 RNA 解旋酶，作为 U5 snRNP 和 U4/U6-U5 三体 snRNP 复合物的组成部分，在前 mRNA 剪接中起关键作用。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026453 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000244 spliceosomal tri-snRNP complex assembly 生物过程
GO:0000354 cis assembly of pre-catalytic spliceosome 生物过程
GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程
GO:0000388 spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) 生物过程
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0048025 negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分
GO:0005682 U5 snRNP 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G20960
ath:AT2G42270
hsa:23020
mmu:320632
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.937
排名 1 · TkA06G010760 · TK1151
细胞质0.130
排名 2 · TkA06G010760 · TK1151
线粒体0.018
排名 3 · TkA06G010760 · TK1151
细胞膜0.018
排名 4 · TkA06G010760 · TK1151
内质网0.011
排名 5 · TkA06G010760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13086AAA_1167-126 aa
PF21188BRR2_plug121-186 aa
PF18149Helicase_PWI277-386 aa
PF13086AAA_11285-408 aa
PF00271Helicase_C329-371 aa
PF23931Terminase_6355-398 aa
PF13604AAA_30516-686 aa
PF13086AAA_11516-615 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G010760PF13086AAA_11671260.1212.8
TkA06G010760PF21188BRR2_plug1211866.2e-1040.1
TkA06G010760PF18149Helicase_PWI2773861.1e-34119.7
TkA06G010760PF13086AAA_112854080.1212.8
TkA06G010760PF00271Helicase_C3293712.6e-1041.2
TkA06G010760PF23931Terminase_63553980.1113.8
TkA06G010760PF13604AAA_305166868.2e-0626.4
TkA06G010760PF13086AAA_115166150.1212.8
TkA06G010760PF04851ResIII5176924.4e-2795.7
TkA06G010760PF00270DEAD5196965.4e-68228.7
TkA06G010760PF12775AAA_75255560.07113.4
TkA06G010760PF00437T2SSE5255570.09912.0
TkA06G010760PF13401AAA_225326671.3e-0732.8
TkA06G010760PF00271Helicase_C5686132.6e-1041.2
TkA06G010760PF00271Helicase_C8138952.6e-1041.2
TkA06G010760PF00437T2SSE8198500.09912.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SYP1拟南芥sp|Q9SYP1|DEXHC_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH1280.800%Swiss-Prot高置信
O48534拟南芥sp|O48534|DEXHD_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH1374.300%Swiss-Prot高置信

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